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万見
- PDB-6vca: TB38 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vca
タイトルTB38 complex
要素
  • 5'-nucleotidase, ecto (CD73), isoform CRA_a
  • TB38 heavy chain
  • TB38 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / nucleotide catabolic process / : / Nicotinate metabolism / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / calcium ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Zhou, Y.F. / Lord, D.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A highly potent CD73 biparatopic antibody blocks organization of the enzyme active site through dual mechanisms.
著者: Stefano, J.E. / Lord, D.M. / Zhou, Y. / Jaworski, J. / Hopke, J. / Travaline, T. / Zhang, N. / Wong, K. / Lennon, A. / He, T. / Bric-Furlong, E. / Cherrie, C. / Magnay, T. / Remy, E. / ...著者: Stefano, J.E. / Lord, D.M. / Zhou, Y. / Jaworski, J. / Hopke, J. / Travaline, T. / Zhang, N. / Wong, K. / Lennon, A. / He, T. / Bric-Furlong, E. / Cherrie, C. / Magnay, T. / Remy, E. / Brondyk, W. / Qiu, H. / Radosevic, K.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase, ecto (CD73), isoform CRA_a
B: 5'-nucleotidase, ecto (CD73), isoform CRA_a
C: 5'-nucleotidase, ecto (CD73), isoform CRA_a
D: 5'-nucleotidase, ecto (CD73), isoform CRA_a
H: TB38 heavy chain
L: TB38 light chain
E: TB38 heavy chain
F: TB38 light chain
P: TB38 heavy chain
O: TB38 light chain
K: TB38 heavy chain
J: TB38 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)428,80615
ポリマ－427,57312
非ポリマー1,2323
水00
1
A: 5'-nucleotidase, ecto (CD73), isoform CRA_a
B: 5'-nucleotidase, ecto (CD73), isoform CRA_a
H: TB38 heavy chain
L: TB38 light chain
E: TB38 heavy chain
F: TB38 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,7988
ポリマ－213,7876
非ポリマー1,0112
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-nucleotidase, ecto (CD73), isoform CRA_a
D: 5'-nucleotidase, ecto (CD73), isoform CRA_a
P: TB38 heavy chain
O: TB38 light chain
K: TB38 heavy chain
J: TB38 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,0087
ポリマ－213,7876
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)236.910, 336.200, 222.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
5'-nucleotidase, ecto (CD73), isoform CRA_a / Ecto-5'-nucleotidase


分子量: 58882.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, hCG_401111 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q53Z63, UniProt: P21589*PLUS, 5'-nucleotidase

-
抗体 , 2種, 8分子 HEPKLFOJ

#2: 抗体
TB38 heavy chain


分子量: 25160.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
TB38 light chain


分子量: 22850.287 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 3分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.6M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.4M potassium phosphate dibasic, and 0.1M sodium phosphate citrate pH 5.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.73→78.612 Å / Num. obs: 92120 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.586 % / Biso Wilson estimate: 135.164 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.255 / Rrim(I) all: 0.277 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 6.12 / Num. measured all: 606702 / Scaling rejects: 75
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.73-3.836.6843.5850.5945232676867670.1943.889100
3.83-3.936.7962.8930.7844583656565600.283.13499.9
3.93-4.056.642.1641.0642447639763930.4172.3599.9
4.05-4.176.9181.6861.4943003621962160.5641.824100
4.17-4.316.8111.311.9341155604860420.6971.41999.9
4.31-4.466.6740.9292.7739019584658460.8191.008100
4.46-4.636.320.6833.5535647564556400.8770.74599.9
4.63-4.826.6740.5764.1736271544054350.9240.62599.9
4.82-5.036.4960.4545.0234066524452440.9420.494100
5.03-5.286.8520.4185.5334128498149810.9460.453100
5.28-5.566.770.3695.9532230476147610.9540.4100
5.56-5.96.6060.3356.2929788451045090.960.364100
5.9-6.36.4160.2697.1927221424342430.9680.293100
6.3-6.816.4650.2118.6425602396239600.980.2399.9
6.81-7.466.7260.14711.7124558365236510.9890.16100
7.46-8.346.410.09715.8521282332433200.9950.10699.9
8.34-9.636.0460.06920.1217823294929480.9960.076100
9.63-11.86.1670.05624.4715466251125080.9970.06199.9
11.8-16.685.7390.05224.7211323197619730.9970.05899.8
16.68-78.6125.2160.05425.035858115311230.9960.0697.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H2F

4h2f


解像度: 3.73→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 46.313 / SU ML: 0.584 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.566
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 4586 5 %RANDOM
Rwork0.2238 ---
obs0.2258 87359 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 548.42 Å2 / Biso mean: 180.637 Å2 / Biso min: 59.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.45 Å2-0 Å20 Å2
2---6.17 Å2-0 Å2
3---8.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.73→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27730 0 81 0 27811
Biso mean--228.12 --
残基数----3616
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01328519
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01725937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.64238782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1741.57660402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.30453613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19223.1421308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.926154630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2515122
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.23718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0231967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.025792
LS精密化 シェル解像度: 3.73→3.826 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 365 -
Rwork0.392 6279 -
all-6644 -
obs--99.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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