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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v72 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Metallo Beta Lactamase from Erythrobacter litoralis | ||||||
![]() | Beta-lactamase II | ||||||
![]() | HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maltseva, N. / Kim, Y. / Clancy, S. / Endres, M. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Metallo Beta Lactamase from Erythrobacter litoralis 著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Clancy, S. / Endres, M. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26285.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() 参照: UniProt: Q2N9N3 |
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-非ポリマー , 5種, 210分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.73 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M CaCl2;0.1M TRIS pH 8.5; 25% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→33.06 Å / Num. obs: 39040 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 16.87 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 24.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 1817 / CC1/2: 0.571 / Rsym value: 0.719 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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