PDB-6uiq: Crystal structure of wild-type human phosphoglucomutase 1 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uiq

タイトル

Crystal structure of wild-type human phosphoglucomutase 1 in complex with Glucose-6-Phosphate

要素

phosphoglucomutase-1

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase / G6P

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective PGM1 causes PGM1-CDG / Galactose catabolism / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / Glycogen synthesis / gluconeogenesis / glycolytic process / glucose metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: A Hotspot for Disease-Associated Variants of Human PGM1 Is Associated with Impaired Ligand Binding and Loop Dynamics.
著者: Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2019年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2020年8月12日	ID: 6BJ0
改定 1.0	2020年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uiq.cif.gz	548.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uiq.ent.gz	374.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uiq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6uiq_validation.pdf.gz	375.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6uiq_full_validation.pdf.gz	375.8 KB	表示
XML形式データ	6uiq_validation.xml.gz	1.5 KB	表示
CIF形式データ	6uiq_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/6uiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/6uiq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5vbiC 5vecC 5vg7C 5vinC 5epcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hsh-2 1lxt-2 5jn5-1 6uo6-1 1vkl-1 1jdy-2 3pmg-1 5vin-1 2r0p-d 5epc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

B: phosphoglucomutase-1

A: phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

129 kDa, 2 ポリマー
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1

B: phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
64.5 kDa, 1 ポリマー
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2

A: phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	171.874, 171.874, 99.447
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw

#1: タンパク質

phosphoglucomutase-1

分子量: 64191.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P36871, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)

#2: 糖

ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.2 M Sodium tartrate dibasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å

検出器

タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年9月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00003 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→60.82 Å / Num. obs: 64976 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 33.8431148121 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.16 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 878402 / Scaling rejects: 2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.3-2.36	9.9	1.774	37536	3790	0.656	0.573	1.868	1.3	82.6
10.54-60.82	12.7	0.035	10241	809	0.999	0.01	0.036	51.5	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EPC

5epc

解像度: 2.3→60.81 Å / SU ML: 0.249218060444 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3503266864 / 位相誤差: 23.6345935342

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222518346102	3287	5.06713530346 %
R_work	0.168233215946	-	-
obs	0.170935744974	64869	97.6016731114 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.1234874366 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→60.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8581	0	34	568	9183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00728842100076	8865
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892534842951	12025
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0548393087957	1359
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00521783820272	1568
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5754824728	5321

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3343	0.259155238288	104	0.242999601592	2197	X-RAY DIFFRACTION	80.7935393258
2.3343-2.3708	0.293033319418	140	0.234626583338	2288	X-RAY DIFFRACTION	84.9545136459
2.3708-2.4097	0.2724409445	134	0.222227652338	2441	X-RAY DIFFRACTION	90.4143258427
2.4097-2.4512	0.291794398277	139	0.220346870794	2530	X-RAY DIFFRACTION	93.8797045375
2.4512-2.4958	0.267894455212	155	0.210668260529	2570	X-RAY DIFFRACTION	95.5469845722
2.4958-2.5438	0.310906071032	170	0.210943177724	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.7536078845
2.5438-2.5957	0.286070159726	127	0.207194030297	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.8948475289
2.5957-2.6522	0.238070641468	155	0.199418544704	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.930362117
2.6522-2.7139	0.276550441952	150	0.197253107263	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.9296270232
2.7139-2.7817	0.303555510546	130	0.197449013615	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.8602375961
2.7817-2.857	0.2948508965	147	0.211833208146	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.8956158664
2.857-2.941	0.275895633537	136	0.217637661653	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.941-3.0359	0.250045018256	147	0.203161327187	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.9303863557
3.0359-3.1444	0.254021183984	145	0.192773519056	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1444-3.2703	0.245018101216	142	0.194316709356	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2703-3.4192	0.213485890633	149	0.191076023895	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.9654576857
3.4192-3.5994	0.235451380792	132	0.162589663716	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5994-3.8249	0.178934732749	139	0.139408179275	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8249-4.1202	0.168289282756	165	0.131377561145	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1202-4.5347	0.184659171135	153	0.120731340024	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.9658703072
4.5347-5.1905	0.169306156122	144	0.116248763953	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1905-6.5383	0.242910361841	143	0.152052652739	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5383-60.81	0.157359230151	141	0.149147359179	2988	X-RAY DIFFRACTION	99.5545657016

