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- PDB-6u81: Crystal Structure of the Double Homeodomain of DUX4 in Complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u81
タイトルCrystal Structure of the Double Homeodomain of DUX4 in Complex with a DNA aptamer
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
  • Double homeobox protein 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DUX tandem homeodomains / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation ...negative regulation of G0 to G1 transition / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / apoptotic process / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix motif / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Double homeobox protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Shi, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2020
タイトル: DNA aptamers against the DUX4 protein reveal novel therapeutic implications for FSHD.
著者: Klingler, C. / Ashley, J. / Shi, K. / Stiefvater, A. / Kyba, M. / Sinnreich, M. / Aihara, H. / Kinter, J.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double homeobox protein 4
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0335
ポリマ－26,9093
非ポリマー1242
水1,17165
1
A: Double homeobox protein 4
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子

A: Double homeobox protein 4
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,06710
ポリマ－53,8186
非ポリマー2484
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_855-x+3,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)71.640, 73.190, 108.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

21A-318-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Double homeobox protein 4 / Double homeobox protein 10


分子量: 15629.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUX4, DUX10 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBX2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5179.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 6099.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ethylene glycols, Glycerol, PEG4000, Imidazole, MES, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→54.01 Å / Num. obs: 12667 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 28.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/av σ(I): 6.7 / Net I/σ(I): 0.083
反射 シェル解像度: 2.31→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1897 / CC1/2: 0.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6E8C

6e8c


解像度: 2.34→46.27 Å / SU ML: 0.2606 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.8337
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 371 4.61 %
Rwork0.2163 7671 -
obs0.2177 8042 65.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→46.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1097 748 8 65 1918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00471967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69322806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0401294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.0034818
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.420.239630.27649X-RAY DIFFRACTION4.38
2.42-2.520.243890.3843145X-RAY DIFFRACTION12.78
2.52-2.630.3071160.2888286X-RAY DIFFRACTION24.92
2.63-2.770.3307250.307533X-RAY DIFFRACTION45.51
2.77-2.940.2395410.2923806X-RAY DIFFRACTION69.83
2.94-3.170.3151340.26471090X-RAY DIFFRACTION90.06
3.17-3.490.2514560.21831140X-RAY DIFFRACTION98.11
3.49-40.2831490.20131197X-RAY DIFFRACTION99.6
4-5.030.1998820.18031167X-RAY DIFFRACTION99.84
5.03-46.270.2401560.18541258X-RAY DIFFRACTION99.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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