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- PDB-6v8w: CDYL2 chromodomain in complex with a synthetic peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v8w
タイトルCDYL2 chromodomain in complex with a synthetic peptide
要素
  • Chromodomain Y-like protein 2
  • IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
キーワードPROTEIN BINDING / chromodomain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


: / transcription corepressor activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Chromo domain, conserved site / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Chromo/chromo shadow domain ...: / Chromo domain, conserved site / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromodomain Y-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dong, C. / Tempel, W. / James, L.I. / Lamb, K.N. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Min, J. / Structural Genomics Consortium / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Binding Selectivity of Human CDY Chromodomains.
著者: Dong, C. / Liu, Y. / Lyu, T.J. / Beldar, S. / Lamb, K.N. / Tempel, W. / Li, Y. / Li, Z. / James, L.I. / Qin, S. / Wang, Y. / Min, J.
履歴
登録2019年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chromodomain Y-like protein 2
AA: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
B: Chromodomain Y-like protein 2
BB: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
C: Chromodomain Y-like protein 2
CC: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
D: Chromodomain Y-like protein 2
DD: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
E: Chromodomain Y-like protein 2
EE: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
F: Chromodomain Y-like protein 2
FF: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
G: Chromodomain Y-like protein 2
GG: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
H: Chromodomain Y-like protein 2
HH: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
I: Chromodomain Y-like protein 2
II: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
J: Chromodomain Y-like protein 2
JJ: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
K: Chromodomain Y-like protein 2
KK: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
L: Chromodomain Y-like protein 2
LL: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
M: Chromodomain Y-like protein 2
MM: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
N: Chromodomain Y-like protein 2
NN: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
O: Chromodomain Y-like protein 2
OO: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
P: Chromodomain Y-like protein 2
PP: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
Q: Chromodomain Y-like protein 2
QQ: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
R: Chromodomain Y-like protein 2
RR: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
S: Chromodomain Y-like protein 2
SS: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
T: Chromodomain Y-like protein 2
TT: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
U: Chromodomain Y-like protein 2
UU: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
V: Chromodomain Y-like protein 2
VV: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
W: Chromodomain Y-like protein 2
WW: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
X: Chromodomain Y-like protein 2
XX: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
Y: Chromodomain Y-like protein 2
YY: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
Z: Chromodomain Y-like protein 2
ZZ: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,25980
ポリマ－213,25952
非ポリマー028
水00
1
A: Chromodomain Y-like protein 2
AA: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2025
ポリマ－8,2022
非ポリマー03
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chromodomain Y-like protein 2
BB: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


  • 登録者が定義した集合体
  • 8.2 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2022
ポリマ－8,2022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Chromodomain Y-like protein 2
CC: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2024
ポリマ－8,2022
非ポリマー02
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Chromodomain Y-like protein 2
DD: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2024
ポリマ－8,2022
非ポリマー02
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Chromodomain Y-like protein 2
EE: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2022
ポリマ－8,2022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Chromodomain Y-like protein 2
FF: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2026
ポリマ－8,2022
非ポリマー04
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Chromodomain Y-like protein 2
GG: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


  • 登録者が定義した集合体
  • 8.2 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2023
ポリマ－8,2022
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Chromodomain Y-like protein 2
HH: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2023
ポリマ－8,2022
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Chromodomain Y-like protein 2
II: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


  • 登録者が定義した集合体
  • 8.2 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2023
ポリマ－8,2022
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Chromodomain Y-like protein 2
JJ: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2023
ポリマ－8,2022
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Chromodomain Y-like protein 2
KK: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2023
ポリマ－8,2022
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Chromodomain Y-like protein 2
LL: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2022
ポリマ－8,2022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: Chromodomain Y-like protein 2
MM: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2023
ポリマ－8,2022
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: Chromodomain Y-like protein 2
NN: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


  • 登録者が定義した集合体
  • 8.2 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2024
ポリマ－8,2022
非ポリマー02
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: Chromodomain Y-like protein 2
OO: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


  • 登録者が定義した集合体
  • 8.2 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2023
ポリマ－8,2022
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: Chromodomain Y-like protein 2
PP: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2022
ポリマ－8,2022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
17
Q: Chromodomain Y-like protein 2
QQ: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2023
ポリマ－8,2022
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
18
R: Chromodomain Y-like protein 2
RR: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


  • 登録者が定義した集合体
  • 8.2 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2022
ポリマ－8,2022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
19
S: Chromodomain Y-like protein 2
SS: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2025
ポリマ－8,2022
非ポリマー03
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
20
T: Chromodomain Y-like protein 2
TT: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2023
ポリマ－8,2022
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
21
U: Chromodomain Y-like protein 2
UU: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2022
ポリマ－8,2022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
22
V: Chromodomain Y-like protein 2
VV: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2022
ポリマ－8,2022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
23
W: Chromodomain Y-like protein 2
WW: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2022
ポリマ－8,2022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
24
X: Chromodomain Y-like protein 2
XX: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


