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万見
- PDB-6uwe: Crystal structure of recombinant thiocyanate dehydrogenase from T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uwe
タイトルCrystal structure of recombinant thiocyanate dehydrogenase from Thioalkalivibrio paradoxus saturated with copper
要素thiocyanate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioalkalivibrio paradoxus / thiocyanate dehydrogenase / copper
機能・相同性Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / metal ion binding / COPPER (II) ION / Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Osipov, E. / Tikhonova, T.V. / Rakitina, T.V. / Boyko, K.M. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation14-24-00172 ロシア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Trinuclear copper biocatalytic center forms an active site of thiocyanate dehydrogenase.
著者: Tikhonova, T.V. / Sorokin, D.Y. / Hagen, W.R. / Khrenova, M.G. / Muyzer, G. / Rakitina, T.V. / Shabalin, I.G. / Trofimov, A.A. / Tsallagov, S.I. / Popov, V.O.
履歴
登録2019年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thiocyanate dehydrogenase
B: thiocyanate dehydrogenase
C: thiocyanate dehydrogenase
D: thiocyanate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,63934
ポリマ－208,1144
非ポリマー1,52530
水41,7772319
1
A: thiocyanate dehydrogenase
D: thiocyanate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,82017
ポリマ－104,0572
非ポリマー76315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area28430 Å2
手法PISA
2
B: thiocyanate dehydrogenase
C: thiocyanate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,82017
ポリマ－104,0572
非ポリマー76315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area28670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.422, 163.149, 90.631
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 82 - 548 / Label seq-ID: 5 - 471

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
thiocyanate dehydrogenase


分子量: 52028.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
遺伝子: THITH_13335 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W0DP94
#2: 化合物...
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
詳細: All copper ions are labeled as CU (II) in this entry. The actual oxidation state of copper ions is unknown.
タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10 mg/mL TcDH in 25 mM borate buffer, pH 9.5 was mixed with 0.17 M ammonium acetate, 0.085 M sodium citrate, pH 5.6, 25.5% w/v PEG 4000, 15% glycerol. To increase copper incorporation, powder ...詳細: 10 mg/mL TcDH in 25 mM borate buffer, pH 9.5 was mixed with 0.17 M ammonium acetate, 0.085 M sodium citrate, pH 5.6, 25.5% w/v PEG 4000, 15% glycerol. To increase copper incorporation, powder of CuCl was added to drops with crystals 30-40 min prior to harvesting. Sodium cyanate solution was added to the drop with crystals to the final concertation of ~100 mM at the same time as CuCl was added.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.688
11-L, -K, -H20.312
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 285581 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.092 / Rsym value: 0.074 / Χ2: 0.766 / Net I/av σ(I): 10.6 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueΧ2% possible all
1.6-1.632.60.4612.1140130.6920.3410.5750.4610.82592.6
1.63-1.662.60.394138630.750.2890.490.83992.3
1.66-1.692.60.35139400.7820.2580.4360.83792.3
1.69-1.722.50.289139620.8340.2140.3610.82592.6
1.72-1.762.50.24140230.8790.1780.30.83992.7
1.76-1.82.50.204138920.90.1520.2550.83192.4
1.8-1.852.40.174138680.9170.1320.2190.81991.7
1.85-1.92.60.156141810.9340.1130.1930.80793.9
1.9-1.952.70.139142530.9470.0980.1710.82194.3
1.95-2.022.70.115142950.9590.0810.1410.80994.5
2.02-2.092.70.101142490.9640.0710.1240.76394.5
2.09-2.172.70.089144350.9690.0630.1090.75295.5
2.17-2.272.60.082143570.9690.0580.1010.73195.3
2.27-2.392.40.073144310.9680.0540.0910.69995.4
2.39-2.542.80.074145700.9730.0510.0910.71596.2
2.54-2.742.80.069145420.9730.0480.0850.68896.2
2.74-3.012.70.066145820.9760.0460.0810.69596.4
3.01-3.452.50.062145730.9740.0460.0780.68496.2
3.45-4.342.80.063146850.9770.0440.0770.67696.5
4.34-502.60.062148670.9770.0440.0760.71897.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
Coot精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I3Q

6i3q


解像度: 1.6→44.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.082 / SU ML: 0.04 / SU R Cruickshank DPI: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.015
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1602 13391 4.9 %RANDOM
Rwork0.1415 ---
obs0.1424 261930 90.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.02 Å2 / Biso mean: 15.065 Å2 / Biso min: 1.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0 Å20.38 Å2
2--1.41 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→44.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14560 0 30 2369 16959
Biso mean--21.95 28.53 -
残基数----1868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01315254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01713836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.64220778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.381.57832189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg20.1325.5322012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65623.007725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.342152346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0111570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023202
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A160800.06
12B160800.06
21A159750.06
22C159750.06
31A160070.06
32D160070.06
41B159960.06
42C159960.06
51B160090.06
52D160090.06
61C161630.04
62D161630.04
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.637 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 778 -
Rwork0.209 13465 -
obs--63.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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