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- PDB-6v1r: Crystal structure of iAChSnFR Fluorescent Acetylcholine Sensor pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v1r
タイトルCrystal structure of iAChSnFR Fluorescent Acetylcholine Sensor precursor binding protein
要素iAChSnFR Fluorescent Acetylcholine Sensor V9 precursor binding protein
キーワードNeurotransmitter-binding protein
機能・相同性ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ACETYLCHOLINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SPERMIDINE / Glycine/betaine ABC transporter substrate-binding protein
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter sp. X513 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Fan, C. / Borden, P.M. / Looger, L.L. / Lester, H.A. / Rees, D.C.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA037161, DA043829, GM123582 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)
Tobacco-Related Disease Research Program (TRDRP)23XT-0007 米国
Tobacco-Related Disease Research Program (TRDRP)27IP-0057 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A genetically encoded fluorescent sensor for in vivo acetylcholine detection
著者: Borden, P.M. / Shivange, A.V. / Fan, C. / Rees, D.C. / Lester, H.A. / Looger, L.L.
履歴
登録2019年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: iAChSnFR Fluorescent Acetylcholine Sensor V9 precursor binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6065
ポリマ－33,0011
非ポリマー6054
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.760, 65.781, 96.592
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 iAChSnFR Fluorescent Acetylcholine Sensor V9 precursor binding protein


分子量: 33000.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter sp. X513 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A3B8MYE1*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 210分子

#2: 化合物 ChemComp-ACH / ACETYLCHOLINE / アセチルコリン


分子量: 146.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 神経伝達物質*YM
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 20% PEG 8,000 0.1 M CHES, pH 9.5 10 mM spermidine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→38.11 Å / Num. obs: 36549 / % possible obs: 98.88 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06946 / Rpim(I) all: 0.02968 / Rrim(I) all: 0.0757 / Net I/σ(I): 13.18
反射 シェル解像度: 1.645→1.704 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.257 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 3406 / CC1/2: 0.636 / Rpim(I) all: 0.5266 / Rrim(I) all: 1.366 / % possible all: 93.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EFR

6efr


解像度: 1.64→38.11 Å / SU ML: 0.166 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3785
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 1828 5 %
Rwork0.18 34705 -
obs0.182 36533 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→38.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2203 0 40 206 2449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86283209
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.678336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.690.33141280.28482428X-RAY DIFFRACTION92.17
1.69-1.740.27631400.23822652X-RAY DIFFRACTION99.29
1.74-1.80.27731410.22482656X-RAY DIFFRACTION99.43
1.8-1.860.24991370.22142613X-RAY DIFFRACTION99.1
1.86-1.930.31961400.25692670X-RAY DIFFRACTION99.36
1.93-2.020.22941400.20712669X-RAY DIFFRACTION99.61
2.02-2.130.2261400.18782669X-RAY DIFFRACTION99.65
2.13-2.260.23851390.19652630X-RAY DIFFRACTION99.25
2.26-2.440.22151430.18452712X-RAY DIFFRACTION99.44
2.44-2.680.20131410.1792687X-RAY DIFFRACTION99.82
2.68-3.070.24961420.18272704X-RAY DIFFRACTION99.3
3.07-3.870.19631460.16742755X-RAY DIFFRACTION99.86
3.87-38.110.19451510.14742860X-RAY DIFFRACTION99.21
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.25788693607 Å / Origin y: 5.52090573478 Å / Origin z: 30.1156423022 Å
111213212223313233
T0.187484514176 Å20.0146725305107 Å2-0.0185436250012 Å2-0.184692575139 Å2-0.011472153515 Å2--0.167359766931 Å2
L1.94862551756 °20.375866278707 °2-0.710607712865 °2-1.66632439913 °2-0.214425747934 °2--0.856743584609 °2
S-0.0629188838565 Å °0.0107927524019 Å °0.0157216223243 Å °-0.0363078038021 Å °0.0518985335941 Å °-0.0815420943357 Å °0.0416274733147 Å °-0.0337578546016 Å °0.00256179183796 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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