  • 登録者が定義した集合体
  • 8.2 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2023
ポリマ－8,2022
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
25
Y: Chromodomain Y-like protein 2
YY: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


  • 登録者が定義した集合体
  • 8.2 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2023
ポリマ－8,2022
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
26
Z: Chromodomain Y-like protein 2
ZZ: IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


  • 登録者が定義した集合体
  • 8.2 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2023
ポリマ－8,2022
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.840, 82.160, 128.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121
131
141
151
161
171
181
191
201
211
221
231
241
251
261
12
22
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42
52
62
72
82
92
102
112
122
132
142
152
162
172
182
192
202
212
222
232
242
252

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYILEILE(chain 'AA' and (resid 4 through 10 or (resid 11...AA4 - 524 - 52
211GLYGLYILEILE(chain 'AC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...BC4 - 524 - 52
311GLYGLYILEILE(chain 'BA' and (resid 4 through 10 or (resid 11...CE4 - 524 - 52
411GLYGLYILEILE(chain 'BC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...DG4 - 524 - 52
511GLYGLYILEILE(chain 'CA' and (resid 4 through 10 or (resid 11...EI4 - 524 - 52
611GLYGLYILEILE(chain 'CC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...FK4 - 524 - 52
711GLYGLYILEILE(chain 'DA' and (resid 4 through 12 or (resid 13...GM4 - 524 - 52
811GLYGLYILEILE(chain 'DC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...HO4 - 524 - 52
911GLYGLYILEILE(chain 'EA' and (resid 4 through 10 or (resid 11...IQ4 - 524 - 52
1011GLYGLYILEILE(chain 'EC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...JS4 - 524 - 52
1111GLYGLYILEILE(chain 'FA' and (resid 4 through 10 or (resid 11...KU4 - 524 - 52
1211GLYGLYILEILE(chain 'FC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...LW4 - 524 - 52
1311GLYGLYILEILE(chain 'GA' and (resid 4 through 10 or (resid 11...MY4 - 524 - 52
1411GLYGLYILEILE(chain 'GC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...NAA4 - 524 - 52
1511GLYGLYILEILE(chain 'HA' and (resid 4 through 10 or (resid 11...OCA4 - 524 - 52
1611GLYGLYILEILE(chain 'HC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...PEA4 - 524 - 52
1711GLYGLYILEILE(chain 'IA' and (resid 4 through 10 or (resid 11...QGA4 - 524 - 52
1811GLYGLYILEILE(chain 'IC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...RIA4 - 524 - 52
1911GLYGLYILEILE(chain 'JA' and (resid 4 through 10 or (resid 11...SKA4 - 524 - 52
2011GLYGLYILEILE(chain 'JC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...TMA4 - 524 - 52
2111GLYGLYILEILE(chain 'KA' and (resid 4 through 10 or (resid 11...UOA4 - 524 - 52
2211GLYGLYILEILE(chain 'KC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...VQA4 - 524 - 52
2311GLYGLYILEILE(chain 'LA' and (resid 4 through 10 or (resid 11...WSA4 - 524 - 52
2411GLYGLYILEILE(chain 'LC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...XUA4 - 524 - 52
2511GLYGLYILEILE(chain 'MA' and (resid 4 through 10 or (resid 11...YWA4 - 524 - 52
2611GLYGLYILEILE(chain 'MC' and (resid 4 through 10 or (resid 11...ZYA4 - 524 - 52
112PHEPHEPHEPHE(chain 'AB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...AAB12
122PHEPHE5T35T3(chain 'AB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...AAB3 - 44 - 5
212PHEPHEPHEPHE(chain 'AD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...BBD12
222PHEPHE5T35T3(chain 'AD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...BBD3 - 44 - 5
312PHEPHEPHEPHE(chain 'BB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...CCF12
322PHEPHE5T35T3(chain 'BB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...CCF3 - 44 - 5
412PHEPHEPHEPHE(chain 'BD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...DDH12
422PHEPHE5T35T3(chain 'BD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...DDH3 - 44 - 5
512PHEPHEPHEPHE(chain 'CB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...EEJ12
522PHEPHE5T35T3(chain 'CB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...EEJ3 - 44 - 5
612PHEPHEPHEPHE(chain 'CD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...FFL12
622PHEPHE5T35T3(chain 'CD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...FFL3 - 44 - 5
712PHEPHEPHEPHE(chain 'DB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...GGN12
722PHEPHE5T35T3(chain 'DB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...GGN3 - 44 - 5
812PHEPHEPHEPHE(chain 'DD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...HHP12
822PHEPHE5T35T3(chain 'DD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...HHP3 - 44 - 5
912PHEPHEPHEPHE(chain 'EB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...IIR12
922PHEPHE5T35T3(chain 'EB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...IIR3 - 44 - 5
1012PHEPHEPHEPHE(chain 'ED' and (resid 1 through 3 or (resid 4...JJT12
1022PHEPHE5T35T3(chain 'ED' and (resid 1 through 3 or (resid 4...JJT3 - 44 - 5
1112PHEPHEPHEPHE(chain 'FB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...KKV12
1122PHEPHE5T35T3(chain 'FB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...KKV3 - 44 - 5
1212PHEPHEPHEPHE(chain 'FD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...LLX12
1222PHEPHE5T35T3(chain 'FD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...LLX3 - 44 - 5
1312PHEPHEPHEPHE(chain 'GB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...MMZ12
1322PHEPHE5T35T3(chain 'GB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...MMZ3 - 44 - 5
1412PHEPHEPHEPHE(chain 'GD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...NNBA12
1422PHEPHE5T35T3(chain 'GD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...NNBA3 - 44 - 5
1512PHEPHEPHEPHE(chain 'HB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...OODA12
1522PHEPHE5T35T3(chain 'HB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...OODA3 - 44 - 5
1612PHEPHEPHEPHE(chain 'HD' and (resid 1 through 4 or (resid 5 and (name N or name CA ))))PPFA12
1622PHEPHE5T35T3(chain 'HD' and (resid 1 through 4 or (resid 5 and (name N or name CA ))))PPFA3 - 44 - 5
1712PHEPHEPHEPHE(chain 'IB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...QQHA12
1722PHEPHE5T35T3(chain 'IB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...QQHA3 - 44 - 5
1812PHEPHEPHEPHE(chain 'ID' and (resid 1 through 3 or (resid 4...RRJA12
1822PHEPHE5T35T3(chain 'ID' and (resid 1 through 3 or (resid 4...RRJA3 - 44 - 5
1912PHEPHEPHEPHE(chain 'JB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...SSLA12
1922PHEPHE5T35T3(chain 'JB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...SSLA3 - 44 - 5
2012PHEPHEPHEPHE(chain 'JD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...TTNA12
2022PHEPHE5T35T3(chain 'JD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...TTNA3 - 44 - 5
2112PHEPHEPHEPHE(chain 'KD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...VVRA12
2122PHEPHE5T35T3(chain 'KD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...VVRA3 - 44 - 5
2212PHEPHEPHEPHE(chain 'LB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...WWTA12
2222PHEPHE5T35T3(chain 'LB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...WWTA3 - 44 - 5
2312PHEPHEPHEPHE(chain 'LD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...XXVA12
2322PHEPHE5T35T3(chain 'LD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...XXVA3 - 44 - 5
2412PHEPHEPHEPHE(chain 'MB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...YYXA12
2422PHEPHE5T35T3(chain 'MB' and (resid 1 through 3 or (resid 4...YYXA3 - 44 - 5
2512PHEPHEPHEPHE(chain 'MD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...ZZZA12
2522PHEPHE5T35T3(chain 'MD' and (resid 1 through 3 or (resid 4...ZZZA3 - 44 - 5

