PDB-6uyn: Crystal structure of influenza A virus hemagglutinin from A/Ohio/...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uyn

タイトル

Crystal structure of influenza A virus hemagglutinin from A/Ohio/09/2015 bound to the stalk-binding CR6261 antibody Fab

要素

CR6261 Fab heavy chain
CR6261 Fab light chain
Hemagglutinin HA1 chain

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / hemagglutinin / vaccine design / antibody / Fab / flu / influenza / H1N1 / structural genomics / NIAID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of influenza A virus hemagglutinin from A/Ohio/09/2015 bound to the stalk-binding CR6261 antibody Fab
著者: Edwards, T.E. / Fox III, D. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Calhoun, B. / Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

履歴

登録	2019年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uyn.cif.gz	335.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uyn.ent.gz	264.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uyn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6uyn_validation.pdf.gz	336.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6uyn_full_validation.pdf.gz	336.5 KB	表示
XML形式データ	6uyn_validation.xml.gz	1.4 KB	表示
CIF形式データ	6uyn_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/6uyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/6uyn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gbnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gbn-1 20295 2148 3ztn-1 3oqt-d 2146 6x1t-d 2147 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: InvbR.18715.a

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA1 chain

H: CR6261 Fab heavy chain

L: CR6261 Fab light chain

ヘテロ分子

175 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA1 chain

H: CR6261 Fab heavy chain

L: CR6261 Fab light chain

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA1 chain

H: CR6261 Fab heavy chain

L: CR6261 Fab light chain

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA1 chain

H: CR6261 Fab heavy chain

L: CR6261 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
526 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	205.590, 205.590, 205.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Hemagglutinin HA1 chain 分子量: 63224.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Ohio/09/2015 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6C0TB04

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体	CR6261 Fab heavy chain 分子量: 24810.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): 293
#3: 抗体	CR6261 Fab light chain 分子量: 23257.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): 293

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 39分子

#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.63 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: InvbR.18715.a.KN11.PD38335/CR6261 Fab PD38376 at 10.3 mg/mL against Morpheus screen condition C6: 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5, 0.03 M each sodium nitrate, ...詳細: InvbR.18715.a.KN11.PD38335/CR6261 Fab PD38376 at 10.3 mg/mL against Morpheus screen condition C6: 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5, 0.03 M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate, crystal tracking ID 311368c6, unique puck ID dai6-1

結晶

マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.63 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: InvbR.18715.a.KN11.PD38335/CR6261 Fab PD38376 at 10.3 mg/mL against Morpheus screen condition C6: 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5, 0.03 M each sodium nitrate, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→35.26 Å / Num. obs: 33765 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.928 % / B_iso Wilson estimate: 73.976 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 1.016 / Net I/σ(I): 15.52 / Num. measured all: 233927

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.85-2.92	7.055	0.89	2.17	17596	2494	2494	0.74	0.962	100
2.92-3	7.03	0.699	2.79	16964	2413	2413	0.834	0.755	100
3-3.09	7.034	0.501	3.83	16551	2353	2353	0.915	0.542	100
3.09-3.19	7.035	0.382	5.07	16068	2284	2284	0.942	0.413	100
3.19-3.29	7.032	0.293	6.48	15584	2216	2216	0.969	0.317	100
3.29-3.41	7.007	0.218	8.47	14876	2123	2123	0.978	0.236	100
3.41-3.54	7.024	0.162	11.15	14568	2074	2074	0.987	0.175	100
3.54-3.68	6.997	0.122	14.19	14000	2001	2001	0.993	0.132	100
3.68-3.84	6.98	0.105	16.11	13310	1907	1907	0.994	0.113	100
3.84-4.03	6.985	0.082	20.17	12839	1838	1838	0.996	0.089	100
4.03-4.25	6.957	0.072	22.52	12056	1735	1733	0.996	0.078	99.9
4.25-4.51	6.901	0.064	25.61	11379	1650	1649	0.996	0.069	99.9
4.51-4.82	6.879	0.058	27.32	10738	1561	1561	0.997	0.063	100
4.82-5.2	6.836	0.056	27.74	9905	1449	1449	0.997	0.06	100
5.2-5.7	6.85	0.055	28.69	9159	1337	1337	0.997	0.06	100
5.7-6.37	6.772	0.054	28.91	8269	1221	1221	0.997	0.058	100
6.37-7.36	6.725	0.05	30.76	7229	1075	1075	0.998	0.054	100
7.36-9.01	6.646	0.044	33.83	6101	920	918	0.999	0.048	99.8
9.01-12.75	6.396	0.042	35.58	4618	723	722	0.997	0.046	99.9
12.75-35.26	5.332	0.044	30.29	2117	423	397	0.997	0.049	93.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GBN

3gbn

解像度: 2.85→35.26 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2475	1613	4.78 %
R_work	0.2086	32115	-
obs	0.2104	33728	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 260.63 Å² / B_iso mean: 94.4453 Å² / B_iso min: 31.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.85→35.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5864	0	57	38	5959
B_iso mean	-	-	117.44	59.14	-
残基数	-	-	-	-	790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6066
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.702	8273
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.622	2094
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	938
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1069

