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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v0l | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | PDGFR-b Promoter Forms a G-Vacancy Quadruplex that Can be Complemented by dGMP: Molecular Structure and Recognition of Guanine Derivatives and Metabolites | |||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / G-quadruplex / PDGFR-b / Promoter | 機能・相同性 | 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics / simulated annealing | ![]() Wang, K.B. / Dickerhoff, J. / Wu, G. / Yang, D. | 資金援助 | | ![]() ![]()
![]() ![]() タイトル: PDGFR-beta Promoter Forms a Vacancy G-Quadruplex that Can Be Filled in by dGMP: Solution Structure and Molecular Recognition of Guanine Metabolites and Drugs. 著者: Wang, K.B. / Dickerhoff, J. / Wu, G. / Yang, D. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 401.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5929.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-DGP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 3600 uM 1H DNA (5'-D(*(DA5)P*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*(DA3)P*-3')(DGP), 90% H2O/10% D2O Label: 1H_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||
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試料 | 濃度: 3600 uM 構成要素: DNA (5'-D(*(DA5)P*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*(DA3)P*-3')(DGP) Isotopic labeling: 1H | ||||||||||||||||||||||||
試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 |
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代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |