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- PDB-6ve5: X-ray structure of human REV7 in complex with Shieldin3 (residues... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ve5
タイトルX-ray structure of human REV7 in complex with Shieldin3 (residues 41-74)
要素
  • Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
  • Shieldin complex subunit 3
キーワードPROTEIN BINDING / DNA damage response / DNA double-strand break repair / DNA end resection / homologous recombination / non-homologous end joining / Shieldin3 / SHLD3 / RINN1 / REV7 / 53BP1 / RIF1
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / telomere maintenance in response to DNA damage / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of isotype switching / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / JUN kinase binding ...somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / telomere maintenance in response to DNA damage / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of isotype switching / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / JUN kinase binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / error-prone translesion synthesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / regulation of cell growth / actin filament organization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein catabolic process / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / spindle / double-strand break repair / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / chromosome / site of double-strand break / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell division / DNA repair / chromatin / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Shieldin complex subunit 3 / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Shieldin complex subunit 3 / Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cui, G. / Botuyan, M.V. / Mer, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA132878 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM reveals conformational flexibility in apo DNA polymerase ζ.
著者: Chloe Du Truong / Theodore A Craig / Gaofeng Cui / Maria Victoria Botuyan / Rachel A Serkasevich / Ka-Yi Chan / Georges Mer / Po-Lin Chiu / Rajiv Kumar /
要旨: The translesion synthesis (TLS) DNA polymerases Rev1 and Polζ function together in DNA lesion bypass during DNA replication, acting as nucleotide inserter and extender polymerases, respectively. ...The translesion synthesis (TLS) DNA polymerases Rev1 and Polζ function together in DNA lesion bypass during DNA replication, acting as nucleotide inserter and extender polymerases, respectively. While the structural characterization of the Saccharomyces cerevisiae Polζ in its DNA-bound state has illuminated how this enzyme synthesizes DNA, a mechanistic understanding of TLS also requires probing conformational changes associated with DNA- and Rev1 binding. Here, we used single-particle cryo-electron microscopy to determine the structure of the apo Polζ holoenzyme. We show that compared with its DNA-bound state, apo Polζ displays enhanced flexibility that correlates with concerted motions associated with expansion of the Polζ DNA-binding channel upon DNA binding. We also identified a lysine residue that obstructs the DNA-binding channel in apo Polζ, suggesting a gating mechanism. The Polζ subunit Rev7 is a hub protein that directly binds Rev1 and is a component of several other protein complexes such as the shieldin DNA double-strand break repair complex. We analyzed the molecular interactions of budding yeast Rev7 in the context of Polζ and those of human Rev7 in the context of shieldin using a crystal structure of Rev7 bound to a fragment of the shieldin-3 protein. Overall, our study provides new insights into Polζ mechanism of action and the manner in which Rev7 recognizes partner proteins.
履歴
登録2019年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
B: Shieldin complex subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9875
ポリマ－28,6982
非ポリマー2883
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area12040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.990, 59.990, 132.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B / Mitotic arrest deficient 2-like protein 2 / MAD2-like protein 2 / REV7 homolog / hREV7


分子量: 24630.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAD2L2, MAD2B, REV7 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI95
#2: タンパク質・ペプチド Shieldin complex subunit 3 / REV7-interacting novel NHEJ regulator 1 / Shield complex subunit 3


分子量: 4067.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHLD3, FLJ26957, RINN1 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZNX1
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Protein complex was in 5 mM HEPES, pH 7.4, 100 mM NaCl, 5 mM DDT at 25 mg/mL;Reservoir solution was 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 1.4 M MgSO4.6H20;Cryoprotection was done in 50% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月15日 / 詳細: Sagittal focusing 2nd crystal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.25 Å / Num. obs: 19399 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 22.6 % / Biso Wilson estimate: 24.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08271 / Rpim(I) all: 0.01825 / Rrim(I) all: 0.08478 / Net I/σ(I): 40.89
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.193 / Mean I/σ(I) obs: 4.11 / Num. unique obs: 1337 / CC1/2: 0.847 / CC star: 0.958 / Rpim(I) all: 0.2621 / Rrim(I) all: 1.222

