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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v0x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to sunitinib | ||||||
![]() | Bromodomain-containing protein 9 | ||||||
![]() | GENE REGULATION / Sunitinib / BRD9 / mSWI/SNF / BAF / non-BET / BRD | ||||||
機能・相同性 | ![]() GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Karim, M.R. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Inhibitor Selectivity in the BRD7/9 Subfamily of Bromodomains. 著者: Karim, R.M. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 326 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 327 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ppaC ![]() 6uzfSC ![]() 6v0qC ![]() 6v0sC ![]() 6v0uC ![]() 6v14C ![]() 6v16C ![]() 6v17C ![]() 6v1bC ![]() 6v1eC ![]() 6v1fC ![]() 6v1hC ![]() 6v1kC ![]() 6v1lC ![]() 6v1uC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14249.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-B49 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→32.53 Å / Num. obs: 18344 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 22.6 / Num. measured all: 239696 / Scaling rejects: 350 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6UZF 解像度: 1.5→31.241 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.99 Å2 / Biso mean: 38.164 Å2 / Biso min: 18.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→31.241 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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