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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v4u | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SMCR8-C9orf72-WDR41 complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Complex / trimer / autophagy | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Atg1/ULK1 kinase complex / late endosome to lysosome transport / regulation of TORC1 signaling / regulation of autophagosome assembly / negative regulation of autophagosome assembly / regulation of actin filament organization / guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of immune response / axon extension / Flemming body ...Atg1/ULK1 kinase complex / late endosome to lysosome transport / regulation of TORC1 signaling / regulation of autophagosome assembly / negative regulation of autophagosome assembly / regulation of actin filament organization / guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of immune response / axon extension / Flemming body / negative regulation of exocytosis / positive regulation of autophagosome maturation / main axon / negative regulation of macroautophagy / protein kinase inhibitor activity / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of TOR signaling / autophagosome / axonal growth cone / stress granule assembly / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of GTPase activity / negative regulation of protein phosphorylation / regulation of autophagy / cell projection / negative regulation of protein kinase activity / P-body / small GTPase binding / autophagy / cytoplasmic stress granule / endocytosis / regulation of protein localization / presynapse / postsynapse / perikaryon / nuclear membrane / lysosome / endosome / lysosomal membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / chromatin / protein kinase binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Su, M.Y. / Hurley, J.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structure of the C9orf72 ARF GAP complex that is haploinsufficient in ALS and FTD. 著者: Ming-Yuan Su / Simon A Fromm / Roberto Zoncu / James H Hurley / 要旨: Mutation of C9orf72 is the most prevalent defect associated with amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal degeneration. Together with hexanucleotide-repeat expansion, haploinsufficiency of ...Mutation of C9orf72 is the most prevalent defect associated with amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal degeneration. Together with hexanucleotide-repeat expansion, haploinsufficiency of C9orf72 contributes to neuronal dysfunction. Here we determine the structure of the C9orf72-SMCR8-WDR41 complex by cryo-electron microscopy. C9orf72 and SMCR8 both contain longin and DENN (differentially expressed in normal and neoplastic cells) domains, and WDR41 is a β-propeller protein that binds to SMCR8 such that the whole structure resembles an eye slip hook. Contacts between WDR41 and the DENN domain of SMCR8 drive the lysosomal localization of the complex in conditions of amino acid starvation. The structure suggested that C9orf72-SMCR8 is a GTPase-activating protein (GAP), and we found that C9orf72-SMCR8-WDR41 acts as a GAP for the ARF family of small GTPases. These data shed light on the function of C9orf72 in normal physiology, and in amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal degeneration. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v4u.cif.gz | 201.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v4u.ent.gz | 139.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v4u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v4u_validation.pdf.gz | 677.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6v4u_full_validation.pdf.gz | 681.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6v4u_validation.xml.gz | 32 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v4u_validation.cif.gz | 49.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51783.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR41, MSTP048 / 細胞株 (発現宿主): HEK293GnTi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HAD4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 54391.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C9orf72 / 細胞株 (発現宿主): HEK293GnTi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96LT7 |
#3: タンパク質 | 分子量: 105149.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMCR8 / 細胞株 (発現宿主): HEK293GnTi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TEV9 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of SMCR8-C9orf72-WDR41 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.12 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.17 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 59.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3508 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4810184 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 381450 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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拘束条件 |
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