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- PDB-6uul: Crystal structure of broad and potent HIV-1 neutralizing antibody... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uul
タイトルCrystal structure of broad and potent HIV-1 neutralizing antibody 438-D5
要素
  • D5 Fab Heavy Chain
  • D5 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / V3 glycan supersite / human antibody / ANTI-HIV NEUTRALIZING ANTIBODY
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Kumar, S. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: A V H 1-69 antibody lineage from an infected Chinese donor potently neutralizes HIV-1 by targeting the V3 glycan supersite.
著者: Kumar, S. / Ju, B. / Shapero, B. / Lin, X. / Ren, L. / Zhang, L. / Li, D. / Zhou, Z. / Feng, Y. / Sou, C. / Mann, C.J. / Hao, Y. / Sarkar, A. / Hou, J. / Nunnally, C. / Hong, K. / Wang, S. / ...著者: Kumar, S. / Ju, B. / Shapero, B. / Lin, X. / Ren, L. / Zhang, L. / Li, D. / Zhou, Z. / Feng, Y. / Sou, C. / Mann, C.J. / Hao, Y. / Sarkar, A. / Hou, J. / Nunnally, C. / Hong, K. / Wang, S. / Ge, X. / Su, B. / Landais, E. / Sok, D. / Zwick, M.B. / He, L. / Zhu, J. / Wilson, I.A. / Shao, Y.
履歴
登録2019年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D5 Fab Heavy Chain
B: D5 Fab Light Chain
C: D5 Fab Heavy Chain
D: D5 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2337
ポリマ－97,3494
非ポリマー8843
水7,314406
1
A: D5 Fab Heavy Chain
B: D5 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2453
ポリマ－48,6752
非ポリマー5711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA
2
C: D5 Fab Heavy Chain
D: D5 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9884
ポリマ－48,6752
非ポリマー3132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.731, 97.870, 125.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 D5 Fab Heavy Chain


分子量: 25263.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 D5 Fab Light Chain


分子量: 23410.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 407分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.97 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095M sodium citrate-citric acid (pH=6.2), 16%(v/v) 2-propanol, 5% (v/v) glycerol, 17%(w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 71245 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 41.88 Å2 / CC1/2: 0.88 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.19 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6892 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Coot1.16_3549モデル構築
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WL2

5wl2


解像度: 2.06→46.37 Å / SU ML: 0.3218 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1556
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 3586 5.04 %
Rwork0.2005 67547 -
obs0.2027 71133 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→46.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6705 0 6 406 7117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00276865
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59289335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04571063
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.77914093
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.080.46471020.46832220X-RAY DIFFRACTION85.56
2.08-2.110.39651200.37432591X-RAY DIFFRACTION99.89
2.11-2.140.40851250.32892622X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.170.33821290.31232576X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.210.31491470.30662568X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.250.3491460.33182568X-RAY DIFFRACTION99.85
2.25-2.280.41931720.34372531X-RAY DIFFRACTION99.34
2.28-2.330.31991390.27982604X-RAY DIFFRACTION99.89
2.33-2.370.36211170.27522589X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.420.34831300.26272581X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.470.2911550.24562555X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.530.30741610.24572598X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.590.3271330.24292602X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.660.27591240.22822605X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.740.26891530.22112595X-RAY DIFFRACTION99.96
2.74-2.830.2771190.22432600X-RAY DIFFRACTION99.96
2.83-2.930.28061550.22522601X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.050.31011380.21392599X-RAY DIFFRACTION99.96
3.05-3.190.24681540.21982612X-RAY DIFFRACTION99.96
3.19-3.350.25551320.20192614X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.560.21691290.18422647X-RAY DIFFRACTION99.96
3.56-3.840.19931290.18142637X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.220.18981600.16422647X-RAY DIFFRACTION100
4.22-4.840.16841390.13592667X-RAY DIFFRACTION100
4.84-6.090.20341370.14872687X-RAY DIFFRACTION100
6.09-46.370.20731410.16652831X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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