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- PDB-6vb8: Crystal structure of a lectin from Canavalia brasiliensis seed (C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vb8
タイトルCrystal structure of a lectin from Canavalia brasiliensis seed (ConBr) complexed with indole-3-acetic acid
要素Concanavalin-Br
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Canavalia brasiliensis / ConBr / IAA / indole-3-acetic acid / auxin / Lectin / ABU / alpha-aminobutyric acid
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / toxin activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / : / Concanavalin-Br
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia brasiliensis (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bezerra, E.H.S. / Queiroz, P.P. / da Silva, F.M.S. / Girao, M.S. / Sales, M.V. / Paiva, C.P.S. / Freire, V.N. / Rocha, B.A.M.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into phytohormone interaction to plant lectin ConBr
著者: Bezerra, E.H.S. / Sales, M.V. / Girao, M.S. / da Silva, F.M.S. / Queiroz, P.P. / Paiva, C.P.S. / Freire, V.N. / Rocha, B.A.M.
履歴
登録2019年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1298
ポリマ－25,5921
非ポリマー5367
水79344
1
A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子

A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子

A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子

A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,51532
ポリマ－102,3704
非ポリマー2,14528
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area11970 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area32120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.806, 72.427, 99.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Concanavalin-Br / Con Br


分子量: 25592.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia brasiliensis (マメ科) / 参照: UniProt: P55915

-
非ポリマー , 7種, 51分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-DBB / D-ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#7: 化合物 ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID


分子量: 175.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.69 Å / Num. obs: 12527 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Num. unique obs: 1596 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.225 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0241精密化
MOLREP10.2.31位相決定
SCALA3.3.22データスケーリング
XDSMarch 15, 2019データ削減
MxCuBE2.3.0.1データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JU9

3ju9


解像度: 2.2→49.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 13.134 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.21
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 660 5.3 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
obs0.2005 11864 98.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.67 Å2 / Biso mean: 45.966 Å2 / Biso min: 28.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.32 Å20 Å2
3----2.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1775 0 30 44 1849
Biso mean--62.07 44.24 -
残基数----233
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0131847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2741.6342513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1691.5763877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5695233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.42623.29382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66815286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.655157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02380
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 52 -
Rwork0.223 704 -
all-756 -
obs--81.2 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.386 Å / Origin y: 14.256 Å / Origin z: 10.956 Å
111213212223313233
T0.0855 Å2-0.0789 Å2-0.0549 Å2-0.1445 Å20.0411 Å2--0.0483 Å2
L1.6721 °20.0019 °20.2804 °2-2.3176 °20.6925 °2--3.1791 °2
S-0.0536 Å °-0.135 Å °0.1084 Å °0.122 Å °-0.0557 Å °-0.2094 Å °-0.3376 Å °0.31 Å °0.1093 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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