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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ugc | |||||||||
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タイトル | C3 symmetric peptide design number 3 | |||||||||
![]() | C3-3 cyclic peptide design | |||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / 3-fold symmetric / racemic mixture | |||||||||
機能・相同性 | : ![]() | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
Model details | S2 symmetric cyclic peptide | |||||||||
![]() | Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry. 著者: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ucxC ![]() 6ud9C ![]() 6udrC ![]() 6udwC ![]() 6udzC ![]() 6uf4C ![]() 6uf7C ![]() 6uf8C ![]() 6uf9C ![]() 6ufaC ![]() 6ufuC ![]() 6ug2C ![]() 6ug3C ![]() 6ug6C ![]() 6ugbC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 999.886 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: de novo design / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-CD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | For chains I,J,K the asymmetric unit contains one third of the molecule. The whole molecule is ...For chains I,J,K the asymmetric unit contains one third of the molecule. The whole molecule is generated by crystallographic symmetry operators. | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 19.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M Cadmium chloride, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 30% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.7749 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 0.9→25.51 Å / Num. obs: 30646 / % possible obs: 78.7 % / 冗長度: 2.242 % / Biso Wilson estimate: 7.496 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 5.85 / Num. measured all: 68716 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.9→25.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.374 / SU ML: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.0244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.44 Å2 / Biso mean: 7.195 Å2 / Biso min: 1.15 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 0.9→25.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 0.9→0.923 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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