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- PDB-6ub9: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ub9
タイトルCrystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - AMINOACRYLATE- AND BRD6309-BOUND FORM
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLyase/Lyase Inhibitor / PLP / heterotetramer / amino acid biosynthesis / substrate channeling / allostery / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Lyase-Lyase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / FORMIC ACID / Chem-H9V / MALONIC ACID / Chem-P1T / TRIETHYLENE GLYCOL / Tryptophan synthase beta chain / Tryptophan synthase alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.783 Å
データ登録者Chang, C. / Michalska, K. / Maltseva, N.I. / Jedrzejczak, R. / McCarren, P. / Nag, P.P. / Joachimiak, A. / Satchell, K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Structure-guided Drug Discovery Coalition カナダ
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - AMINOACRYLATE- AND BRD6309-BOUND FORM
著者: Chang, C. / Michalska, K. / Maltseva, N.I. / Jedrzejczak, R. / McCarren, P. / Nag, P.P. / Joachimiak, A. / Satchell, K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2019年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2019年10月30日ID: 6DUA
改定 1.12019年10月30日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
C: Tryptophan synthase alpha chain
D: Tryptophan synthase beta chain
E: Tryptophan synthase alpha chain
F: Tryptophan synthase beta chain
G: Tryptophan synthase alpha chain
H: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,44044
ポリマ－287,6568
非ポリマー4,78436
水3,099172
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
C: Tryptophan synthase alpha chain
D: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,18922
ポリマ－143,8284
非ポリマー2,36118
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11550 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area41510 Å2
手法PISA
2
E: Tryptophan synthase alpha chain
F: Tryptophan synthase beta chain
G: Tryptophan synthase alpha chain
H: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,25022
ポリマ－143,8284
非ポリマー2,42218
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11780 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area41400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.373, 159.619, 164.932
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Tryptophan synthase ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28579.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: trpA, Rv1613, MTCY01B2.05 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFY1, tryptophan synthase
#2: タンパク質
Tryptophan synthase beta chain


分子量: 43334.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: trpB, Rv1612, MTCY01B2.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFX9, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 9種, 208分子

#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物
ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 化合物
ChemComp-P1T / 2-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]ACRYLIC ACID


分子量: 318.220 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O7P
#6: 化合物
ChemComp-H9V / (2R,3S,4R)-3-(4'-chloro-2',6'-difluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)-4-(fluoromethyl)azetidine-2-carbonitrile


分子量: 336.739 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12ClF3N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#10: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 8% TACSIMATE, 20% PEG3350, 5% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.783→30 Å / Num. obs: 84351 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.219 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.855.31.29640720.5890.5791.4250.74892.3
2.85-2.95.41.21740790.6140.5391.3350.79692.2
2.9-2.965.51.09640550.6630.4831.2010.77592.2
2.96-3.025.70.97840910.7390.4281.070.77692.1
3.02-3.085.70.84340580.7880.3680.9220.80192
3.08-3.155.80.68340750.8290.2970.7470.82992.2
3.15-3.235.90.56740400.8720.2440.6190.81991.5
3.23-3.3260.47940560.9020.2060.5230.85291.5
3.32-3.426.10.38540450.920.1650.420.88191.7
3.42-3.536.20.33840440.9410.1440.3680.89291.3
3.53-3.656.30.26240600.9650.110.2850.91791.4
3.65-3.86.30.2240670.9770.0920.2390.92391.7
3.8-3.976.30.18241510.9860.0760.1970.96592.8
3.97-4.186.20.15742590.9890.0650.170.96695.7
4.18-4.446.20.12643960.9930.0530.1371.08698.4
4.44-4.786.30.10544710.9950.0440.1141.11499.8
4.78-5.266.30.10845020.9950.0450.1171.03399.9
5.26-6.026.30.11645190.9940.0490.1260.897100
6.02-7.566.40.0845750.9960.0340.0870.93499.8
7.56-306.20.03947360.9950.0170.0431.45699.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TCJ

5tcj


解像度: 2.783→29.893 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 1675 1.99 %
Rwork0.1687 --
obs0.1695 84265 93.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.03 Å2 / Biso mean: 43.1215 Å2 / Biso min: 15.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.783→29.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19122 0 288 172 19582
Biso mean--49.79 32.77 -
残基数----2598
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7833-2.86520.30611380.2729606583
2.8652-2.95760.31791350.2655667792
2.9576-3.06320.28411290.2517670692
3.0632-3.18570.25531510.225665392
3.1857-3.33050.27651440.2076669191
3.3305-3.50580.25161360.1937663891
3.5058-3.72510.20311330.1627667791
3.7251-4.01210.18421470.151680993
4.0121-4.41470.1621460.1392715297
4.4147-5.05080.1911260.12967388100
5.0508-6.35340.19371620.15377465100
6.3534-29.8930.14541280.13227669100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6238-0.0512-0.38510.984-0.17451.8194-0.05340.0665-0.1179-0.1718-0.0698-0.00080.26360.01010.11530.2569-0.00090.01870.2108-0.03360.247731.6617-24.2556-12.7953
22.22770.09920.34421.7491-0.68942.00910.1323-0.1015-0.2196-0.02320.00960.5220.0807-0.1739-0.13290.23720.03840.02790.2885-0.04630.4736-18.111713.561414.7069
30.8105-0.1164-0.45771.02530.20921.29160.0431-0.0330.0247-0.0667-0.040.0957-0.0853-0.0329-0.00580.2157-0.0052-0.02120.2542-0.01090.252516.36593.7132.6742
42.704-0.66850.60721.117-0.00782.46780.08640.365-0.0738-0.0945-0.1184-0.29610.11790.24150.0350.24380.0080.06140.35590.04380.463586.4661-12.797316.7208
50.71420.1008-0.39150.97130.10241.19740.0438-0.0508-0.0180.0243-0.0252-0.1022-0.09260.0937-0.02250.21860.0003-0.00870.27470.0310.246451.3885-5.01828.5037
61.493-0.80160.26052.6723-0.63612.0479-0.0193-0.34870.02740.8740.02810.3146-0.4428-0.2424-0.00550.6033-0.08640.16680.3826-0.0090.40379.3326-26.804578.2186
70.77230.1812-0.39470.71360.09381.36580.02-0.0455-0.03090.0265-0.0705-0.01040.0743-0.11120.05250.2057-0.00590.00130.27580.02440.272224.3111-21.839443.8359
81.76180.72320.14831.1660.56711.7563-0.65460.7152-0.2222-1.00080.429-0.33610.30890.20770.17231.0535-0.18680.24310.608-0.08750.476841.5056-35.9345-47.2182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'F' and resid 8 through 407)F8 - 407
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'G' and resid 9 through 267)G9 - 267
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'H' and resid 5 through 407)H5 - 407
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and resid 8 through 267)A8 - 267
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'B' and resid 5 through 408)B5 - 408
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'C' and resid 8 through 266)C8 - 266
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'D' and resid 9 through 407)D9 - 407
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'E' and resid 9 through 266)E9 - 266

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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