PDB-6vhw: Klebsiella oxytoca NpsA N-terminal subdomain in complex with 3-hy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vhw

タイトル

Klebsiella oxytoca NpsA N-terminal subdomain in complex with 3-hydroxybenzoyl-AMSN

要素

NpsA Adenylation Domain

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / adenylation / tilivalline / tilimycin / NRPS / nonribosomal peptide synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

ligase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella oxytoca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Kreitler, D.F. / Gulick, A.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Biosynthesis, Mechanism of Action, and Inhibition of the Enterotoxin Tilimycin Produced by the Opportunistic PathogenKlebsiella oxytoca.
著者: Alexander, E.M. / Kreitler, D.F. / Guidolin, V. / Hurben, A.K. / Drake, E. / Villalta, P.W. / Balbo, S. / Gulick, A.M. / Aldrich, C.C.

履歴

登録	2020年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6vhw.ent.gz	255.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vhw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vhw_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vhw_full_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示
XML形式データ	6vhw_validation.xml.gz	2.5 KB	表示
CIF形式データ	6vhw_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/6vhw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/6vhw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vhtC 6vhuSC 6vhvC 6vhxC 6vhyC 6vhzC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rv7-1 4k6n-d 3qm0-d 5l7l-d 6c3i-2 6cg2-1 6vhx-1 6wf2-1 2q8k-d 2i6y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NpsA Adenylation Domain

B: NpsA Adenylation Domain

ヘテロ分子

89.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: NpsA Adenylation Domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: NpsA Adenylation Domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.436, 60.284, 80.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.009, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	NpsA Adenylation Domain 分子量: 43960.355 Da / 分子数: 2 / 変異: E312A, E313A, Q314A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: NPSA / プラスミド: pET15 / 詳細 (発現宿主): N-term TEV tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U4DY99

-
非ポリマー , 7種, 262分子

#2: 化合物	ChemComp-R2V / 5'-deoxy-5'-{[(3-hydroxybenzene-1-carbonyl)sulfamoyl]amino}adenosine 分子量: 465.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉N₇O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.89 % / 解説: 3D
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: well solution: 100 mM HEPES pH 7.5, 150 mM KBr, 30% w/v PEG3350, protein solution (15 mg/mL): 50 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.2 mM TCEP, hanging drops: 1 uL protein solution, 1 uL well solution PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03322 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→78.78 Å / Num. obs: 60901 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 31.8 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.103 / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.83→1.87 Å / 冗長度: 6.8 % / Num. unique obs: 3129 / CC_1/2: 0.32 / R_pim(I) all: 0.89 / R_rim(I) all: 2.354 / R_sym value: 2.177 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3459	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
autoPROC	1.0.5 (20181127)	データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6vhu

6vhu

解像度: 1.83→78.78 Å / SU ML: 0.269 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.4446
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2312	2889	4.74 %
R_work	0.2011	58011	-
obs	0.2025	60900	95.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→78.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5874	0	109	249	6232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	6131
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9132	8369
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0582	989
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4189	3658

