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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u89 | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA duplex, bound with TNA monomer | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA | 機能・相同性 | Chem-TG / RNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Szostak, J.W. / Zhang, W. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Structural interpretation of the effects of threo-nucleotides on nonenzymatic template-directed polymerization. 著者: Zhang, W. / Kim, S.C. / Tam, C.P. / Lelyveld, V.S. / Bala, S. / Chaput, J.C. / Szostak, J.W. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 21.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2245.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.49 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 25 % v/v Polyethylene glycol 400, 100 mM tri-Sodium citrate; pH 5.6, 130 mM Sodium chloride, 60 mM Magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 2444 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.933 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 10.67 |
反射 シェル | 解像度: 2.36→2.44 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique obs: 228 / CC1/2: 0.753 / Rpim(I) all: 0.307 / Rrim(I) all: 0.621 / Χ2: 0.549 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5HBW 解像度: 2.36→44.96 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→44.96 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.36→2.43 Å
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