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Yorodumi- PDB-3ifc: Human muscle fructose-1,6-bisphosphatase E69Q mutant in complex w... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3ifc | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Human muscle fructose-1,6-bisphosphatase E69Q mutant in complex with AMP and alpha fructose-6-phosphate | ||||||
Components | Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / gluconeogenesis / glyconeogenesis / muscle fructose-1 / 6-bisphosphatase / protein engineering / calcium inhibition / Allosteric enzyme / Carbohydrate metabolism / Magnesium / Metal-binding / Phosphoprotein | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationfructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Gluconeogenesis / fructose metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / anchoring junction / gluconeogenesis / Z disc / extracellular exosome ...fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Gluconeogenesis / fructose metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / anchoring junction / gluconeogenesis / Z disc / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.97 Å | ||||||
Authors | Kolodziejczyk, R. / Zarzycki, M. / Jaskolski, M. / Dzugaj, A. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2011Title: Structure of E69Q mutant of human muscle fructose-1,6-bisphosphatase Authors: Zarzycki, M. / Kolodziejczyk, R. / Maciaszczyk-Dziubinska, E. / Wysocki, R. / Jaskolski, M. / Dzugaj, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3ifc.cif.gz | 519 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3ifc.ent.gz | 430.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3ifc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3ifc_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3ifc_full_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | |
| Data in XML | 3ifc_validation.xml.gz | 65.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 3ifc_validation.cif.gz | 85.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/3ifc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/3ifc | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3ifaC ![]() 1fj6S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 8 molecules ABCD

| #1: Protein | Mass: 36665.910 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: E69Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: 8789 / Plasmid: pKK223-3 / Production host: ![]() #3: Sugar | ChemComp-P6P / |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 721 molecules 






| #2: Chemical | ChemComp-AMP / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Sequence details | THE SEQUENCE OF THE PROTEIN BASED ON REFERENCE 1 AND 4 OF UNIPROTKB/SWISS-PROT O00757 (F16P2_HUMAN). ...THE SEQUENCE OF THE PROTEIN BASED ON REFERENCE 1 AND 4 OF UNIPROTKB/SWISS-PROT O00757 (F16P2_HUMAN). V85L IS NATURAL VARIANT OF F16P2_HUMAN. |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.69 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 10% 1,4-dioxane, crystal soaked with 5mM D-fructose-6-phosphate dipotassium salt, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 1, 2008 Details: two mirrors and double crystal monochromator between them |
| Radiation | Monochromator: Si-111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.97→50 Å / Num. all: 130416 / Num. obs: 119283 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): -2 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18 |
| Reflection shell | Resolution: 1.97→2.04 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 6314 / % possible all: 48.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 1fj6 Resolution: 1.97→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 7.071 / SU ML: 0.089 / Cross valid method: Rfree / σ(I): -2 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.12 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: Hydrogen atoms were added at riding positions
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 33.016 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→50 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 1.97→2.076 Å / Total num. of bins used: 10
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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