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万見
- PDB-6vd0: Crystal structure of Arabidopsis thaliana S-adenosylmethionine Sy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vd0
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana S-adenosylmethionine Synthase 2 (AtMAT2) in complex with free Methionine and AMPCPP
要素S-adenosylmethionine synthase 2
キーワードTRANSFERASE / methionine adenosyltransferase / SAM synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type cell wall / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / plasmodesma / one-carbon metabolic process / copper ion binding / nucleolus / extracellular exosome / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / : / METHIONINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-adenosylmethionine synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sekula, B. / Ruszkowski, M. / Dauter, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)The Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: S-adenosylmethionine synthases in plants: Structural characterization of type I and II isoenzymes from Arabidopsis thaliana and Medicago truncatula.
著者: Sekula, B. / Ruszkowski, M. / Dauter, Z.
履歴
登録2019年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase 2
B: S-adenosylmethionine synthase 2
C: S-adenosylmethionine synthase 2
D: S-adenosylmethionine synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,91632
ポリマ－176,6804
非ポリマー4,23628
水21,6181200
1
A: S-adenosylmethionine synthase 2
B: S-adenosylmethionine synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,47917
ポリマ－88,3402
非ポリマー2,13915
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9870 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area25580 Å2
手法PISA
2
C: S-adenosylmethionine synthase 2
D: S-adenosylmethionine synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,43715
ポリマ－88,3402
非ポリマー2,09713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9770 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area25140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.941, 84.721, 119.503
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 388
2010B1 - 388
1020A1 - 387
2020C1 - 387
1030A1 - 389
2030D1 - 389
1040B1 - 387
2040C1 - 387
1050B1 - 388
2050D1 - 388
1060C1 - 387
2060D1 - 387

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
S-adenosylmethionine synthase 2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2


分子量: 44169.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: leaves / 遺伝子: SAM2, At4g01850, T7B11.11 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17562, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 8種, 1228分子

#2: 化合物
ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.12 M Alcohols (1,6-hexanediol; 1-butanol; 1,2-propanediol; 2-propanol; 1,4-butanediol; 1,3-propanediol), 0.1 M HEPES and MOPS buffer at pH 7.5, 20% mmPEG500, 10% PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月16日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.83 Å / Num. obs: 136621 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.21 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 8.78
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.41 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique obs: 13511 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VCZ

6vcz


解像度: 2→39.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 9.462 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.162
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2507 2672 2 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.2226 133001 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.88 Å2 / Biso mean: 26.208 Å2 / Biso min: 10.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å20.09 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→39.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12053 0 252 1201 13506
Biso mean--29.93 32.8 -
残基数----1558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01312610
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.661.65317104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3531.58427076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.16851570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.74322.567635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52152107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3761576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022545
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A128720.05
12B128720.05
21A128900.06
22C128900.06
31A129890.05
32D129890.05
41B128880.06
42C128880.06
51B129700.05
52D129700.05
61C129250.05
62D129250.05
LS精密化 シェル解像度: 2→2.048 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 185 -
Rwork0.264 8545 -
obs--86.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1749-0.17310.01330.2351-0.02270.0079-0.0142-0.001-0.0630.01240.01770.03510.00280.0056-0.00350.00470.0060.01210.0173-0.00330.096523.93743.036-0.432
20.3034-0.162-0.02450.1998-0.01460.01210.00270.0090.07880.01970.0041-0.0229-0.008-0.0056-0.00680.00680.00310.00820.0038-0.0070.101527.09765.9310.026
30.1586-0.14490.00890.2432-0.03680.0111-0.00520.006-0.0680.00080.00570.03090.00820.0007-0.00050.02980.0021-0.00220.006-0.01160.058618.27625.08858.556
40.2047-0.1042-0.05310.1942-0.01120.02580.0246-0.00270.0409-0.0006-0.01440.0057-0.0130.0068-0.01010.0169-0.0025-0.00610.00550.0040.058220.8747.9159.474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 392
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 389
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 389
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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