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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uvi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of alr1298, a pentapeptide repeat protein from Nostoc Pcc 7120, determined at 2.3 Angstrom resolution | ||||||
要素 | Alr1298 protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / pentapeptide repeat / protein repeat / five residue right-handed-beta helix | ||||||
機能・相同性 | Pentapeptide repeats (8 copies) / Pentapeptide repeat / Alr1298 protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kennedy, M.A. / Zhang, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2020 タイトル: Crystal structure of Alr1298, a pentapeptide repeat protein from the cyanobacterium Nostoc sp. PCC 7120, determined at 2.1 angstrom resolution. 著者: Zhang, R. / Ni, S. / Kennedy, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uvi.cif.gz | 151.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uvi.ent.gz | 98.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6uvi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6uvi_validation.pdf.gz | 252.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6uvi_full_validation.pdf.gz | 252.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6uvi_validation.xml.gz | 920 B | 表示 | |
CIF形式データ | 6uvi_validation.cif.gz | 3.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/6uvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/6uvi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20954.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr1298 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YXB7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→31.32 Å / Num. obs: 22287 / % possible obs: 98.03 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 40.41 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01859 / Rpim(I) all: 0.01859 / Rrim(I) all: 0.02629 / Net I/σ(I): 18.53 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 17.7 / Num. unique obs: 22336 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.071 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6UV7 解像度: 2.1→31.32 Å / SU ML: 0.3238 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.8294
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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