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- PDB-6v1d: Crystal structure of human trefoil factor 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v1d
タイトルCrystal structure of human trefoil factor 1
要素Trefoil factor 1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Trefoil factor / lectin / mucin binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of gastrointestinal epithelium / response to iron ion / response to immobilization stress / growth factor activity / response to peptide hormone / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / carbohydrate metabolic process / cell differentiation / negative regulation of cell population proliferation ...maintenance of gastrointestinal epithelium / response to iron ion / response to immobilization stress / growth factor activity / response to peptide hormone / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / carbohydrate metabolic process / cell differentiation / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-type trefoil, chordata / P-type trefoil, conserved site / P-type 'Trefoil' domain signature. / Trefoil (P-type) domain / P-type trefoil domain / P-type trefoil domain superfamily / P-type 'Trefoil' domain profile. / P or trefoil or TFF domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jarva, M.A. / Lingford, J.P. / John, A. / Scott, N.E. / Goddard-Borger, E.D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1139549 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Trefoil factors share a lectin activity that defines their role in mucus.
著者: Jarva, M.A. / Lingford, J.P. / John, A. / Soler, N.M. / Scott, N.E. / Goddard-Borger, E.D.
履歴
登録2019年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trefoil factor 1
B: Trefoil factor 1
C: Trefoil factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9723
ポリマ－16,9723
非ポリマー00
水1,72996
1
A: Trefoil factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6571
ポリマ－5,6571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Trefoil factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6571
ポリマ－5,6571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Trefoil factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6571
ポリマ－5,6571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.928, 41.905, 45.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Trefoil factor 1 / Breast cancer estrogen-inducible protein / PNR-2 / Polypeptide P1.A / hP1.A / Protein pS2


分子量: 5657.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFF1, BCEI, PS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04155
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41.344 Å / Num. obs: 6054 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.958 / Rmerge(I) obs: 0.266 / Rpim(I) all: 0.171 / Rrim(I) all: 0.317 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.493.40.98320676110.570.6231.167197.3
8.98-41.342.90.0993621260.9910.0630.1184.698.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PSP

2psp


解像度: 2.4→41.344 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 338 5.59 %
Rwork0.1939 --
obs0.1957 6044 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.8 Å2 / Biso mean: 19.8524 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→41.344 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1114 0 0 96 1210
Biso mean---21.46 -
残基数----146
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.4-3.02360.25761610.21862825
3.0236-41.3440.20891770.18042881

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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