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- PDB-6v1m: Structure of NDM-1 bound to QPX7728 at 1.05 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v1m
タイトルStructure of NDM-1 bound to QPX7728 at 1.05 A
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / carbapenemase / boronate / inhibitor / beta-lactamase / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QNA / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Pemberton, O.A. / Chen, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Health & Human Services (HHS)HHSO100201600026C 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Cyclic Boronic Acid QPX7728, an Ultrabroad-Spectrum Inhibitor of Serine and Metallo-beta-lactamases.
著者: Hecker, S.J. / Reddy, K.R. / Lomovskaya, O. / Griffith, D.C. / Rubio-Aparicio, D. / Nelson, K. / Tsivkovski, R. / Sun, D. / Sabet, M. / Tarazi, Z. / Parkinson, J. / Totrov, M. / Boyer, S.H. / ...著者: Hecker, S.J. / Reddy, K.R. / Lomovskaya, O. / Griffith, D.C. / Rubio-Aparicio, D. / Nelson, K. / Tsivkovski, R. / Sun, D. / Sabet, M. / Tarazi, Z. / Parkinson, J. / Totrov, M. / Boyer, S.H. / Glinka, T.W. / Pemberton, O.A. / Chen, Y. / Dudley, M.N.
履歴
登録2019年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9724
ポリマ－24,6031
非ポリマー3703
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.400, 60.240, 42.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 24602.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-QNA / (1~{a}~{R},7~{b}~{S})-5-fluoranyl-2,2-bis(oxidanyl)-1~{a},7~{b}-dihydro-1~{H}-cyclopropa[c][1,2]benzoxaborinine-4-carboxylic acid


分子量: 238.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9BFO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM Potassium phosphate monobasic, 10 mM Calcium chloride, 25% (w/v) PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→27.98 Å / Num. obs: 94249 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.05→1.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Num. measured all: 14480 / Num. unique obs: 4572 / CC1/2: 0.921 / Net I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 96.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.05 Å24.26 Å
Translation1.05 Å24.26 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLM7.2.2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TZF

4tzf


解像度: 1.05→24.26 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 13.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1578 9162 4.95 %
Rwork0.1409 --
obs0.1418 94244 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 59.24 Å2 / Biso mean: 17.7128 Å2 / Biso min: 6.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.05→24.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1702 0 19 312 2033
Biso mean--12.71 35.39 -
残基数----229
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.05-1.060.2332950.21845191548687
1.06-1.070.21273110.202459536264100
1.07-1.090.21212620.189759956257100
1.09-1.10.19372990.170159276226100
1.1-1.120.18183160.163359786294100
1.12-1.130.1892920.163259456237100
1.13-1.150.16962960.1559496245100
1.15-1.160.16112900.147359886278100
1.16-1.180.1713320.152159316263100
1.18-1.20.17033160.143659186234100
1.2-1.220.14833600.137558676227100
1.22-1.240.15223160.136559456261100
1.24-1.270.13252840.132859776261100
1.27-1.290.14463180.129359706288100
1.29-1.320.14852520.127159916243100
1.32-1.350.13112730.119659746247100
1.35-1.390.13952950.124759516246100
1.39-1.430.11792910.122459676258100
1.43-1.470.12832780.125360036281100
1.47-1.510.13832850.122359116196100
1.51-1.570.13383590.123759146273100
1.57-1.630.14542780.125560156293100
1.63-1.710.13373700.124758876257100
1.71-1.80.14433420.127559126254100
1.8-1.910.14033000.128659406240100
1.91-2.050.14613200.133259286248100
2.06-2.260.14813630.13759116274100
2.26-2.590.1533090.145459576266100
2.59-3.260.18573330.14735808614199
3.26-24.260.19162270.16384500472775

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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