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万見
- PDB-6vfz: Crystal Structure of Human Mitochondrial Isocitrate Dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vfz
タイトルCrystal Structure of Human Mitochondrial Isocitrate Dehydrogenase (IDH2) R140Q Mutant Homodimer in Complex with NADPH and AG-881 (Vorasidenib) Inhibitor.
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / IDH / ICD-M / IDP / NADP(+)-SPECIFIC ICDH / OXALOSUCCINATE DECARBOXYLASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glial cell migration / negative regulation of matrix metallopeptidase secretion / Citric acid cycle (TCA cycle) / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP+ biosynthetic process ...negative regulation of glial cell migration / negative regulation of matrix metallopeptidase secretion / Citric acid cycle (TCA cycle) / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP+ biosynthetic process / glyoxylate cycle / negative regulation of glial cell proliferation / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / NAD binding / peroxisome / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9UO / Chem-NDP / Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Padyana, A. / Jin, L.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Vorasidenib (AG-881): A First-in-Class, Brain-Penetrant Dual Inhibitor of Mutant IDH1 and 2 for Treatment of Glioma.
著者: Konteatis, Z. / Artin, E. / Nicolay, B. / Straley, K. / Padyana, A.K. / Jin, L. / Chen, Y. / Narayaraswamy, R. / Tong, S. / Wang, F. / Zhou, D. / Cui, D. / Cai, Z. / Luo, Z. / Fang, C. / ...著者: Konteatis, Z. / Artin, E. / Nicolay, B. / Straley, K. / Padyana, A.K. / Jin, L. / Chen, Y. / Narayaraswamy, R. / Tong, S. / Wang, F. / Zhou, D. / Cui, D. / Cai, Z. / Luo, Z. / Fang, C. / Tang, H. / Lv, X. / Nagaraja, R. / Yang, H. / Su, S.M. / Sui, Z. / Dang, L. / Yen, K. / Popovici-Muller, J. / Codega, P. / Campos, C. / Mellinghoff, I.K. / Biller, S.A.
履歴
登録2020年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,5989
ポリマ－103,5662
非ポリマー2,0327
水11,097616
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8850 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area33290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.068, 119.797, 130.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial / IDH / ICD-M / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 51783.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48735, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

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非ポリマー , 5種, 623分子

#2: 化合物 ChemComp-9UO / 6-(6-chloropyridin-2-yl)-N2,N4-bis[(2R)-1,1,1-trifluoropropan-2-yl]-1,3,5-triazine-2,4-diamine


分子量: 414.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13ClF6N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM CaCl2, 0.1M Tris-HCL pH8.5, 20% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月29日
放射モノクロメーター: Pilatus 3 6M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 63731 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 22.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.99→2.03 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.905 / Num. unique obs: 3146 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I96

5i96


解像度: 1.99→42.06 Å / SU ML: 0.1541 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.7411
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2091 3046 4.92 %Random selection
Rwork0.1774 58855 --
obs0.179 61901 96.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→42.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6537 0 127 616 7280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00436905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67999368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04681008
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451224
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.47491011
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.020.2176950.21491706X-RAY DIFFRACTION62.06
2.02-2.060.24811240.19632159X-RAY DIFFRACTION79.57
2.06-2.090.24581330.20072335X-RAY DIFFRACTION86.2
2.09-2.130.27341220.19982540X-RAY DIFFRACTION92.53
2.13-2.170.24871390.19962682X-RAY DIFFRACTION97.78
2.17-2.220.25241390.19782738X-RAY DIFFRACTION99.31
2.22-2.260.21781490.18682743X-RAY DIFFRACTION99.9
2.26-2.320.23961270.18842737X-RAY DIFFRACTION99.79
2.32-2.370.21441430.18462765X-RAY DIFFRACTION99.97
2.37-2.440.22471450.1882755X-RAY DIFFRACTION99.97
2.44-2.510.241500.18252740X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.590.24591450.18592761X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.680.19941330.17392797X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.790.20221620.17782748X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.920.23091270.17592785X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.070.22571360.17812789X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.260.19861490.17282771X-RAY DIFFRACTION99.97
3.26-3.520.19321430.16672810X-RAY DIFFRACTION99.97
3.52-3.870.17751390.15852810X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.430.1891570.15132817X-RAY DIFFRACTION100
4.43-5.580.18191360.16322863X-RAY DIFFRACTION99.97
5.58-42.060.20161530.19923004X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -32.4603290885 Å / Origin y: 11.3263287318 Å / Origin z: -25.900576091 Å
111213212223313233
T0.0424014639052 Å20.00936571545214 Å20.0262691180808 Å2-0.0774942103877 Å2-0.0327527576899 Å2--0.100584335515 Å2
L1.03117440611 °20.553458071843 °20.28282556478 °2-1.84903143232 °20.817894237463 °2--1.7777303736 °2
S-0.107524627338 Å °0.0908666810842 Å °0.00689006707011 Å °-0.0519646994264 Å °-0.0453691582714 Å °0.0649773887216 Å °-0.0847265951187 Å °-0.0832283988199 Å °0.0620971976408 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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