PDB-6uym: Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2mc3-v6 red...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uym

タイトル

Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2mc3-v6 redesigned core from genotype 1a bound to broadly neutralizing antibody AR3C

要素

Envelope glycoprotein E2
Fab AR3C heavy chain
Fab AR3C light chain

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HCV / E2 core / Vaccine design / self-assembly nanoparticle / broadly neutralizing antibodies / bNAbs / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

生物種

Hepatitis C virus (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.848 Å

データ登録者

Tzarum, N. / Wilson, I.A. / Zhu, J.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI124337	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI129698	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI123861	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI079031	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI123365	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI106005	米国

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Proof of concept for rational design of hepatitis C virus E2 core nanoparticle vaccines.
著者: He, L. / Tzarum, N. / Lin, X. / Shapero, B. / Sou, C. / Mann, C.J. / Stano, A. / Zhang, L. / Nagy, K. / Giang, E. / Law, M. / Wilson, I.A. / Zhu, J.

履歴

登録	2019年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uym.cif.gz	235.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uym.ent.gz	185.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uym.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6uym_validation.pdf.gz	394.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6uym_full_validation.pdf.gz	395.4 KB	表示
XML形式データ	6uym_validation.xml.gz	2 KB	表示
CIF形式データ	6uym_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/6uym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/6uym	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uydC 6uyfC 6uygC 4mwfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oc3-1 6uyd-1 6oc3-2 5th9-2 5c0n-1 6uyd-2 7kmh-d 5vco-1 4pp2-1 7cdi-d 3u9p-2 5w1m-3 6fs0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Envelope glycoprotein E2

H: Fab AR3C heavy chain

L: Fab AR3C light chain

A: Fab AR3C heavy chain

B: Fab AR3C light chain

F: Envelope glycoprotein E2

ヘテロ分子

136 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: Envelope glycoprotein E2

H: Fab AR3C heavy chain

L: Fab AR3C light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Fab AR3C heavy chain

B: Fab AR3C light chain

F: Envelope glycoprotein E2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.101, 90.840, 94.033
Angle α, β, γ (deg.)	84.500, 78.110, 77.090
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Envelope glycoprotein E2

分子量: 19286.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Hepatitis C virus (isolate H) (C型肝炎ウイルス)
株: isolate H / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

Fab AR3C heavy chain

分子量: 24627.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 抗体

Fab AR3C light chain

分子量: 23266.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3500, 0.2M Na-thiocyanate, pH=6.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.848→30 Å / Num. obs: 29145 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å / Num. unique obs: 836 / CC_1/2: 0.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データ削減
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MWF

4mwf

解像度: 2.848→29.474 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 33.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2595	1551	5.33 %
R_work	0.2145	27571	-
obs	0.217	29122	87.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.05 Å² / B_iso mean: 66.289 Å² / B_iso min: 29.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.848→29.474 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8733	0	126	0	8859
B_iso mean	-	-	103.89	-	-
残基数	-	-	-	-	1145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9124
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.651	12447
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1400
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1577
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.218	5372

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.8483-2.9402	0.3201	74	0.2804	1372	48
2.9402-3.0451	0.2966	82	0.2873	1884	65
3.0451-3.1669	0.3298	140	0.2888	2228	79
3.1669-3.3109	0.3086	142	0.2837	2508	88
3.3109-3.4852	0.3348	111	0.2687	2753	94
3.4852-3.7032	0.3157	146	0.2449	2735	96
3.7032-3.9884	0.2922	139	0.2296	2829	98
3.9884-4.3886	0.2499	184	0.1874	2808	99
4.3886-5.021	0.2031	182	0.1659	2831	99
5.021-6.3157	0.2076	151	0.1936	2833	99
6.3157-29.474	0.2575	200	0.194	2790	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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