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- PDB-3ifc: Human muscle fructose-1,6-bisphosphatase E69Q mutant in complex w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ifc | ||||||
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Title | Human muscle fructose-1,6-bisphosphatase E69Q mutant in complex with AMP and alpha fructose-6-phosphate | ||||||
![]() | Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / gluconeogenesis / glyconeogenesis / muscle fructose-1 / 6-bisphosphatase / protein engineering / calcium inhibition / Allosteric enzyme / Carbohydrate metabolism / Magnesium / Metal-binding / Phosphoprotein | ||||||
Function / homology | ![]() sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / Gluconeogenesis / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / anchoring junction / gluconeogenesis / Z disc ...sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / Gluconeogenesis / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / anchoring junction / gluconeogenesis / Z disc / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kolodziejczyk, R. / Zarzycki, M. / Jaskolski, M. / Dzugaj, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of E69Q mutant of human muscle fructose-1,6-bisphosphatase Authors: Zarzycki, M. / Kolodziejczyk, R. / Maciaszczyk-Dziubinska, E. / Wysocki, R. / Jaskolski, M. / Dzugaj, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 519 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 430.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ifaC ![]() 1fj6S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 8 molecules ABCD![](data/chem/img/P6P.gif)
![](data/chem/img/P6P.gif)
#1: Protein | Mass: 36665.910 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: E69Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Sugar | ChemComp-P6P / |
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-Non-polymers , 4 types, 721 molecules ![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-AMP / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THE SEQUENCE OF THE PROTEIN BASED ON REFERENCE 1 AND 4 OF UNIPROTKB/SWISS-PROT O00757 (F16P2_HUMAN). ...THE SEQUENCE OF THE PROTEIN BASED ON REFERENCE 1 AND 4 OF UNIPROTKB/SWISS-PROT O00757 (F16P2_HUMAN). V85L IS NATURAL VARIANT OF F16P2_HUMAN. |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 10% 1,4-dioxane, crystal soaked with 5mM D-fructose-6-phosphate dipotassium salt, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 1, 2008 Details: two mirrors and double crystal monochromator between them |
Radiation | Monochromator: Si-111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.97→50 Å / Num. all: 130416 / Num. obs: 119283 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): -2 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18 |
Reflection shell | Resolution: 1.97→2.04 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 6314 / % possible all: 48.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1fj6 Resolution: 1.97→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 7.071 / SU ML: 0.089 / Cross valid method: Rfree / σ(I): -2 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.12 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: Hydrogen atoms were added at riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.016 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.97→2.076 Å / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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