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- PDB-6ur9: DNA polymerase I Large Fragment from Bacillus stearothermophilus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ur9
タイトルDNA polymerase I Large Fragment from Bacillus stearothermophilus with DNA template, dideoxy primer, 3'-amino-ddGTP (nGTP), and Ca2+
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*(DOC))-3')
  • DNA polymerase I
キーワードREPLICATION/DNA / DNA polymerase / 3'-amino-dGTP / Calcium / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A ...: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NG3 / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, W. / Lelyveld, V.S. / Szostak, J.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Synthesis of phosphoramidate-linked DNA by a modified DNA polymerase.
著者: Lelyveld, V.S. / Zhang, W. / Szostak, J.W.
履歴
登録2019年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*(DOC))-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA polymerase I
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*(DOC))-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,88117
ポリマ－145,4706
非ポリマー1,41111
水6,251347
1
A: DNA polymerase I
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*(DOC))-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,05013
ポリマ－72,7353
非ポリマー1,31510
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area27570 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase I
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*(DOC))-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8314
ポリマ－72,7353
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area27570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.629, 108.069, 149.748
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA polymerase I


分子量: 66073.750 Da / 分子数: 2 / 変異: D598A/F710Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: DPO1, polA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N168, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*(DOC))-3')


分子量: 2724.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 3936.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 358分子

#4: 化合物 ChemComp-NG3 / 3'-amino-2',3'-dideoxyguanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) / 3'-amino-dGTP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.1 M MES, pH 5.4, 2M ammonium sulfate, 10 mM CaCl2, 2.5 % MPD, crystal soaked with 10 mM CaCl2 pH 8.8 buffer for 20 min

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データ収集

回折平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 89397 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / Num. unique obs: 8849 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.184 / Rrim(I) all: 0.497 / Χ2: 0.573 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L5U

1l5u


解像度: 2.1→46.81 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 4537 5.08 %
Rwork0.2045 84856 -
obs0.2065 89393 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.32 Å2 / Biso mean: 42.3488 Å2 / Biso min: 15.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→46.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9292 835 77 347 10551
Biso mean--55.97 39.21 -
残基数----1202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55714317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.8014007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041702
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.120.2541380.23712520265890
2.12-2.140.28091620.23627512913100
2.14-2.170.28861530.230728072960100
2.17-2.20.29781440.234128492993100
2.2-2.230.27941710.219727882959100
2.23-2.260.24591270.213227992926100
2.26-2.290.23091360.217128362972100
2.29-2.320.23441370.218728232960100
2.32-2.360.26631500.219727772927100
2.36-2.40.271370.221328653002100
2.4-2.440.3431420.226227712913100
2.44-2.490.24571430.2328562999100
2.49-2.530.3211490.227628282977100
2.53-2.580.27771610.22728012962100
2.58-2.640.29851570.221628062963100
2.64-2.70.26531560.229928172973100
2.7-2.770.29141320.232528592991100
2.77-2.840.25361400.233628502990100
2.84-2.930.3041660.242628142980100
2.93-3.020.30491490.230528082957100
3.02-3.130.26151600.226528513011100
3.13-3.260.23621540.217928252979100
3.26-3.40.24651700.210828313001100
3.4-3.580.21741580.198528463004100
3.58-3.810.19721410.186528522993100
3.81-4.10.21931530.178628823035100
4.1-4.510.18931690.163928683037100
4.51-5.170.22691530.180329023055100
5.17-6.510.23761660.200129173083100
6.51-46.810.2291630.188230573220100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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