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.85-2.93	0.326	154	0.294	2665	2819	100
2.93-3.03	0.3328	127	0.264	2639	2766	100
3.03-3.14	0.2848	112	0.2464	2665	2777	100
3.14-3.26	0.2591	160	0.2355	2645	2805	100
3.26-3.41	0.3094	125	0.251	2662	2787	100
3.41-3.59	0.2744	118	0.2413	2680	2798	100
3.59-3.82	0.2453	133	0.2093	2672	2805	100
3.82-4.11	0.2374	116	0.1905	2695	2811	100
4.11-4.52	0.2159	164	0.1669	2632	2796	100
4.52-5.17	0.2078	146	0.1732	2682	2828	100
5.18-6.51	0.2631	124	0.2102	2723	2847	100
6.51-35.26	0.2388	134	0.2118	2755	2889	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2988	-2.1191	2.1289	2.654	-2.4048	3.8238	0.1076	0.1782	0.3634	-0.1117	-0.3323	-0.6887	0.3447	0.6402	0.2145	0.3987	-0.012	0.049	0.6012	-0.0293	0.5737	-46.1549	-34.7011	25.0569
2	2.3018	-1.4914	2.0198	1.5047	-2.8239	5.9967	0.4598	0.8251	-0.1822	-0.0455	-0.4671	-0.8838	0.892	1.4975	0.3137	0.793	0.1879	-0.1377	1.1419	0.0125	1.2255	-26.9636	-51.2237	44.7355
3	0.3037	-0.7695	-0.2443	2.5277	-0.1436	3.3009	-0.0244	-1.2943	-0.3792	0.1941	-0.2156	-1.1165	0.2822	1.326	0.2726	0.6898	0.0404	-0.2414	1.8261	0.3154	1.3042	-17.28	-53.0151	55.825
4	5.5459	-0.7221	0.7427	4.6008	-0.9141	5.3548	-0.2859	-1.2045	-0.8174	0.8303	-0.5175	-0.8134	1.1734	1.5949	0.4162	1.1398	0.5194	-0.1367	1.5504	0.3022	1.1896	-22.8759	-58.093	62.8146
5	3.6213	-1.7047	2.756	3.1498	-3.0963	4.0973	-0.1627	0.1397	0.9514	-0.0151	-0.4279	-0.7406	0.0747	1.4298	0.7968	0.6034	0.0518	-0.0493	0.9802	0.0443	0.9433	-31.4006	-40.0521	39.829
6	4.1838	-3.6394	3.477	4.025	-4.0799	4.0274	-0.0224	0.1461	0.4026	0.0186	-0.2365	-0.4376	0.0096	0.5511	0.1319	0.3397	0.0304	0.0531	0.4832	-0.0341	0.5428	-51.5571	-34.3601	25.5266
7	3.9178	-0.1174	-1.3753	4.8577	-2.8705	5.9661	-0.2519	0.6573	-0.2216	-0.6722	0.066	-0.0204	0.6128	-0.1354	0.187	0.4077	0.0027	0.1093	0.409	-0.0948	0.4259	-69.9639	-19.135	10.2759
8	2.6187	-2.4536	2.2154	4.8736	-2.7124	4.2986	-0.2942	0.0034	0.2351	0.2998	0.1816	-0.2301	-0.6504	-0.3481	0.0878	0.3088	-0.1028	0.0843	0.4442	-0.0703	0.4438	-64.5786	-12.973	16.354
9	0.2684	-1.1885	0.931	5.5304	-4.1492	3.2258	-0.2319	-1.2413	0.9798	1.7735	0.4084	-1.6448	-1.3717	0.4556	0.4147	1.5298	0.2555	-0.0968	1.3686	-0.1624	0.8545	-49.8735	-31.7679	38.8415
10	0.9672	-1.6518	1.553	5.2187	-4.17	4.2876	-0.1822	-0.1552	-0.0003	0.224	0.1839	-0.141	0.0247	-0.183	-0.0597	0.4645	-0.0485	0.0198	0.4279	-0.0752	0.4269	-63.2121	-33.3868	29.2982
11	2.4412	-0.5803	2.4094	7.2811	-3.2115	8.3518	0.3869	1.2267	0.677	-0.7098	0.1078	0.0334	-0.5487	-0.7121	-0.585	0.5571	0.0928	0.0693	0.7431	0.0952	0.6182	-79.803	-5.9116	1.6805
12	2.6737	0.5563	-2.9217	3.7249	-5.3747	9.516	0.7094	0.2689	1.182	0.4635	-0.1584	-1.1916	-1.7392	0.1346	-0.0877	0.8109	0.042	0.1037	0.5606	0.0322	0.7089	-71.638	0.3921	7.4683
13	3.9192	0.058	-2.3574	8.7294	-0.0266	4.5746	0.3483	0.2488	0.9247	-0.1628	0.818	1.0069	-2.0993	-1.6555	-0.8368	1.0548	0.4416	0.1381	0.9362	0.1013	0.8775	-82.8222	4.5213	6.8309
14	3.9658	4.2909	0.1015	6.9629	-2.0024	7.3064	-0.0278	-0.6385	-1.0094	0.2696	-0.2132	-0.4473	0.0602	1.1631	0.1198	0.3867	-0.0411	-0.0868	0.7606	0.036	0.5774	-34.0127	-10.0083	24.8201
15	6.3299	1.7666	-0.9807	4.0597	-1.0033	2.1047	-0.101	0.0904	-0.45	-0.239	0.0463	-0.2645	-0.0158	0.2483	0.059	0.3789	-0.0385	0.0775	0.4598	-0.1519	0.5367	-43.7426	-10.6101	19.1078
16	7.1358	3.3993	-0.0521	4.4874	-0.7978	4.5135	-0.2001	-0.1073	0.2206	0.0703	0.0938	-0.2198	-0.2527	0.5856	0.0495	0.4235	-0.0749	0.0224	0.4061	-0.1131	0.4424	-38.6945	-4.455	20.6368