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 ...
Chromodomain Y-like protein 2 / CDY-like 2


分子量: 7451.329 Da / 分子数: 26 / 断片: chromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDYL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N8U2
#2: タンパク質・ペプチド ...
IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2


分子量: 750.948 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 28 / 由来タイプ: 合成
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 15% PEG8000, 0.2 M MgCl2 and 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97901 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→36.25 Å / Num. obs: 50439 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 42.26 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allNet I/σ(I) obs
12.08-36.2594.73.40.0395740.9970.04625
2.7-2.7798.63.70.87536600.5411.0221.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimlessデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: from early version of PDB entry 6v2d

6v2d


解像度: 2.8→36.25 Å / SU ML: 0.4002 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.6138
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2705 2234 4.93 %
Rwork0.2045 43083 -
obs0.2077 45317 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12223 0 28 0 12251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.029217017
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05891661
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00582301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.31274597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.860.32221340.23942651X-RAY DIFFRACTION99.36
2.86-2.930.3521530.25432664X-RAY DIFFRACTION99.54
2.93-30.34461350.26072663X-RAY DIFFRACTION99.54
3-3.080.35641530.24972659X-RAY DIFFRACTION99.54
3.08-3.170.2971340.23922718X-RAY DIFFRACTION99.65
3.17-3.270.32521410.22162664X-RAY DIFFRACTION99.5
3.27-3.390.27721450.21072652X-RAY DIFFRACTION99.68
3.39-3.530.25281280.20022702X-RAY DIFFRACTION99.61
3.53-3.690.26371500.20172689X-RAY DIFFRACTION99.54
3.69-3.880.26641370.18572685X-RAY DIFFRACTION99.68
3.88-4.120.21081390.1712689X-RAY DIFFRACTION99.86
4.12-4.440.26191290.1642725X-RAY DIFFRACTION99.69
4.44-4.890.24681270.15022723X-RAY DIFFRACTION99.82
4.89-5.590.20341320.18032720X-RAY DIFFRACTION99.72
5.59-7.040.24031380.22262723X-RAY DIFFRACTION99.76
7.04-36.250.29871590.26412756X-RAY DIFFRACTION98.75

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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