PDB-6ub8: Crystal structure of a GH128 (subgroup VI) exo-beta-1,3-glucanase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ub8

タイトル

Crystal structure of a GH128 (subgroup VI) exo-beta-1,3-glucanase from Aureobasidium namibiae (AnGH128_VI)

要素

Glyco_hydro_cc domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Glycosyl hydrolase / CARBOHYDRATE

機能・相同性

fungal-type cell wall polysaccharide metabolic process / : / Uncharacterised protein family, glycosyl hydrolase catalytic domain / Glycosyl hydrolase catalytic core / fungal-type cell wall / Glycoside hydrolase superfamily / Asl1-like glycosyl hydrolase catalytic domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Aureobasidium namibiae CBS 147.97 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Santos, C.R. / Vieira, P.S. / Domingues, M.N. / Cordeiro, R.L. / Tomazini, A. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into beta-1,3-glucan cleavage by a glycoside hydrolase family.
著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. ...

履歴

登録	2019年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ub8.cif.gz	526.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ub8.ent.gz	435.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ub8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ub8_validation.pdf.gz	538.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ub8_full_validation.pdf.gz	568.3 KB	表示
XML形式データ	6ub8_validation.xml.gz	101.5 KB	表示
CIF形式データ	6ub8_validation.cif.gz	140.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/6ub8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/6ub8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uaqC 6uarC 6uasC 6uatC 6uauC 6uavC 6uawC 6uaxC 6uayC 6uazC 6ub0C 6ub1C 6ub2C 6ub3C 6ub4C 6ub5C 6ub6C 6ub7C 6ubaC 6ubbC 6ubcC 6ubdC 6uflC 6ufzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ubb-7 6ubb-9 6ubb-1 6ubb-5 6uba-4 6ubb-10 6ubb-8 6ubb-4 6uba-6 6uba-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

B: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

C: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

D: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

E: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

F: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

G: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

H: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

I: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

J: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

311 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
31.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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10

J: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.993, 151.860, 166.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glyco_hydro_cc domain-containing protein 分子量: 30811.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aureobasidium namibiae CBS 147.97 (菌類) 遺伝子: M436DRAFT_66913 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A074W9U7
#2: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.18 M tri-ammonium citrate, 18% v/v PEG 3350, 0.01 M Cobalt (II) chloride hexahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 233281 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.1 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.252 / Net I/σ(I): 8.49
反射シェル	解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 36696 / CC_1/2: 0.467 / R_rim(I) all: 0.252 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→48.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	11663	5 %
R_work	0.222	-	-
obs	-	233255	99.3 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.098 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.549 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20388	0	198	1140	21726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	21241
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	18932
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.875	1.636	28821
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.357	1.577	44119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.985	5	2477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.264	22.725	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.843	15	3551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.045	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	23336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	4518
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	4721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	9894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.217	3.6	9938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.217	3.6	9937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.965	5.393	12405
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.965	5.393	12406
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.463	3.731	11303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.463	3.731	11304
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.371	5.526	16416
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.371	5.526	16417
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9-1.949		0.421	828	0.416	15730	96.2674
1.949-2.003		0.405	830	0.383	15775	98.6279
2.003-2.061		0.361	806	0.347	15315	98.8715
2.061-2.124		0.353	786	0.325	14928	99.0233
2.124-2.194		0.332	765	0.299	14531	99.2087
2.194-2.271		0.298	740	0.275	14065	99.3224
2.271-2.356		0.304	716	0.262	13615	99.6177
2.356-2.453		0.284	693	0.244	13164	99.6835
2.453-2.562		0.291	665	0.241	12625	99.8497
2.562-2.687		0.262	634	0.216	12047	99.874
2.687-2.832		0.288	607	0.211	11540	99.9177
2.832-3.004		0.261	574	0.211	10901	99.939
3.004-3.211		0.269	540	0.204	10266	99.8798
3.211-3.468		0.256	504	0.199	9581	99.9405
3.468-3.798		0.219	466	0.186	8842	99.882
3.798-4.246		0.228	421	0.173	8012	99.9644
4.246-4.902		0.185	375	0.152	7126	99.9867
4.902-6.001		0.227	319	0.174	6050	99.9529
6.001-8.474		0.232	250	0.178	4759	99.9401
	8.474	0.197	144	0.184	2720	98.9634

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関連情報:EMDBヘッダ

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