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- PDB-6u9c: The 2.2 A Crystal Structure of the Type B Chloramphenicol Acetylt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u9c
タイトルThe 2.2 A Crystal Structure of the Type B Chloramphenicol Acetyltransferase from Vibrio cholerae in the complex with Acetyl CoA
要素Chloramphenicol acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / left-handed beta helix / hexapeptide repeats / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


chloramphenicol O-acetyltransferase / acyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / CITRIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / Chloramphenicol acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Stam, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The 2.2 A Crystal Structure of the Type B Chloramphenicol Acetyltransferase from Vibrio cholerae in the complex with Acetyl CoA
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Stam, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2019年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloramphenicol acetyltransferase
B: Chloramphenicol acetyltransferase
C: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,73314
ポリマ－71,5373
非ポリマー3,19611
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12930 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area26470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.231, 101.231, 126.184
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Chloramphenicol acetyltransferase


分子量: 23845.730 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KMN1

-
非ポリマー , 6種, 47分子

#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A


分子量: 809.571 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M tri-Sodium citrate 20 %(w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47 Å / Num. obs: 37660 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 48.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1509 / CC1/2: 0.925 / % possible all: 80.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 3EEV

3eev


解像度: 2.2→46.98 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 1753 4.67 %
Rwork0.2061 --
obs0.2082 37576 97.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 70.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4951 0 168 36 5155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9167180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059727
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005908
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5152987
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.27851070.28222296X-RAY DIFFRACTION83
2.26-2.330.29981420.2852537X-RAY DIFFRACTION92
2.33-2.40.34361300.27462731X-RAY DIFFRACTION97
2.4-2.490.33821540.26722729X-RAY DIFFRACTION99
2.49-2.590.35951140.2692805X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.710.33021390.25842796X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.850.36371150.25312814X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.030.28141370.25852791X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.260.31831660.24382801X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.590.23981450.20772812X-RAY DIFFRACTION100
3.59-4.110.20191280.17882845X-RAY DIFFRACTION100
4.11-5.170.18851260.15592880X-RAY DIFFRACTION100
5.17-46.980.22631500.1852986X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.54744.2981-0.49583.67142.48464.35780.5298-0.99450.3226-0.2139-0.89990.67880.1472-0.51810.31080.85230.04320.07410.7616-0.12110.5021-57.5732.69217.8091
23.6076-1.4166-0.23763.3129-1.51792.0792-0.2003-0.87790.22760.86680.24010.1307-0.0978-0.1733-0.00880.62520.0064-0.02390.5129-0.02130.3081-48.691634.088712.698
32.2818-3.8246-1.6256.02222.03591.1652-0.052-0.10560.21040.56730.0735-0.58410.1683-0.0005-0.02020.5958-0.0106-0.06280.52940.02260.4666-38.821825.33483.5831
44.4627-5.1611.65576.296-0.97184.28040.10540.07740.58830.4597-0.1857-1.29190.35190.47460.10450.5731-0.0684-0.04270.6606-0.05650.592-27.820814.06313.0707
52.05890.20191.11892.9050.23060.7257-0.05590.2155-0.0415-0.34310.05850.12490.0479-0.0087-0.00090.50130.0258-0.01310.490.01040.3657-50.184733.0615-3.5569
64.40430.05611.61559.89713.33594.0678-0.2670.5389-0.2681-0.830.22620.5248-0.2870.0115-0.04060.46550.00170.04440.5380.04890.4086-53.802445.5206-11.0895
76.07182.9198-0.09055.41951.4082.8384-0.25190.00020.9080.0455-0.14160.6408-0.03650.0690.3570.50230.0542-0.0330.5481-0.01320.5944-54.634755.34962.5999
85.74624.99334.76864.61345.09628.2668-0.57540.12951.2231-1.4342-0.23960.9944-0.5954-0.13590.77630.6630.0274-0.16540.55410.0570.6855-52.599261.7535-6.3259
91.3017-1.10260.98831.3726-0.76030.8487-0.8862-0.4156-0.99260.17070.08591.1170.0553-0.630.49011.0848-0.17620.4721.04530.02111.018-66.40238.618315.999
105.3246-3.45140.38815.41851.23562.4014-0.2174-0.53760.63030.98610.35370.3650.75580.2146-0.15190.9279-0.04480.38340.9473-0.07860.9959-77.024920.819414.2063
117.0729-0.9669-0.76422.5047-1.52634.5419-0.0673-0.32820.30271.06780.17891.242-0.2433-0.3774-0.21150.6486-0.00160.27520.5913-0.08150.8805-70.79422.424511.4739
120.81820.3199-0.37885.3389-0.71350.2552-0.0284-0.2646-0.18830.2213-0.22681.54690.1018-0.17620.24570.5550.00380.10240.5474-0.05840.8456-67.480730.6783.2674
136.67533.83230.34142.77781.35145.14440.2291-0.7163-0.28650.3293-0.54340.9747-0.2764-0.15040.38510.63610.07030.16240.6591-0.0330.6473-64.873146.21017.9934
142.96782.26611.66252.26810.13792.06160.15530.1554-0.6188-0.27380.05941.66530.1238-0.3188-0.20670.4949-0.0198-0.13450.5502-0.13751.2211-73.336716.6455-6.4012
152.53341.1918-2.8310.9759-2.72417.97890.32330.357-0.29610.27851.30411.50680.361-1.632-0.84840.6129-0.40050.41881.015-0.14732.9434-89.61337.23722.2077
167.11181.9832-2.57858.4955.32828.6947-1.21810.2738-0.2438-0.24130.41120.64540.24370.34720.38190.6802-0.0641-0.18820.6789-0.0082.5155-84.8278-1.6366-1.9677
172.7663-3.47960.37114.66720.70264.75930.13951.0532-0.1325-0.1125-0.22960.62221.2658-1.2621-0.16341.0081-0.3321-0.75941.21570.13292.3273-92.48312.8386-9.2504
183.2844-1.6521-0.53673.88460.54453.5756-0.212-0.6002-0.43110.78880.04910.39410.1425-0.11530.10810.63060.00840.09480.55050.0560.4627-47.93754.97358.5688
197.58810.1286-0.01818.0664-2.70196.2158-0.4135-0.3036-1.48390.39040.27741.04290.273-1.21130.34360.5913-0.06860.06280.729-0.02311.4369-75.91882.04262.9563
203.4484-1.6509-1.70920.87060.62891.94580.0751-0.0346-0.5894-0.0927-0.02730.3844-0.0255-0.0475-0.07770.49220.0089-0.04480.4426-0.06630.5106-51.13526.7787-6.1375
215.8908-1.59460.41124.5726-1.81625.7080.0978-0.3585-0.57950.05080.0117-0.25680.31080.20950.00960.4305-0.03160.03450.4025-0.03370.4169-26.8607-0.3623-9.5728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 1 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 13 through 42 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 43 through 87 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 88 through 108 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 109 through 156 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 157 through 174 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 175 through 195 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 196 through 209 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1 through 12 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 13 through 24 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 25 through 55 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 56 through 87 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 88 through 108 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 109 through 174 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 175 through 184 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 185 through 195 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 196 through 206 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 1 through 73 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 74 through 96 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 97 through 164 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 165 through 209 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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