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- PDB-6vcr: Crystal structure of E.coli RppH in complex with CTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vcr
タイトルCrystal structure of E.coli RppH in complex with CTP
要素RNA pyrophosphohydrolase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / RNA decapping / RNA destabilization / mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / tRNA processing / mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA pyrophosphohydrolase RppH / NUDIX hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...RNA pyrophosphohydrolase RppH / NUDIX hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE / RNA pyrophosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli S88 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Gao, A. / Vasilyev, N. / Kaushik, A. / Duan, W. / Serganov, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM112940 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Principles of RNA and nucleotide discrimination by the RNA processing enzyme RppH.
著者: Gao, A. / Vasilyev, N. / Kaushik, A. / Duan, W. / Serganov, A.
履歴
登録2019年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA pyrophosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6896
ポリマ－18,9661
非ポリマー1,7245
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.525, 38.811, 57.692
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.022, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 RNA pyrophosphohydrolase / (Di)nucleoside polyphosphate hydrolase / Ap5A pyrophosphatase


分子量: 18965.773 Da / 分子数: 1 / 変異: Q159A, E160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli S88 (大腸菌) / 遺伝子: rppH, nudH, ygdP, b2830, JW2798 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0A776, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.4 M (NH4)2SO4, 10% (v/v) PEG3350, 10% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.31 Å / Num. obs: 22689 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 19.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Num. unique obs: 2121 / CC1/2: 0.887

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3546精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S2Y

4s2y


解像度: 1.6→19.31 Å / SU ML: 0.1385 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.7848
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1904 1135 5 %
Rwork0.1643 --
obs0.1656 22688 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1302 0 97 186 1585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00791436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33991967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0528198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9937533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.670.23741350.20212555X-RAY DIFFRACTION94.22
1.67-1.760.22631400.18972672X-RAY DIFFRACTION99.5
1.76-1.870.20671420.17432690X-RAY DIFFRACTION99.93
1.87-2.020.20271420.16452696X-RAY DIFFRACTION99.89
2.02-2.220.19981420.15362704X-RAY DIFFRACTION99.96
2.22-2.540.19421430.15862713X-RAY DIFFRACTION99.83
2.54-3.20.16431440.16512736X-RAY DIFFRACTION99.83
3.2-19.310.1871470.16082787X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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