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- PDB-1m68: YCDX PROTEIN, TRINUCLEAR ZINC SITE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m68
タイトルYCDX PROTEIN, TRINUCLEAR ZINC SITE
要素Hypothetical protein ycdX
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / beta-alpha-barrel / trinuclear zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric ester hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / phosphatase activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Probable phosphatase YcdX / : / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Metal-dependent hydrolases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable phosphatase YcdX
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Khil, P.P. / Camerini-Otero, R.D. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: PROTEINS: STRUCT.,FUNCT.,GENET. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the Escherichia coli YcdX protein reveals a trinuclear zinc active site
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Khil, P.P. / Howard, A.J. / Camerini-Otero, R.D. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2002年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein ycdX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3146
ポリマ－26,9261
非ポリマー3885
水3,387188
1
A: Hypothetical protein ycdX
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein ycdX
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein ycdX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,94218
ポリマ－80,7773
非ポリマー1,16515
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-485 kcal/mol
Surface area25850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.350, 77.350, 80.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細The protein forms a trimer in solution that sits on the 3-fold crystal axis

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein ycdX


分子量: 26925.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pDEST14 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P75914
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 60% AS, 5 mM Zinc Acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 MTris1reservoirpH8.5
260 %ammonium sulfate1reservoir
33 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 12703 / Num. obs: 12596 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Mean I/σ(I) obs: 12.8 / Num. unique all: 757 / % possible all: 89.8
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1M65

1m65


解像度: 2.3→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 6.372 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22532 607 4.9 %RANDOM
Rwork0.16181 ---
all0.16505 11839 --
obs0.16505 11839 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.198 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.84 Å2-0.92 Å20 Å2
2---1.84 Å20 Å2
3---2.77 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1802 0 13 188 2003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.9322525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8793232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.2115318
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.3892
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.5175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.332
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.29331166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.16381875
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.0798693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it14.0428650
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.296 52
Rwork0.161 824
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.225 / Rfactor Rwork: 0.165
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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