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- PDB-6vep: Human insulin in complex with the human insulin microreceptor in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vep
タイトルHuman insulin in complex with the human insulin microreceptor in turn in complex with Fv 83-7
要素
  • (Insulin receptor subunit ...) x 2
  • Fv 83-7 heavy chain
  • Fv 83-7 light chain
  • Insulin B chain
  • Insulin chain A
キーワードHORMONE RECEPTOR/HORMONE/IMMUNE SYSTEM / HORMONE / HORMONE RECEPTOR-HORMONE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / positive regulation of developmental growth / insulin-like growth factor II binding / male sex determination / exocrine pancreas development / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / insulin receptor activity / positive regulation of protein-containing complex disassembly ...regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / positive regulation of developmental growth / insulin-like growth factor II binding / male sex determination / exocrine pancreas development / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / insulin receptor activity / positive regulation of protein-containing complex disassembly / cargo receptor activity / dendritic spine maintenance / insulin binding / PTB domain binding / negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / adrenal gland development / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / neuronal cell body membrane / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / activation of protein kinase activity / Insulin processing / regulation of protein secretion / amyloid-beta clearance / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of acute inflammatory response / positive regulation of receptor internalization / alpha-beta T cell activation / regulation of embryonic development / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / transport across blood-brain barrier / insulin receptor substrate binding / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / epidermis development / negative regulation of protein secretion / regulation of protein localization to plasma membrane / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / negative regulation of lipid catabolic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase binding / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / heart morphogenesis / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / positive regulation of protein autophosphorylation / dendrite membrane / Insulin receptor recycling / neuron projection maintenance / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of glycolytic process / activation of protein kinase B activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / receptor-mediated endocytosis / learning / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / caveola / acute-phase response / Regulation of insulin secretion / endosome lumen / positive regulation of protein secretion / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / positive regulation of cell differentiation / regulation of transmembrane transporter activity / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of MAP kinase activity / wound healing / insulin receptor binding / regulation of synaptic plasticity / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / receptor internalization / receptor protein-tyrosine kinase / memory / cognition / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / peptidyl-tyrosine phosphorylation
類似検索 - 分子機能
24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Alpha-Beta Horseshoe ...24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Alpha-Beta Horseshoe / Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ribbon / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin / Insulin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lawrence, M.C. / Menting, J.G.T.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1058233 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1143546 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: A structurally minimized yet fully active insulin based on cone-snail venom insulin principles.
著者: Xiong, X. / Menting, J.G. / Disotuar, M.M. / Smith, N.A. / Delaine, C.A. / Ghabash, G. / Agrawal, R. / Wang, X. / He, X. / Fisher, S.J. / MacRaild, C.A. / Norton, R.S. / Gajewiak, J. / ...著者: Xiong, X. / Menting, J.G. / Disotuar, M.M. / Smith, N.A. / Delaine, C.A. / Ghabash, G. / Agrawal, R. / Wang, X. / He, X. / Fisher, S.J. / MacRaild, C.A. / Norton, R.S. / Gajewiak, J. / Forbes, B.E. / Smith, B.J. / Safavi-Hemami, H. / Olivera, B. / Lawrence, M.C. / Chou, D.H.
履歴
登録2020年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Insulin chain A
B: Insulin B chain
C: Fv 83-7 heavy chain
D: Fv 83-7 light chain
E: Insulin receptor subunit alpha
F: Insulin receptor subunit beta
G: Insulin chain A
H: Insulin B chain
I: Fv 83-7 heavy chain
J: Fv 83-7 light chain
K: Insulin receptor subunit alpha
L: Insulin receptor subunit beta
M: Insulin chain A
N: Insulin B chain
O: Fv 83-7 heavy chain
P: Fv 83-7 light chain
Q: Insulin receptor subunit alpha
R: Insulin receptor subunit beta
S: Insulin chain A
T: Insulin B chain
U: Fv 83-7 heavy chain
V: Fv 83-7 light chain
W: Insulin receptor subunit alpha
X: Insulin receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,39244
ポリマ－289,59324
非ポリマー9,79920
水32418
1
A: Insulin chain A
B: Insulin B chain
C: Fv 83-7 heavy chain
D: Fv 83-7 light chain
E: Insulin receptor subunit alpha
F: Insulin receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,87711
ポリマ－72,3986
非ポリマー2,4785
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Insulin chain A
H: Insulin B chain
I: Fv 83-7 heavy chain
J: Fv 83-7 light chain
K: Insulin receptor subunit alpha
L: Insulin receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,73011
ポリマ－72,3986
非ポリマー2,3325
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: Insulin chain A
N: Insulin B chain
O: Fv 83-7 heavy chain
P: Fv 83-7 light chain
Q: Insulin receptor subunit alpha
R: Insulin receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,38111
ポリマ－72,3986
非ポリマー1,9835
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
S: Insulin chain A
T: Insulin B chain
U: Fv 83-7 heavy chain
V: Fv 83-7 light chain
W: Insulin receptor subunit alpha
X: Insulin receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,40411
ポリマ－72,3986
非ポリマー3,0065
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.030, 130.120, 148.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 AGMSBHNT