17	9.9371	-0.2975	1.3799	2.5659	2.4353	2.6047	-0.1689	0.1928	0.1147	1.8065	0.8046	0.766	0.802	-0.1956	-0.4331	1.0399	-0.1112	0.1837	1.8355	-0.3642	1.2662	-12.6996	-3.4889	27.2003
18	7.8779	-4.5228	0.4813	5.2403	-0.6668	1.4956	-0.6403	0.3553	0.6774	1.5529	-1.9183	0.8172	1.8648	-0.6507	2.2191	1.3064	-0.5368	0.19	1.8849	-0.418	1.2838	-14.5194	2.7317	24.2282
19	7.4247	1.4632	-2.0454	3.3059	1.976	2.9231	0.3124	0.893	1.1419	-1.2833	-0.0253	0.269	-1.5963	-1.0624	-0.3425	1.0892	-0.1515	0.1659	0.7341	0.1147	1.2284	-48.1235	16.0055	17.1522
20	7.1904	-1.0964	0.1885	8.0273	0.375	5.2873	0.2188	-0.4747	1.1962	0.2373	0.0326	-0.0248	-0.5658	-0.2377	-0.1544	0.5371	-0.0056	0.1068	0.5299	-0.1517	0.9343	-49.9155	11.1776	24.9724
21	3.1815	-3.2228	-3.7544	5.5597	5.1182	5.1818	0.0688	1.3701	0.8007	-3.5931	0.55	-0.2817	-2.3401	-0.1192	-0.6051	1.0805	-0.1082	0.067	0.7955	-0.0733	0.7229	-45.7141	3.8162	11.1429
22	4.6405	-0.7497	-0.6878	3.7187	-0.8325	2.3957	0.8977	1.0002	-1.5133	0.6213	-0.4817	-0.5401	0.3487	1.0072	-0.3955	0.8998	-0.1659	-0.5818	1.4137	-0.5519	1.8035	-17.9304	11.4571	27.3674
23	4.9426	-5.0536	2.608	5.1686	-2.8475	3.4279	0.0348	-0.0979	-0.3746	-0.6768	-0.0157	-1.9904	0.298	0.912	0.1221	0.8636	-0.1193	0.3005	1.7975	-0.7603	2.4943	-7.9521	13.1373	26.3276
24	0.6215	-1.485	0.7209	4.1738	-1.7472	0.8325	0.3352	0.0057	0.2132	-0.3451	-0.0125	-1.4797	0.0076	0.7008	-0.8536	1.2243	0.1033	-0.358	1.6898	-0.75	3.1359	-16.5732	13.7334	28.074

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 87 )	A	16 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 114 )	A	88 - 114
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 115 through 177 )	A	115 - 177
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 178 through 269 )	A	178 - 269
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 270 through 299 )	A	270 - 299
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 300 through 341 )	A	300 - 341
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 345 through 366 )	B	345 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 367 through 402 )	B	367 - 402
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 403 through 407 )	B	403 - 407
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 408 through 476 )	B	408 - 476
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 477 through 489 )	B	477 - 489
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 490 through 498 )	B	490 - 498
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 499 through 511 )	B	499 - 511
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	1 - 17
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 18 through 83 )	H	18 - 83
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'H' and (resid 84 through 124 )	H	84 - 124
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'H' and (resid 125 through 156 )	H	125 - 156
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'H' and (resid 157 through 188 )	H	157 - 188
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'L' and (resid 3 through 33 )	L	3 - 33
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'L' and (resid 34 through 93 )	L	34 - 93
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'L' and (resid 94 through 106 )	L	94 - 106
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'L' and (resid 107 through 131 )	L	107 - 131
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'L' and (resid 132 through 162 )	L	132 - 162
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'L' and (resid 163 through 183 )	L	163 - 183

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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