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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v61 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Metallo Beta Lactamase from Hirschia baltica in the Complex with the Inhibitor Captopril | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maltseva, N. / Kim, Y. / Clancy, S. / Endres, M. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Metallo Beta Lactamase from Hirschia baltica in the Complex with the Inhibitor Captopril. 著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Clancy, S. / Endres, M. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6v54S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 25523.830 Da / 分子数: 1 / 変異: A257T / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() 参照: UniProt: C6XID6, beta-lactamase |
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-非ポリマー , 7種, 181分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/X8Z.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/X8Z.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 化合物 | ChemComp-X8Z / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2M Sodium chloride; 0.1M TRIS pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 38932 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 22.26 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 40.24 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1637 / CC1/2: 0.913 / Rsym value: 0.449 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6V54 解像度: 1.58→44.98 Å / SU ML: 0.1537 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.8825
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→44.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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