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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ub4 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure (C2 form) of a GH128 (subgroup IV) endo-beta-1,3-glucanase from Lentinula edodes (LeGH128_IV) in complex with laminaritriose | |||||||||
![]() | GLYCOSIDE HYDROLASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Glycosyl hydrolase / CARBOHYDRATE | |||||||||
機能・相同性 | : / fungal-type cell wall polysaccharide metabolic process / Uncharacterised protein family, glycosyl hydrolase catalytic domain / Glycosyl hydrolase catalytic core / fungal-type cell wall / Glycoside hydrolase superfamily / beta-laminaribiose / Endo-beta-1,3-glucanase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Santos, C.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Murakami, M.T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into beta-1,3-glucan cleavage by a glycoside hydrolase family. 著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. ...著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. / Junior, A.T. / Souza, B.P. / Prates, E.T. / Gozzo, F.C. / Persinoti, G.F. / Skaf, M.S. / Murakami, M.T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 215.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 170.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6uaqC ![]() 6uarC ![]() 6uasC ![]() 6uatC ![]() 6uauC ![]() 6uavC ![]() 6uawC ![]() 6uaxC ![]() 6uayC ![]() 6uazC ![]() 6ub0C ![]() 6ub1C ![]() 6ub2SC ![]() 6ub3C ![]() 6ub5C ![]() 6ub6C ![]() 6ub7C ![]() 6ub8C ![]() 6ubaC ![]() 6ubbC ![]() 6ubcC ![]() 6ubdC ![]() 6uflC ![]() 6ufzC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28780.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 3分子
#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 |
-非ポリマー , 3種, 643分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MES / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.43 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: ammonium sulfate 1.4 M 10% dioxane MMT 0.1 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03316 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→28.9 Å / Num. obs: 92515 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.36 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 15138 / CC1/2: 0.75 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6UB2 解像度: 1.6→28.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.971 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.7 Å2 / Biso mean: 24.877 Å2 / Biso min: 15.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→28.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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