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.99900053296	0.0258484790583	0.396622748517	3.18123087564	0.553287999991	2.7772083207	0.0196659471738	-0.11300401773	-0.000999861581986	0.216565972629	0.0156504600792	-0.245502706163	0.476466438184	0.194646054763	-0.0336247884048	0.478894208232	0.0591892866222	-0.00373366912206	0.249220989739	0.00949139608988	0.299746070476	39.3441897281	-73.5186255531	9.68316996175
2	1.26084083681	-0.315674131327	0.166336241437	2.14081038307	0.200464117544	2.6149413185	-0.0075324738635	-0.00761854096608	-0.118532413491	0.183273254019	0.0667747089956	0.0261261024832	0.574977425354	0.04848517513	-0.0506959837945	0.314517068785	-0.035337871255	0.00206016043832	0.177731784115	-0.0130419228978	0.230892366605	33.3179999682	-70.678494641	0.505776955642
3	0.496160130998	-0.557377492788	0.209074859885	1.26891934968	0.54345851144	1.64726682132	-0.0175633432071	0.0624514176217	0.112908933136	-0.1338181076	0.0445173640136	-0.260673550606	-0.304301117335	0.122380835877	-0.0260572886512	0.274100280897	-0.101657514609	0.0262118178883	0.251166668876	0.0245851770748	0.302204004384	32.9269342803	-45.5321099537	-5.40468153798
4	0.897566032651	0.01826214887	0.285964164304	0.97642270562	0.0315857769193	2.36093997621	-0.0911562536777	-0.0181409459342	0.0738902935989	-0.0881671647812	0.0217666199738	0.0868455787265	-0.0732360026858	-0.278632803294	0.0480904491088	0.183786836812	-0.0124745182987	-0.0194488455826	0.231543471774	-0.0128794011939	0.298153938142	18.1994620695	-43.3531614054	6.30467618304
5	2.06733943264	-0.218259347313	0.380757168993	1.79440228992	0.789955750373	2.37432334605	0.035110933629	-0.451289395879	0.151357036824	0.236876635014	-0.0710432981894	0.0629657012768	0.0914914404867	-0.44810869713	0.0260092259261	0.253288010701	-0.0134568236243	0.00707399040978	0.475620045393	-0.00837094183507	0.288956631578	15.8560131954	-45.4127754021	30.5068321356
6	2.61841634704	1.34390938791	0.338348240193	3.51612869781	-0.63876624844	3.9579538732	0.0117225800553	-0.199949152801	-0.0657317235141	-0.0259957195391	0.0300497679966	-0.129379400502	0.223150721204	-0.136817001055	-0.0150984398117	0.159125541917	-0.0126503466697	-0.0344877425824	0.201788476702	-0.0225214332967	0.192876407561	20.6808162573	-45.7621913491	24.2488275989
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8	2.50585232719	0.559499545484	0.0848178505942	3.08199920715	-0.600800629451	2.49543148022	-0.381417735157	0.529278137689	0.334351737549	-0.542054709626	0.515621613959	0.259435417146	0.435539447247	-0.468570455337	-0.157725142506	0.460532859193	-0.158992754013	-0.084991755552	0.524171183007	0.0779798419914	0.316443167844	-34.1321157772	-63.9866515432	-19.429552585
9	1.64937863453	0.990655476054	-0.45948308772	2.04080303486	-0.23220218466	2.7268191878	-0.133886138361	0.255140889395	0.014717765436	-0.254629474571	0.232254078932	0.152905222695	0.364158902989	-0.510683739418	-0.0980327013862	0.288295870656	-0.0322443549649	-0.0424497844806	0.356107386588	0.0427457328407	0.217369108461	-27.8932096246	-62.4591371538	-10.3712760575
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13	3.87906637364	0.0559320905675	0.415900175728	1.94853483056	-0.0197176151661	2.60029980717	0.258442069242	0.654873977741	0.166513019402	-0.383354720291	-0.210594793507	-0.147661916357	-0.337720977627	0.230215532199	-0.0821467068939	0.522215963553	-0.0236274232896	-0.00226100698568	0.667849680147	0.070034441096	0.358427745225	-6.61247394855	-39.5446781165	-45.3228592351
14	1.9074331589	-0.99170532418	0.852943342143	2.82044973543	-0.252914304397	3.04492124445	-0.0124159392918	0.371358844526	-0.00661052034921	-0.19123220626	0.137325999139	0.0118200683312	0.215759646342	0.0852862829623	-0.138467490812	0.329957859504	-0.0346395377772	-0.0013767797359	0.489148760879	-0.00765329596374	0.238874780139	-5.83122834451	-45.8458015492	-34.5129950108
15	2.94658779068	-0.24502224498	-0.238366818582	1.75778179917	-0.0648576628358	2.25102251763	-0.0402085984974	0.43709660495	0.424941740407	-0.132301807601	-0.0051478323352	0.0600363343817	-0.934100865758	0.0803958094728	0.0436644821507	0.557412621328	-0.0222397541376	-0.0226909611329	0.402499082719	0.101636025011	0.318270688288	-11.302747391	-30.9817130846	-34.6903624977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid -1 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 47 through 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 184 through 293 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 294 through 434 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 435 through 483 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 484 through 522 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 523 through 562 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid -1 through 46 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 47 through 183 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 184 through 227 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 228 through 405 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 406 through 434 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 435 through 464 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 465 through 511 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 512 through 562 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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