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万見
- PDB-6ulz: Adenylation domain of the initiation module of LgrA mutant P483M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ulz
タイトルAdenylation domain of the initiation module of LgrA mutant P483M
要素Linear gramicidin synthase subunit A
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / NRPS / Nonribosomal peptide synthetase / non-ribosomal peptide synthetase / adenylation / adenylation domain / natural product / adenylate
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthase / Formyl transferase, N-terminal domain / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain ...Non-ribosomal peptide synthase / Formyl transferase, N-terminal domain / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / FORMIC ACID / 3-METHYL-2-OXOBUTANOIC ACID / Linear gramicidin synthase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chiche-Lapierre, C. / Alonzo, D.A. / Schmeing, T.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of keto acid utilization in nonribosomal depsipeptide synthesis.
著者: Alonzo, D.A. / Chiche-Lapierre, C. / Tarry, M.J. / Wang, J. / Schmeing, T.M.
履歴
登録2019年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Linear gramicidin synthase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5056
ポリマ－77,7451
非ポリマー7595
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area25140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.180, 161.180, 138.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Linear gramicidin synthase subunit A


分子量: 77745.492 Da / 分子数: 1 / 断片: initiation module (UNP residues 2-684) / 変異: P483M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
遺伝子: lgrA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70LM7
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-KIV / 3-METHYL-2-OXOBUTANOIC ACID / ALPHA-KETOISOVALERIC ACID / KETOVALINE / α-ケトイソ吉草酸


分子量: 116.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.37 M sodium formate, 0.112 M sodium acetate / PH範囲: 5-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→138.6 Å / Num. obs: 33772 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / Biso Wilson estimate: 58.92 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.25 Å / 冗長度: 26.5 % / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique obs: 4403 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.087 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 5ES6

5es6


解像度: 3.1→113.97 Å / SU ML: 0.3692 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.1662
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 1687 5.01 %
Rwork0.2115 32008 -
obs0.2133 33695 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→113.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4655 0 48 20 4723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00254806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50726521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.60432872
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.190.37811400.31842597X-RAY DIFFRACTION99.93
3.19-3.290.29331360.28382652X-RAY DIFFRACTION99.96
3.29-3.410.30661400.26032605X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.550.29431390.26172629X-RAY DIFFRACTION99.96
3.55-3.710.28241360.23152622X-RAY DIFFRACTION100
3.71-3.910.25471380.20552646X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.150.2231410.1882649X-RAY DIFFRACTION99.93
4.15-4.470.20471410.18072669X-RAY DIFFRACTION100
4.47-4.920.19581400.16732658X-RAY DIFFRACTION100
4.92-5.630.24161400.18332689X-RAY DIFFRACTION99.89
5.63-7.10.24991450.20862724X-RAY DIFFRACTION100
7.1-113.970.21461510.20552868X-RAY DIFFRACTION99.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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