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- PDB-5jnf: Crystal structure of the LgrA initiation module excluding the Asu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jnf
タイトルCrystal structure of the LgrA initiation module excluding the Asub domain: F-A-delta-sub
要素Linear gramicidin synthase subunit A
キーワードLIGASE / NRPS / formylation domain / adenylation domain
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthase / Formyl transferase, N-terminal domain / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain ...Non-ribosomal peptide synthase / Formyl transferase, N-terminal domain / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Linear gramicidin synthase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Reimer, J.M. / Aloise, M.N. / Schmeing, T.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2016
タイトル: Manipulation of an existing crystal form unexpectedly results in interwoven packing networks with pseudo-translational symmetry
著者: Reimer, J.M. / Aloise, M.N. / Powell, H.R. / Schmeing, T.M.
履歴
登録2016年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Linear gramicidin synthase subunit A
A: Linear gramicidin synthase subunit A
B: Linear gramicidin synthase subunit A
D: Linear gramicidin synthase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,3439
ポリマ－265,1134
非ポリマー2305
水3,243180
1
C: Linear gramicidin synthase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4625
ポリマ－66,2781
非ポリマー1844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Linear gramicidin synthase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3242
ポリマ－66,2781
非ポリマー461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Linear gramicidin synthase subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2781
ポリマ－66,2781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Linear gramicidin synthase subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2781
ポリマ－66,2781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.311, 161.311, 139.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...
21(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...
31(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...
41(chain D and (resseq 2:12 or resseq 14:15 or (resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLYGLY(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AB24
12ARGARGARGARG(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AB35
13METMETASPASP(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AB1 - 5853 - 587
14METMETASPASP(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AB1 - 5853 - 587
15METMETASPASP(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AB1 - 5853 - 587
16METMETASPASP(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AB1 - 5853 - 587
17METMETASPASP(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AB1 - 5853 - 587
18METMETASPASP(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AB1 - 5853 - 587
21GLYGLYGLYGLY(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BC24
22ARGARGARGARG(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BC35
23METMETASPASP(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BC1 - 5853 - 587
24METMETASPASP(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BC1 - 5853 - 587
25METMETASPASP(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BC1 - 5853 - 587
26METMETASPASP(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BC1 - 5853 - 587
27METMETASPASP(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BC1 - 5853 - 587
28METMETASPASP(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BC1 - 5853 - 587
31GLYGLYGLYGLY(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...CA24
32ARGARGARGARG(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...CA35
33METMETASPASP(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...CA1 - 5853 - 587
34METMETASPASP(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...CA1 - 5853 - 587
35METMETASPASP(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...CA1 - 5853 - 587
36METMETASPASP(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...CA1 - 5853 - 587
37METMETASPASP(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...CA1 - 5853 - 587
38METMETASPASP(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...CA1 - 5853 - 587
41GLYGLYSERSER(chain D and (resseq 2:12 or resseq 14:15 or (resid...DD2 - 124 - 14
42GLYGLYASNASN(chain D and (resseq 2:12 or resseq 14:15 or (resid...DD14 - 1516 - 17
43LYSLYSLYSLYS(chain D and (resseq 2:12 or resseq 14:15 or (resid...DD1618
44METMETASPASP(chain D and (resseq 2:12 or resseq 14:15 or (resid...DD1 - 5853 - 587
45METMETASPASP(chain D and (resseq 2:12 or resseq 14:15 or (resid...DD1 - 5853 - 587
46METMETASPASP(chain D and (resseq 2:12 or resseq 14:15 or (resid...DD1 - 5853 - 587
47METMETASPASP(chain D and (resseq 2:12 or resseq 14:15 or (resid...DD1 - 5853 - 587
48METMETASPASP(chain D and (resseq 2:12 or resseq 14:15 or (resid...DD1 - 5853 - 587
49METMETASPASP(chain D and (resseq 2:12 or resseq 14:15 or (resid...DD1 - 5853 - 587

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要素

#1: タンパク質
Linear gramicidin synthase subunit A


分子量: 66278.227 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-584 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
遺伝子: lgrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70LM7
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.3 M sodium formate, 0.1 M triNa citrate pH 5.6.

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データ収集

回折平均測定温度: 199 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→88.4 Å / Num. obs: 116252 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 64.22 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 867930 / Scaling rejects: 10485
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.55-2.66.32.2453636757600.1690.9762.4530.8100
13.98-88.47.20.05152437310.9990.020.05522.397.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ES6

5es6


解像度: 2.75→44.793 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 31.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2753 9162 5.01 %
Rwork0.2472 173730 -
obs0.2486 116116 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 226.24 Å2 / Biso mean: 106.3871 Å2 / Biso min: 31.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→44.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18470 0 25 180 18675
Biso mean--74.41 62.29 -
残基数----2329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00418901
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64225661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492838
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1616942
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A12773X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
12B12773X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
13C12773X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
14D12773X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.75-2.78130.42023070.427858576164100
2.7813-2.8140.40073110.411457016012100
2.814-2.84830.36893180.398758276145100
2.8483-2.88430.4072820.366458636145100
2.8843-2.92230.38183080.358857406048100
2.9223-2.96230.38363060.339357536059100
2.9623-3.00460.33973300.327358646194100
3.0046-3.04950.3123080.309257636071100
3.0495-3.09710.33873160.294557806096100
3.0971-3.14790.37623130.31458686181100
3.1479-3.20210.36743050.300556525957100
3.2021-3.26030.36013160.303758616177100
3.2603-3.3230.32313080.273457536061100
3.323-3.39080.29553060.266258056111100
3.3908-3.46450.3552920.35245759605199
3.4645-3.54510.27033000.269658076107100
3.5451-3.63370.34213080.265557546062100
3.6337-3.73190.31053030.312758636166100
3.7319-3.84170.28123060.247757936099100
3.8417-3.96560.29062940.29475662595699
3.9656-4.10720.24492940.20658806174100
4.1072-4.27160.21753020.195658066108100
4.2716-4.46580.21793190.200357906109100
4.4658-4.7010.21732870.191357626049100
4.701-4.99520.22133040.19358456149100
4.9952-5.38030.21523070.197858116118100
5.3803-5.92060.24493000.219257716071100
5.9206-6.77480.23563000.205357796079100
6.7748-8.52590.21032980.199458496147100
8.5259-44.79890.2533070.19425712601999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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