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ABD

3abd


解像度: 2→29.25 Å / SU ML: 0.2082 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.0879
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 1919 10.01 %
Rwork0.2154 --
obs0.2178 19167 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1817 0 15 184 2016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00421867
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6522545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0466305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9345697
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.31671320.29781207X-RAY DIFFRACTION98.89
2.05-2.10.28531340.27641198X-RAY DIFFRACTION99.55
2.1-2.160.24241400.24721247X-RAY DIFFRACTION99.64
2.16-2.230.28991320.24371213X-RAY DIFFRACTION99.04
2.23-2.310.2651330.24881232X-RAY DIFFRACTION98.56
2.31-2.40.24681340.23211195X-RAY DIFFRACTION97.29
2.4-2.510.30881340.24181218X-RAY DIFFRACTION97.83
2.51-2.650.30741320.25071187X-RAY DIFFRACTION97.13
2.65-2.810.291340.22621210X-RAY DIFFRACTION97.67
2.81-3.030.22621340.21281253X-RAY DIFFRACTION98.65
3.03-3.330.21321410.19871246X-RAY DIFFRACTION99.07
3.33-3.810.21081430.18611242X-RAY DIFFRACTION99.21
3.81-4.80.17351450.15881274X-RAY DIFFRACTION99.23
4.8-29.250.24521510.22931326X-RAY DIFFRACTION96.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.321261718230.08787217887970.1446584540831.74998266017-0.1766336116933.280688242140.1742649275960.2444852670820.163725133037-0.0142109144553-0.0356638252383-0.127787769146-0.1700044257120.23147980996-0.1248061604410.1151815890230.0322483508954-0.01849048675870.132940987092-0.01280732876740.168790752591-36.133377258925.45678690983.26106086789
26.98571574989-2.1978436732-2.917771602375.057123873161.419814720986.082518236-0.06898033391160.402042960878-0.8427018023060.3362239602290.0204550273052-0.006428314243840.8234806406750.06348321829070.0536445583580.2028806191250.0498610407329-0.1181135252650.259566886378-0.09139636567010.242812368067-30.385619807213.492639663610.1017651638
33.278906986060.391772756933-2.469912790564.16575372174-0.06662710618775.41144776180.482026895894-0.2897006921990.85189858460.200479539449-0.001127418134950.239911284853-0.60570510161-0.108530753172-0.3743431979080.195141327728-0.05016236981780.01395342183430.295324745071-0.07751257021260.326990866803-34.052432695831.896876838416.3892040659
44.52273071040.7787332713751.76905940842.814669222830.308113318633.45313796140.366807582635-0.215168122173-0.6408262074840.18101738722-0.00523480508593-0.1746339679720.5783688092550.285550738821-0.1394784160910.2215138920940.0649574184167-0.07824113644810.247431971298-0.03401176106340.259701033713-31.543640182713.846824039310.7222917724
54.888881730452.34293271009-4.010192603835.77011410341-4.559160470918.5182086095-0.009473383069230.680664573535-0.769202627155-0.079717497226-0.0132099704886-0.2603839998930.700779389274-0.1848277246130.1414981253650.3500783049870.0889585622047-0.1245072535530.232016769502-0.1494536692980.390026377345-35.34411844179.739745787810.307842488411
60.769522734819-0.132302000654-0.366061235536.983264718020.4127277184357.27140459340.04614051096260.3149050699860.403456204748-1.100433628790.381387960039-0.928127743242-0.5302297739371.566597323340.4790477353580.42994061202-0.2482309917180.07150328720960.9727604816260.1630959703220.359298359695-28.406683181126.9008893962-15.7496949042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 76 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 103 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 104 through 135 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 136 through 208 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 48 through 61 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 62 through 74 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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