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- PDB-6ulf: Crystal structure of 4498 Fab in complex with circumsporozoite pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ulf
タイトルCrystal structure of 4498 Fab in complex with circumsporozoite protein NDN3 and anti-Kappa VHH domain
要素
  • 4498 Fab heavy chain
  • 4498 Fab light chain
  • Circumsporozoite protein
  • anti Kappa VHH domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Camelidae mixed library (哺乳類)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Thai, E. / Scally, S.W. / Prieto, K. / Murugan, R. / Wardemann, H. / Julien, J.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1179906; J.-P.J. 米国
引用ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2020
タイトル: Evolution of protective human antibodies against Plasmodium falciparum circumsporozoite protein repeat motifs.
著者: Murugan, R. / Scally, S.W. / Costa, G. / Mustafa, G. / Thai, E. / Decker, T. / Bosch, A. / Prieto, K. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H.
履歴
登録2019年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4498 Fab heavy chain
B: 4498 Fab light chain
K: anti Kappa VHH domain
P: Circumsporozoite protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6844
ポリマ－60,6844
非ポリマー00
水11,440635
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area25020 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.536, 76.084, 63.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.321, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 4498 Fab heavy chain


分子量: 24749.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 4498 Fab light chain


分子量: 23371.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 anti Kappa VHH domain


分子量: 11326.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Camelidae mixed library (哺乳類)
#4: タンパク質・ペプチド Circumsporozoite protein / CS


分子量: 1236.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P02893
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 20 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 62305 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 18.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 3120 / CC1/2: 0.978

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D01

6d01


解像度: 1.7→38.04 Å / SU ML: 0.1804 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.6205
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 2003 3.22 %
Rwork0.2074 60263 -
obs0.2083 62266 98.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4164 0 0 635 4799
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00574264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87285824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0604663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.52841444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.31611450.25914223X-RAY DIFFRACTION96.72
1.74-1.790.2281330.24594214X-RAY DIFFRACTION96.82
1.79-1.840.29771410.23444255X-RAY DIFFRACTION97.21
1.84-1.90.30731390.22714268X-RAY DIFFRACTION97.44
1.9-1.970.23671430.20984240X-RAY DIFFRACTION97.4
1.97-2.050.24531380.21074300X-RAY DIFFRACTION97.69
2.05-2.140.2361420.20484278X-RAY DIFFRACTION97.92
2.14-2.250.23161450.20494312X-RAY DIFFRACTION98.19
2.25-2.40.22291480.21214287X-RAY DIFFRACTION98.45
2.4-2.580.24481440.21924352X-RAY DIFFRACTION98.68
2.58-2.840.23911420.21124331X-RAY DIFFRACTION98.81
2.84-3.250.22891440.20244370X-RAY DIFFRACTION98.93
3.25-4.090.1881470.18834370X-RAY DIFFRACTION99.01
4.1-38.040.25051520.20224463X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9086806917420.08512184462680.2920028742761.72862520002-0.2175496264222.88784197382-0.02235195690360.02143852761550.07419071717770.0849277935761-0.007023202038530.00451431519587-0.09282174439440.04811135284760.0174931791610.07905509650970.0004642212380850.004682359197460.1022971463870.009525451341920.0897213543583-27.3281950691-15.1070480182-15.0739324354
27.700269146990.29754394766-1.651906441943.87295258712-3.234936198429.30752630828-0.06833062818740.157103460481-0.52571799301-0.0134570847018-0.127988457047-1.700458872480.5608980778180.7082229537050.1775312314520.2232272403970.12547796395-0.008938772840630.3856481959390.01139449276370.37087768564312.3895394589-6.65420483883-12.7723031778
32.62055335836-0.6803547412480.07700477266852.876503315850.05182056515023.02486342781-0.00308570627418-0.0136879522299-0.00989081918840.0443017432478-0.00729050925341-0.2367241165960.07820993240370.2947352208440.00856579303020.1039665565490.0187528269923-0.01666241590730.1436116743270.001242063051270.148849986236-0.131121122672-0.57091387074-6.20794083602
43.542402806360.488156823280.6703354581731.315641866380.8186862395372.79139281245-0.1486621365760.0435295777768-0.003161830310940.06335581814540.05681431022240.1065323494670.18844312257-0.1198547799240.0852842799770.2382168123560.02047607468060.04469849316270.1149999120370.02430861441320.114924326185-32.481934299618.1595699713-7.78108440642
53.47308687734-0.1778478802091.710129001631.47907626595-0.05427802629122.644189478690.03547957624410.381841966980.119853450649-0.198612918246-0.100215486914-0.2248762691560.01976981040670.5062974823020.06694904798770.1597645020020.03377074407290.03178770042480.210930702810.03929459820520.153434935726-4.414774723762.05362669982-26.9674940669
60.843607870397-0.885373153447-0.3017191153733.286719548391.937247526823.75475447785-0.0800429832681-0.09809326885420.06836520073920.3157017404090.0790966637002-0.048006178247-0.1304905183350.1168901822730.0004014787611560.137932466732-0.023320905898-0.001813886073360.117501273620.008070924596360.107443834361-27.284850569828.1315727728-18.6784641832
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain KKC1 - 1211 - 123
22chain PPD2 - 121 - 11
33chain 'A' and (resid 1 through 127)AA1 - 1271 - 127
44chain 'A' and (resid 128 through 228)AA128 - 228128 - 228
55chain 'B' and (resid 1 through 106)BB1 - 1061 - 106
66chain 'B' and (resid 107 through 213)BB107 - 213107 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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