#1: タンパク質・ペプチド
Insulin chain A


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces pastorianus CBS 1513 (酵母) / 参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド
Insulin B chain


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces pastorianus CBS 1513 (酵母) / 参照: UniProt: P01308

-
Insulin receptor subunit ... , 2種, 8分子 EKQWFLRX

#5: タンパク質
Insulin receptor subunit alpha / IR


分子量: 36231.762 Da / 分子数: 4 / Fragment: residues 28-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INSR / プラスミド: pEE14 / 器官 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): LEC 8 MUTANT / 参照: UniProt: P06213, receptor protein-tyrosine kinase
#6: タンパク質・ペプチド
Insulin receptor subunit beta / IR


分子量: 1922.143 Da / 分子数: 4 / Fragment: residues 731-746 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06213, receptor protein-tyrosine kinase

-
抗体 , 2種, 8分子 CIOUDJPV

#3: 抗体
Fv 83-7 heavy chain


分子量: 15058.748 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igh / 発現宿主: Brevibacillus brevis (バクテリア)
#4: 抗体
Fv 83-7 light chain


分子量: 13367.913 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Brevibacillus brevis (バクテリア)

-
糖 , 7種, 20分子

#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#13: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 18分子

#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.01 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein: 4.5 mg/ml in 10 mM HEPES pH 7.5 Well condition: 16% PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 83231 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 83.57 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.263 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 3.64 / Mean I/σ(I) obs: 0.44 / Num. unique obs: 4086 / CC1/2: 0.112 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OGA

