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- PDB-6v6g: Crystal structure of CTX-M-14 E166A/P167S/D240G beta-lactamase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v6g
タイトルCrystal structure of CTX-M-14 E166A/P167S/D240G beta-lactamase
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / drug resistance / protein evolution / protein structure / conformational change / enzyme kinetics / enzyme catalysis / protein stability / protein-drug interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Brown, C.A. / Hu, L. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)AI32956 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Antagonism between substitutions in beta-lactamase explains a path not taken in the evolution of bacterial drug resistance.
著者: Brown, C.A. / Hu, L. / Sun, Z. / Patel, M.P. / Singh, S. / Porter, J.R. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Bowman, G.R. / Palzkill, T.
履歴
登録2019年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32021年6月30日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0043
ポリマ－27,8741
非ポリマー1292
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.428, 41.428, 231.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-626-

HOH

21A-653-

HOH

31A-675-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27874.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla, bla CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AM465_01285, AM465_ ...遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla, bla CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AM465_01285, AM465_06510, AM465_23360, APT94_14605, BEN53_26220, BET08_34355, BJJ90_27545, BK334_27290, BOH76_00730, BON63_16015, BON66_01305, BON69_22545, BON71_04040, BON75_10525, BON76_14325, BON81_01055, BON83_15455, BON86_08515, BON91_02075, BON92_04750, BON94_23850, BON95_01680, BON96_03940, BXT93_06855, C5N07_28500, C5P43_21980, CDL37_21060, CR538_26855, CRT46_23505, DW236_20870, EIA08_25160, EIA21_26975, ELT23_05930, ETN48_p0088, FNJ69_13810, FQR64_24895, FTV90_03295, pCT_085, pHK01_011, RCS103_P0010, RCS30_P0082, RCS56_P0085, RCS60_P0031, RCS63_P0006, RCS65_P0008, RCS66_P0053, SAMEA4362930_00013, SAMEA4370290_00046
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9L5C7, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M sodium acetate pH 5, 20% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35.88 Å / Num. obs: 37871 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 12.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 3494 / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.149 / Rrim(I) all: 0.488

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt


解像度: 1.5→35.88 Å / SU ML: 0.1432 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4508
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 1858 4.91 %
Rwork0.1827 --
obs0.1843 37871 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1931 0 8 280 2219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00681965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91682670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0543317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.344282
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.27831360.23062541X-RAY DIFFRACTION91.68
1.54-1.590.25941700.22792680X-RAY DIFFRACTION99.41
1.59-1.640.27111310.21432750X-RAY DIFFRACTION99.97
1.64-1.70.27641600.2192699X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.760.23641530.20882755X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.840.22121380.19822765X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.940.25181640.18962756X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.060.1961350.18522800X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.220.20831530.17552757X-RAY DIFFRACTION99.93
2.22-2.450.20851390.17662831X-RAY DIFFRACTION99.8
2.45-2.80.22951080.17352844X-RAY DIFFRACTION99.53
2.8-3.530.20451400.16692850X-RAY DIFFRACTION98.68
3.53-35.880.18091310.17022985X-RAY DIFFRACTION96.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.347345470090.0597108253274-0.4116882056021.053107266530.2485023902831.646359531670.03962238688710.151070119513-0.233914278322-0.05084992371670.06127059077170.1951392986420.875212822005-0.181720739769-0.0413167890370.311935140254-0.027243075191-0.09292593854620.170402199557-0.01854375570890.1458011741541.71453034001-16.8891074576-27.1530314063
21.41633552055-0.100064156819-0.215301184650.3802604412020.3426491442910.7472495342250.0829976910833-0.367928987613-0.001797646218420.160567211574-0.03058451621670.06960374666930.0145109540665-0.5061757955450.3216367381940.0659453177081-0.0141762690512-0.0121156954880.3536759606070.02912436176650.124284143891-12.69908158471.26439827735-7.66632845678
32.474807680880.594580714060.9684791347574.175145818220.423153529362.83923138233-0.08685200342180.2098620047810.0752515978257-0.4862136272260.0422132052469-0.32112948326-0.3581662022960.1535399657450.120114219490.2995794396250.05328652368110.04925320218540.1781864342740.06452834064380.170809403104-3.4644041333315.9085011191-12.841583725
40.687107501543-0.424567322477-0.2933428125220.3939785586910.2898716616181.840850479780.05232764842890.199068935891-0.0377574178162-0.02063743367410.02755249449110.04906871710680.173002298243-0.432046931696-0.05749600131890.0501071571449-0.0457785722586-0.02882204486850.2239353913210.0224285239140.114203097256-5.95148436124-4.42427682822-17.709743207
54.531719908610.3651461421131.988328359132.073131127980.1778550424262.88611820532-0.03354129261930.2287562891720.2697848281-0.09960499232440.135640459603-0.01712023143480.1412414870840.3200855200690.01166927959110.105200590299-0.04130835515040.004431410092390.257272061761-0.03510213597950.06771683903174.52957731124-6.26349846031-31.8078039441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 68 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 69 through 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 115 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 116 through 266 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 267 through 289 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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