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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ulo
タイトルStructure of an N-terminally truncated uncharacterized protein from Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar Copenhageni (strain Fiocruz L1-130)
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性membrane / Lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar copenhageni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of an N-terminally truncated uncharacterized protein from Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar Copenhageni (strain Fiocruz L1-130)
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1484
ポリマ－76,0772
非ポリマー712
水18,3931021
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0742
ポリマ－38,0381
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0742
ポリマ－38,0381
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.440, 56.650, 60.990
Angle α, β, γ (deg.)98.637, 106.327, 83.326
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 38038.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar copenhageni (strain Fiocruz L1-130) (バクテリア)
株: Fiocruz L1-130 / 遺伝子: LIC_10985 / プラスミド: LpinA.19565.a.B2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72TN2
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1021 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, condition H5: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550: 20mM of each amino acid: sodium l-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine HCl, DL-serine: 100mM ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, condition H5: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550: 20mM of each amino acid: sodium l-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine HCl, DL-serine: 100mM MOPS/HEPES-Na pH 7.5: LpinA.195645.a.B2.PW386228 at 23mg/ml. Cryo: direct: tray 310523 h5: puck PAS1-8. For phasing a crystal from the same tray, well C1 (10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550: 30mM of each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate: 100mM MES/imidazole pH 6.5) was incubated for 20sec in a mixture of 10% 5M sodium iodide in ethylene glycol (500mM final NaI concentration) and 90% reservoir solution. Diffraction data were collected in-house.Tray 310523 c1: puck LOF7-9

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX-3001CCD2019年8月15日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2019年9月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1C(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
21.54181
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 155840 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.927 % / Biso Wilson estimate: 19.615 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 1.052 / Net I/σ(I): 19.58
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.333.9530.5572.35111650.8350.64592.6
1.33-1.373.9510.4462.94109890.8860.51692.9
1.37-1.413.9470.3743.56106560.9180.43393.2
1.41-1.453.9440.2984.48105120.9440.34493.6
1.45-1.53.9460.2245.9101090.9670.25994.1
1.5-1.553.940.177.7498080.9780.19694.3
1.55-1.613.9290.1369.6495250.9860.15794.9
1.61-1.683.9320.1111.8392440.990.12895.2
1.68-1.753.9380.08714.6589150.9930.10195.4
1.75-1.843.9420.06818.7984840.9950.07895.9
1.84-1.943.9340.05223.5681740.9970.0696.4
1.94-2.063.9320.0429.8276940.9980.04796.6
2.06-2.23.9110.03236.0673310.9990.03797.1
2.2-2.373.9060.02839.9867880.9990.03397.3
2.37-2.63.8920.02643.3462740.9990.0397.8
2.6-2.913.860.02446.4957310.9990.02898.1
2.91-3.363.8680.0251.2350280.9990.02398.7
3.36-4.113.8810.01855.5142930.9990.0298.8
4.11-5.813.9070.01756.4933180.9990.01999.1
5.81-503.8160.01856.4218020.9990.02198.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PARROT位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→32.24 Å / SU ML: 0.1214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 17.6941
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1722 1916 1.23 %0
Rwork0.1375 153900 --
obs0.138 155816 95.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→32.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4926 0 2 1021 5949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00935257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11227169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0849815
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.33642041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.330.24021340.215610632X-RAY DIFFRACTION92.48
1.33-1.370.22191340.19110707X-RAY DIFFRACTION92.9
1.37-1.410.1991250.175910768X-RAY DIFFRACTION93.21
1.41-1.450.21351320.157310882X-RAY DIFFRACTION93.78
1.45-1.510.20931270.143510757X-RAY DIFFRACTION94.1
1.51-1.570.17781220.131410934X-RAY DIFFRACTION94.4
1.57-1.640.17291310.128110929X-RAY DIFFRACTION95.06
1.64-1.720.15551520.1310964X-RAY DIFFRACTION95.42
1.72-1.830.17021520.128211041X-RAY DIFFRACTION95.92
1.83-1.970.18221550.135211131X-RAY DIFFRACTION96.4
1.97-2.170.17581340.128311198X-RAY DIFFRACTION97
2.17-2.490.15741370.133811214X-RAY DIFFRACTION97.53
2.49-3.130.17081490.140811325X-RAY DIFFRACTION98.25
3.13-32.240.15871320.130611418X-RAY DIFFRACTION99.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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