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.86	0.3772	167	0.338	2831	X-RAY DIFFRACTION	98.52
1.86-1.9	0.3713	147	0.3158	2832	X-RAY DIFFRACTION	98.61
1.9-1.93	0.3667	137	0.3034	2852	X-RAY DIFFRACTION	98.48
1.93-1.97	0.3033	152	0.2824	2826	X-RAY DIFFRACTION	98.58
1.97-2.01	0.3046	136	0.2754	2867	X-RAY DIFFRACTION	98.62
2.01-2.05	0.2744	117	0.2592	2856	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.05-2.1	0.3265	67	0.2656	1414	X-RAY DIFFRACTION	49.15
2.1-2.15	0.2897	139	0.2391	2867	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.15-2.21	0.2384	149	0.2355	2844	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.21-2.27	0.2561	90	0.2305	1893	X-RAY DIFFRACTION	64.63
2.27-2.35	0.2472	127	0.2247	2897	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.35-2.43	0.278	143	0.2229	2860	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.43-2.53	0.233	141	0.2185	2868	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.53-2.64	0.2522	126	0.2218	2899	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.64-2.78	0.2573	149	0.2259	2894	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.78-2.96	0.2848	129	0.2147	2911	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.96-3.19	0.244	169	0.21	2871	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.19-3.51	0.222	180	0.1899	2865	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.51-4.01	0.1773	116	0.1687	2956	X-RAY DIFFRACTION	99.81
4.01-5.06	0.1771	139	0.1481	2939	X-RAY DIFFRACTION	99.77
5.06-78.78	0.1962	169	0.1775	2969	X-RAY DIFFRACTION	99.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.97059578011	-3.36300768835	2.10835050328	6.21979494038	-4.02016087297	2.86151671618	0.0770922155745	-0.123056188799	-0.193597299302	-0.0157802584001	-0.0638542720072	-0.14579326687	0.240037109684	0.287652491917	0.0330703504643	0.242057808092	-0.0469291348888	-0.0271344262076	0.422316659686	-0.0861577865421	0.317555200228	40.5500360387	-1.02431487194	30.7134122338
2	4.73549242135	0.620052192621	-1.29583096636	2.0989870329	0.198009580094	2.7753093994	0.0773847633906	0.0279261887245	0.240027045225	0.004436176759	0.0169133155527	0.21685372968	-0.262395266243	-0.0475234934011	-0.100558037439	0.249996471529	-0.00800203271021	0.0144056084577	0.159356652855	0.00589062493741	0.208803224838	24.0127030397	13.010252498	24.9926807378
3	2.79450917913	-3.07484148695	3.06808088495	8.20302190964	-4.64337226786	5.18536649962	0.0110149271987	0.00804285846069	0.462458093016	0.294526345576	-0.362307124344	-0.678871721632	-0.755987044035	0.342097724265	0.35664355738	0.433390158149	-0.110515639335	0.0724594477052	0.392916282847	-0.0522580114223	0.273234140345	27.7996967476	15.7120859339	33.7063442517
4	1.12028007036	-0.0105259770958	-0.774004143931	1.21741871887	-0.210081075695	2.93619020926	0.0703336215544	0.154333693533	-0.0111527078265	-0.12341381409	-0.0268831287372	0.000808804568006	0.129746912414	0.124380636131	-0.0390606241041	0.191219538846	0.0137508359765	-0.0206330970975	0.244491235052	-0.0117764801409	0.206367625968	28.9120086446	-1.24673098636	11.0340914442
5	3.26260370244	1.30790110065	-2.10861822003	5.44458298945	-1.67027400005	2.31827781824	0.0201875780533	0.619990734912	-0.680056378035	-0.440984266368	0.117048175511	-0.327874586009	0.54318255812	-0.03628771482	-0.0597373942562	0.278689671099	0.0508671688431	-0.0288451353728	0.386967269919	-0.0889142586983	0.299005966741	29.4463602472	-17.2486929645	12.8523734909
6	1.39377217795	-0.828654571934	-0.0723148242761	6.27475720556	1.18100506497	5.6325727228	0.112008393435	0.248985054875	-0.330278535438	-0.0285675390708	-0.118765233018	0.184195206437	0.650128688692	0.0283650280744	0.0120106175564	0.278817395408	-0.0143480101738	-0.0703974394291	0.24222639182	0.0222226260737	0.275087565379	20.8136946125	-20.0311684093	22.3256505731
7	4.60911779705	0.472544691821	-1.44894462855	2.83818928321	0.117876384037	3.19938759265	0.00422936612429	0.222045131738	0.153438324187	-0.665059645371	0.0946236604382	0.130280409931	0.047843093481	0.202463217772	-0.0962945227552	0.47931197335	-0.00303492367911	0.0255605692387	0.214754116268	0.048626364633	0.348861157189	19.1999815783	13.8342617178	-25.5105096613
8	6.55770720096	5.65944730414	3.6714479776	6.88903933232	4.1991539167	2.85565882444	-0.172859695264	0.0540590004514	1.1507794375	-1.15850213525	-0.330893619594	0.919343675555	0.141745280508	-0.245285605616	0.494628550403	0.742420814911	0.0432143248879	-0.000555386393395	0.426644370893	0.105158203257	0.50553347724	19.861934527	17.8787138374	-32.9954501499
9	1.30895113302	0.52007851543	-0.0257928013006	3.61669118696	-0.318061728458	1.97522173846	0.0894124572591	-0.102701427759	0.191081309196	-0.18552731909	-0.0337120958552	0.34993753161	0.0720250594812	-0.0160414791828	-0.0551584978432	0.223118883138	0.0190118233538	0.0102336372618	0.167619010621	-0.00880379676929	0.309091888075	11.5066716429	4.2963306641	-9.84794851017
10	2.04718814671	0.685396857789	-0.776481882448	5.11707305682	1.85599853389	2.48800206868	-0.130733176184	-0.0950804917708	-0.302061470758	-0.182159528328	-0.139248856259	0.100365094617	0.433551369262	0.0437090284983	0.250867497324	0.593469378462	0.0389688071699	-0.00532491468139	0.2466265045	0.0247868731033	0.377544328775	7.5710665087	-14.4527902887	-17.4805635752

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 125 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 126 through 152 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 153 through 308 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 309 through 335 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 336 through 402 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 10 through 125 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 126 through 152 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 153 through 296 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 297 through 403 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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