PDB-6v2g: Complex of mutant (K162M) of E. coli L-asparaginase II with L-Asp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v2g

タイトル

Complex of mutant (K162M) of E. coli L-asparaginase II with L-Asp. Covalent acyl-enzyme intermediate and tetrahedral intermediate.

要素

L-asparaginase 2

キーワード

HYDROLASE / L-asparagine hydrolase / anti-cancer drug / catalytically deficient mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine catabolic process / asparaginase / asparaginase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homotetramerization / periplasmic space / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lubkowski, J. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Mechanism of Catalysis by l-Asparaginase.
著者: Lubkowski, J. / Vanegas, J. / Chan, W.K. / Lorenzi, P.L. / Weinstein, J.N. / Sukharev, S. / Fushman, D. / Rempe, S. / Anishkin, A. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2019年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v2g.cif.gz	278.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v2g.ent.gz	222 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6v2g_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v2g_full_validation.pdf.gz	479.7 KB	表示
XML形式データ	6v2g_validation.xml.gz	60.1 KB	表示
CIF形式データ	6v2g_validation.cif.gz	88.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6v23C 6v24C 6v25C 6v26C 6v27C 6v28C 6v29C 6v2aC 6v2bC 6v2cC 3ecaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v28-2 6v26-2 6uog-1 6v26-1 6pac-2 6pa5-1 1ho3-1 6v2a-2 4eca-d 6pa6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase 2

B: L-asparaginase 2

C: L-asparaginase 2

D: L-asparaginase 2

143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.097, 125.971, 76.376
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	L-asparaginase 2 / L-asparaginase II / L-ASNase II / L-asparagine amidohydrolase II 分子量: 35703.980 Da / 分子数: 4 / 変異: K162M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ansB, b2957, JW2924 / プラスミド: pET-22b(+) 詳細 (発現宿主): ORF contains a secretion sequence, 'HHHHHH' affinity tag and sequence of doubly mutated mature EcAII Cell (発現宿主): mesophilic bacteria / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): JC2 / 参照: UniProt: P00805, asparaginase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.17 M sodium-citrate pH 6 and 18% (w/v) PEG3350, 5 mM L-Asp

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日 / 詳細: Multilayer X-ray mirrors VariMax HF

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 90100 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 0.871 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 289481

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	2.3	0.523	3360	0.484	0.393	0.658	0.979	72.6
1.93-1.97	2.5	0.436	3743	0.762	0.319	0.544	0.934	81.7
1.97-2.01	2.7	0.39	4549	0.799	0.279	0.482	0.908	98.3
2.01-2.05	3	0.345	4550	0.83	0.238	0.421	0.955	99
2.05-2.09	3.1	0.272	4558	0.89	0.185	0.331	0.927	99.1
2.09-2.14	3.1	0.229	4613	0.922	0.154	0.277	0.948	99.4
2.14-2.19	3.2	0.196	4572	0.945	0.13	0.237	0.936	99.5
2.19-2.25	3.3	0.163	4613	0.96	0.107	0.196	0.946	99.7
2.25-2.32	3.3	0.144	4628	0.97	0.093	0.172	0.93	99.8
2.32-2.39	3.4	0.122	4605	0.98	0.078	0.145	0.964	99.8
2.39-2.48	3.4	0.104	4619	0.985	0.066	0.124	0.941	99.9
2.48-2.58	3.4	0.087	4586	0.99	0.055	0.103	0.93	100
2.58-2.7	3.4	0.076	4626	0.992	0.048	0.09	0.923	100
2.7-2.84	3.4	0.058	4650	0.994	0.037	0.069	0.878	99.9
2.84-3.02	3.4	0.046	4608	0.996	0.029	0.054	0.898	99.8
3.02-3.25	3.4	0.035	4604	0.997	0.022	0.041	0.904	99.7
3.25-3.58	3.4	0.024	4606	0.998	0.015	0.029	0.796	99.5
3.58-4.09	3.4	0.018	4654	0.999	0.012	0.022	0.728	100
4.09-5.15	3.3	0.015	4668	0.999	0.01	0.018	0.585	100
5.15-40	3.6	0.015	4688	0.999	0.009	0.017	0.585	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3eca, monomer A

3eca

解像度: 1.9→24.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 3.884 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	2673	3 %	RANDOM
R_work	0.149	-	-	-
obs	0.151	85750	96.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	0.25 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9804	0	0	1110	10914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.013	9874
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.285	1.658	13455
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.092	1.592	21193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	17.762	5.341	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.932	24.883	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.136	15	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.714	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	11999
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	140	-
R_work	0.227	4422	-
obs	-	-	67.36 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)