PDB-6v2c: Complex of mutant (K162M) of E. coli L-asparaginase II with L-Asp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v2c

タイトル

Complex of mutant (K162M) of E. coli L-asparaginase II with L-Asp. Covalent acyl-enzyme intermediate and tetrahedral intermediate

要素

L-asparaginase 2

キーワード

HYDROLASE / L-asparagine hydrolase / anti-cancer drug / catalytically deficient mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine catabolic process / asparaginase / asparaginase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homotetramerization / periplasmic space / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lubkowski, J. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Mechanism of Catalysis by l-Asparaginase.
著者: Lubkowski, J. / Vanegas, J. / Chan, W.K. / Lorenzi, P.L. / Weinstein, J.N. / Sukharev, S. / Fushman, D. / Rempe, S. / Anishkin, A. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2019年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v2c.cif.gz	273.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v2c.ent.gz	217.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v2c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6v2c_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v2c_full_validation.pdf.gz	479.2 KB	表示
XML形式データ	6v2c_validation.xml.gz	58.8 KB	表示
CIF形式データ	6v2c_validation.cif.gz	85.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v2c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6v23C 6v24C 6v25C 6v26C 6v27C 6v28C 6v29C 6v2aC 6v2bC 6v2gC 3ecaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v2a-2 6uog-1 5k3o-2 6v28-1 6pac-2 6pa5-2 6uoh-1 6v26-2 6v27-2 6v2b-2 6v2b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase 2

C: L-asparaginase 2

B: L-asparaginase 2

D: L-asparaginase 2

143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.698, 125.914, 130.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	L-asparaginase 2 / L-asparaginase II / L-ASNase II / L-asparagine amidohydrolase II 分子量: 35703.980 Da / 分子数: 4 / 変異: K162M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ansB, b2957, JW2924 / プラスミド: pET-22b(+) 詳細 (発現宿主): ORF contains a secretion sequence, 'HHHHHH' affinity tag and sequence of doubly mutated mature EcAII Cell (発現宿主): mesophilic bacteria / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): JC2 / 参照: UniProt: P00805, asparaginase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5, 5 mM L-Asp, and 18-20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月12日 / 詳細: Multilayer X-ray mirrors VariMax HF

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→40 Å / Num. obs: 79835 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.959 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 423463

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	3.3	0.73	3810	0.615	0.427	0.852	0.705	94
2.03-2.07	4.1	0.647	3971	0.77	0.332	0.731	0.716	98.7
2.07-2.11	4.8	0.539	4007	0.845	0.253	0.599	0.713	98.7
2.11-2.15	5	0.465	3989	0.878	0.214	0.514	0.733	98.4
2.15-2.2	5	0.399	4002	0.907	0.183	0.441	0.73	98.3
2.2-2.25	5.1	0.338	3944	0.932	0.154	0.373	0.758	97.6
2.25-2.31	5.2	0.29	3928	0.949	0.131	0.319	0.772	96.7
2.31-2.37	5.3	0.243	3902	0.964	0.109	0.267	0.776	95.8
2.37-2.44	5.4	0.214	3904	0.968	0.095	0.235	0.788	95.6
2.44-2.52	5.5	0.177	3863	0.978	0.079	0.194	0.793	95.1
2.52-2.61	5.5	0.152	3830	0.981	0.067	0.167	0.773	94
2.61-2.71	5.5	0.129	3817	0.986	0.057	0.141	0.804	93.1
2.71-2.84	5.4	0.106	3852	0.989	0.047	0.116	0.877	94.4
2.84-2.99	5.4	0.087	3974	0.993	0.038	0.095	0.966	97.4
2.99-3.17	5.5	0.072	4118	0.995	0.032	0.079	1.138	99.5
3.17-3.42	5.8	0.062	4108	0.996	0.027	0.068	1.38	100
3.42-3.76	6.1	0.049	4132	0.997	0.021	0.053	1.497	99.9
3.76-4.31	5.9	0.041	4157	0.998	0.018	0.045	1.471	99.6
4.31-5.42	5.8	0.035	4169	0.998	0.015	0.039	1.167	99.2
5.42-40	6.3	0.035	4358	0.998	0.015	0.038	1.006	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3eca

3eca

解像度: 2→27.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 3.089 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	2405	3.1 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.173	76301	95.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.48 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→27.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9814	0	0	949	10763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.013	10015
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	9228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.234	1.657	13652
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.064	1.591	21473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	18.096	5.353	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.029	24.896	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.798	15	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.524	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	12178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	141	-
R_work	0.18	4741	-
obs	-	-	81.5 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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