4oga


解像度: 2.9→48.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9012 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8787 / SU R Cruickshank DPI: 1.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.812 / SU Rfree Blow DPI: 0.305 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.316
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2253 4126 5 %RANDOM
Rwork0.1932 ---
obs0.1949 82572 98.11 %-
原子変位パラメータBiso mean: 101.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.7275 Å20 Å20.9692 Å2
2---35.1361 Å20 Å2
3---25.4085 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.552 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→48.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18652 0 648 18 19318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0119863HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2327060HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6869SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes464HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2817HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19863HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.72
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2693SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact21263SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 270 5 %
Rwork0.2349 5134 -
all0.2357 5404 -
obs--98.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8409-4.1080.10815.0555-2.24435.97140.058-0.8692-0.10490.35-0.00650.18510.0813-0.3886-0.05150.2894-0.1092-0.06970.26020.0478-0.243-52.6534-12.462252.688
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39.84232.2417-3.39583.06280.9619.9403-0.17452.98381.40870.3758-0.3825-0.1839-2.12462.11240.557-0.1455-0.5342-0.2586-1.0860.2814-0.0574-61.042111.5983-10.3981
42.3992-0.92481.8421.0861-0.99635.40660.07880.1676-0.2751-0.0436-0.2371-0.0120.8120.07960.15840.0285-0.1401-0.0344-0.28520.002-0.2702-55.1158-12.582322.5226
5-0.00621.03622.26210.0216-1.179718.0651-0.0531-0.64230.275-0.02020.07440.3733-0.2097-0.201-0.02120.2799-0.1641-0.118-0.30850.0146-0.0875-52.338-8.059944.0958
63.7995-1.609-1.0972.66810.497712.8081-0.18240.7105-0.661-0.75060.24820.0821-0.5052-0.3246-0.06590.2048-0.1729-0.00330.1138-0.0537-0.1839-62.24168.7478-95.6336
73.5745-0.2539-2.05881.11330.51137.3005-0.1799-0.1883-0.1961-0.3135-0.19370.18560.405-0.54320.3737-0.0588-0.18140.0050.1963-0.0606-0.1516-80.1886-7.6023-31.8426
83.8237-0.93431.05742.54310.217611.4056-0.2121-0.6448-0.45650.021-0.1597-0.21511.06242.03450.3717-0.24470.06540.10470.41610.1182-0.2287-59.2427-12.6095-31.7419
91.69321.0985-0.77352.1724-1.45444.02840.0037-0.23530.2253-0.1325-0.2845-0.1321-0.0323-0.09750.2808-0.030.03930.0683-0.1645-0.0475-0.2306-63.20699.6403-65.4256
100.01863.3896-2.01192.3636-1.635315.0081-0.0850.406-0.5474-0.17550.15460.29410.1931-0.0746-0.06970.0373-0.05570.04150.23420.0104-0.1309-60.78984.4925-87.4688
112.3921-0.25-3.428101.454413.83340.0481-1.0077-0.21120.4901-0.27210.1203-0.17680.11440.22390.2176-0.0116-0.080.0890.0068-0.1233-37.159111.991152.873
122.2595-0.4447-2.26091.3747-0.87576.4636-0.26390.3078-0.3710.0481-0.1719-0.2532-0.02060.55220.4357-0.3191-0.15040.05760.4713-0.1026-0.2493-9.49890.6087-8.604
134.45370.55060.0973.18481.70117.5025-0.43470.5886-0.6056-0.2130.11050.16870.8973-0.58660.3242-0.2459-0.29910.17540.3873-0.2197-0.1428-28.4995-10.1801-10.7203
142.1359-0.5543-1.18890.83571.34274.9669-0.02780.51620.19950.034-0.3272-0.0011-0.62830.00230.3551-0.0826-0.1161-0.0129-0.1449-0.0152-0.3431-34.172112.663223.0302
150.0464-0.9106-4.96280-0.746518.7321-0.1117-0.43-0.43980.4610.25150.00560.37760.1359-0.13970.2432-0.1044-0.0076-0.1873-0.0819-0.0545-37.2937.743544.3258
164.66230.441.1523.22611.15088.4006-0.0510.70290.325-0.4499-0.0207-0.41970.54590.79020.07170.23260.0110.0550.32920.0481-0.2417-26.18-9.17-95.6107
173.38341.01181.80510.0997-0.69689.0687-0.2468-0.15570.4171-0.2176-0.2694-0.1215-1.0120.75940.5162-0.1757-0.1854-0.04220.5125-0.0624-0.3127-9.28869.942-31.5258
183.4821.1249-0.80542.5340.325512.30720.1241-0.73590.5516-0.078-0.48090.6047-1.8162-1.95040.3568-0.33120.2937-0.16040.7511-0.2938-0.4193-30.392214.9447-31.233
192.26161.10261.97562.72151.15164.93390.0569-0.2501-0.1379-0.1608-0.27560.02880.30080.39110.2187-0.0290.0577-0.0451-0.05660.0052-0.2956-25.8627-7.8408-64.8376
202.99471.35924.058800.636414.4140.01590.47450.17390.03430.0695-0.2704-0.03730.3698-0.08540.16360.0694-0.11320.00270.0638-0.1437-27.7995-4.2927-87.3359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|21 B|1 - B|27 }A1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|21 B|1 - B|27 }B1 - 27
3X-RAY DIFFRACTION2{ C|1 - C|121 }C1 - 121
4X-RAY DIFFRACTION3{ D|-1 - D|114 }D-1 - 114
5X-RAY DIFFRACTION4{ E|4 - E|309 }E4 - 309
6X-RAY DIFFRACTION5{ F|704 - F|719 }F704 - 719
7X-RAY DIFFRACTION6{ H|3 - H|27 G|1 - G|21 }H3 - 27
8X-RAY DIFFRACTION6{ H|3 - H|27 G|1 - G|21 }G1 - 21
9X-RAY DIFFRACTION7{ I|1 - I|117 }I1 - 117
10X-RAY DIFFRACTION8{ J|0 - J|112 }J0 - 112
11X-RAY DIFFRACTION9{ K|4 - K|309 }K4 - 309
12X-RAY DIFFRACTION10{ L|704 - L|719 }L704 - 719
13X-RAY DIFFRACTION11{ M|1 - M|21 N|2 - N|27 }M1 - 21
14X-RAY DIFFRACTION11{ M|1 - M|21 N|2 - N|27 }N2 - 27
15X-RAY DIFFRACTION12{ O|1 - O|122 }O1 - 122
16X-RAY DIFFRACTION13{ P|0 - P|112 }P0 - 112
17X-RAY DIFFRACTION14{ Q|5 - Q|310 }Q5 - 310
18X-RAY DIFFRACTION15{ R|704 - R|719 }R704 - 719
19X-RAY DIFFRACTION16{ S|1 - S|21 T|2 - T|27 }S1 - 21
20X-RAY DIFFRACTION16{ S|1 - S|21 T|2 - T|27 }T2 - 27
21X-RAY DIFFRACTION17{ U|1 - U|117 }U1 - 117
22X-RAY DIFFRACTION18{ V|-2 - V|111 }V-2 - 111
23X-RAY DIFFRACTION19{ W|4 - W|309 }W4 - 309
24X-RAY DIFFRACTION20{ X|704 - X|719 }X704 - 719

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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