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- PDB-6v2j: Crystal structure of ClC-ec1 triple mutant (E113Q, E148Q, E203Q) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v2j
タイトルCrystal structure of ClC-ec1 triple mutant (E113Q, E148Q, E203Q)
要素H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / chloride transporters / CLC-ec1
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Maduke, M. / Mathews, I.I. / Chavan, T.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)41GM103393) 米国
American Heart Association17POST33670553 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: A CLC-ec1 mutant reveals global conformational change and suggests a unifying mechanism for the CLC Cl - /H + transport cycle.
著者: Chavan, T.S. / Cheng, R.C. / Jiang, T. / Mathews, I.I. / Stein, R.A. / Koehl, A. / Mchaourab, H.S. / Tajkhorshid, E. / Maduke, M.
履歴
登録2019年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2194
ポリマ－52,1121
非ポリマー1063
水99155
1
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
ヘテロ分子

A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4388
ポリマ－104,2252
非ポリマー2136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area32170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.970, 120.440, 122.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / ClC-ec1


分子量: 52112.402 Da / 分子数: 1 / 変異: E113Q, E148Q, E203Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: clcA, eriC, yadQ, b0155, JW5012 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P37019
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris, 100mM sodium malonate, 30% PEG 400, 2.5% 2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→28.65 Å / Num. obs: 17991 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.62→2.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.866 / Num. unique obs: 1830 / CC1/2: 0.831 / Rrim(I) all: 1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OTS

1ots


解像度: 2.62→28.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / WRfactor Rfree: 0.2534 / WRfactor Rwork: 0.1844 / FOM work R set: 0.756 / SU B: 31.132 / SU ML: 0.294 / SU R Cruickshank DPI: 0.2717 / SU Rfree: 0.3105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 962 5.3 %RANDOM
Rwork0.1928 ---
obs0.1964 17029 97.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.27 Å2 / Biso mean: 60.26 Å2 / Biso min: 41.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.54 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.28 Å2-0 Å2
3----5.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.62→28.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3241 0 3 55 3299
Biso mean--83.95 70.2 -
残基数----435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0133325
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0173300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.624517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3061.5587574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.545436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.08520.698129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.42215533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4051518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02726
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.07433325
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.683 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 69 -
Rwork0.282 968 -
obs--77.91 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.5522 Å / Origin y: 28.1049 Å / Origin z: -18.3937 Å
111213212223313233
T0.0005 Å20.0009 Å2-0.006 Å2-0.1695 Å20.0023 Å2--0.1894 Å2
L0.2404 °20.0235 °2-0.1223 °2-0.241 °20.085 °2--0.5498 °2
S-0.008 Å °0.0257 Å °0.0208 Å °0.0042 Å °0.0052 Å °0.002 Å °0.0044 Å °-0.0126 Å °0.0027 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 63
2X-RAY DIFFRACTION1A64 - 73
3X-RAY DIFFRACTION1A74 - 158
4X-RAY DIFFRACTION1A159 - 233
5X-RAY DIFFRACTION1A234 - 266
6X-RAY DIFFRACTION1A267 - 386
7X-RAY DIFFRACTION1A387 - 454
8X-RAY DIFFRACTION1A455 - 464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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