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- PDB-6v4u: Cryo-EM structure of SMCR8-C9orf72-WDR41 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v4u
タイトルCryo-EM structure of SMCR8-C9orf72-WDR41 complex
要素
  • Guanine nucleotide exchange C9orf72
  • Guanine nucleotide exchange protein SMCR8
  • WD repeat-containing protein 41
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Complex / trimer / autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg1/ULK1 kinase complex / late endosome to lysosome transport / regulation of TORC1 signaling / negative regulation of immune response / autophagosome-lysosome fusion / regulation of actin filament organization / negative regulation of autophagosome assembly / guanyl-nucleotide exchange factor complex / regulation of autophagosome assembly / Flemming body ...Atg1/ULK1 kinase complex / late endosome to lysosome transport / regulation of TORC1 signaling / negative regulation of immune response / autophagosome-lysosome fusion / regulation of actin filament organization / negative regulation of autophagosome assembly / guanyl-nucleotide exchange factor complex / regulation of autophagosome assembly / Flemming body / axon extension / regulation of synaptic vesicle cycle / positive regulation of autophagosome maturation / negative regulation of exocytosis / main axon / negative regulation of macroautophagy / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of TOR signaling / axonal growth cone / presynaptic cytosol / stress granule assembly / GTPase activator activity / autophagosome / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell projection / P-body / autophagy / small GTPase binding / endocytosis / cytoplasmic stress granule / presynapse / regulation of protein localization / nuclear membrane / perikaryon / lysosome / postsynapse / endosome / regulation of autophagy / lysosomal membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / protein kinase binding / chromatin / glutamatergic synapse / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WD repeat-containing protein 41 / WDR41 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / C9orf72-like protein family / Tripartite DENN C9ORF72-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / WD domain, G-beta repeat ...WD repeat-containing protein 41 / WDR41 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / C9orf72-like protein family / Tripartite DENN C9ORF72-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / WD repeat-containing protein 41
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Su, M.Y. / Hurley, J.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM111730 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH2010086 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of the C9orf72 ARF GAP complex that is haploinsufficient in ALS and FTD.
著者: Ming-Yuan Su / Simon A Fromm / Roberto Zoncu / James H Hurley /
要旨: Mutation of C9orf72 is the most prevalent defect associated with amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal degeneration. Together with hexanucleotide-repeat expansion, haploinsufficiency of ...Mutation of C9orf72 is the most prevalent defect associated with amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal degeneration. Together with hexanucleotide-repeat expansion, haploinsufficiency of C9orf72 contributes to neuronal dysfunction. Here we determine the structure of the C9orf72-SMCR8-WDR41 complex by cryo-electron microscopy. C9orf72 and SMCR8 both contain longin and DENN (differentially expressed in normal and neoplastic cells) domains, and WDR41 is a β-propeller protein that binds to SMCR8 such that the whole structure resembles an eye slip hook. Contacts between WDR41 and the DENN domain of SMCR8 drive the lysosomal localization of the complex in conditions of amino acid starvation. The structure suggested that C9orf72-SMCR8 is a GTPase-activating protein (GAP), and we found that C9orf72-SMCR8-WDR41 acts as a GAP for the ARF family of small GTPases. These data shed light on the function of C9orf72 in normal physiology, and in amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal degeneration.
履歴
登録2019年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年9月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年9月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年9月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02020年9月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年9月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
改定 1.42025年5月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21048
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: WD repeat-containing protein 41
A: Guanine nucleotide exchange C9orf72
B: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,3243
ポリマ－211,3243
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Superose 6 column
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 41


分子量: 51783.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR41, MSTP048 / 細胞株 (発現宿主): HEK293GnTi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HAD4
#2: タンパク質 Guanine nucleotide exchange C9orf72


分子量: 54391.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C9orf72 / 細胞株 (発現宿主): HEK293GnTi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96LT7
#3: タンパク質 Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 / Smith-Magenis syndrome chromosomal region candidate gene 8 protein


分子量: 105149.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMCR8 / 細胞株 (発現宿主): HEK293GnTi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TEV9
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of SMCR8-C9orf72-WDR41 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.12 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.17 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 59.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 3508

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.6.14画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
8Coot0.8.9.1モデルフィッティング
13cryoSPARCv2３次元再構成
14RELION3.0-beta３次元再構成
15PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 4810184
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 381450 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
16NZD

6nzd

H6NZD1
26NZD

6nzd

I6NZD1
36CES

6ces

6CES2
43TW8

3tw8

3TW83
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0017167
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4519817
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.1474166
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411226
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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