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- PDB-6u7p: HIV-1 wild type protease with GRL-03119A, with phenyl-boronic-aci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u7p
タイトルHIV-1 wild type protease with GRL-03119A, with phenyl-boronic-acid as P2'-ligand and with a hexahydro-4H-furo-pyran as the P2-ligand
要素Protease
キーワードVIRAL PROTEIN / ASPARTIC ACID PROTEASE / HIV-1 PROTEASE INHIBITOR OF GRL-03119A / BORONIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B4R / FORMIC ACID / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Wang, Y.-F. / Kneller, D.W. / Weber, I.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)AI150466 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)AI150461 米国
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2019
タイトル: Potent HIV-1 Protease Inhibitors Containing Carboxylic and Boronic Acids: Effect on Enzyme Inhibition and Antiviral Activity and Protein-Ligand X-ray Structural Studies.
著者: Ghosh, A.K. / Xia, Z. / Kovela, S. / Robinson, W.L. / Johnson, M.E. / Kneller, D.W. / Wang, Y.F. / Aoki, M. / Takamatsu, Y. / Weber, I.T. / Mitsuya, H.
履歴
登録2019年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,41011
ポリマ－21,4812
非ポリマー9299
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area9620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.491, 86.097, 46.086
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protease


分子量: 10740.677 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5RZ08

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非ポリマー , 6種, 231分子

#2: 化合物 ChemComp-B4R / {4-[{(2R,3S)-3-[({[(3aS,4S,7aR)-hexahydro-4H-furo[2,3-b]pyran-4-yl]oxy}carbonyl)amino]-2-hydroxy-4-phenylbutyl}(2-methylpropyl)sulfamoyl]phenyl}boronic acid


分子量: 590.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H39BN2O9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 1.3 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→50 Å / Num. obs: 79649 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 456362
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.13-1.1720.44543840.7350.3410.5641.00150.7
1.17-1.223.20.38362680.8360.2380.4550.99272.4
1.22-1.275.40.31580840.9440.1410.3460.9993.2
1.27-1.346.40.2584820.9750.1040.2720.99297.9
1.34-1.426.20.17885640.9840.0760.1950.99198.4
1.42-1.5360.12286210.9890.0530.1330.99898.6
1.53-1.696.60.08586660.9950.0350.0921.00599.3
1.69-1.936.20.06587450.9960.0280.0710.99999.5
1.93-2.436.40.05587540.9960.0230.060.99198.7
2.43-506.30.05390810.9960.0230.0580.99598.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.31 Å34.67 Å
Translation5.31 Å34.67 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20000.716.1データスケーリング
PHASER4.064 Datablock id: mmcif_pdbx.dic位相決定
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-20000.716.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NU3

3nu3


解像度: 1.13→34.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.752 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1405 3888 4.9 %RANDOM
Rwork0.125 ---
obs0.1258 75718 90.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.07 Å2 / Biso mean: 16.059 Å2 / Biso min: 6.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å2-0 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.13→34.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1512 0 97 222 1831
Biso mean--13.81 25.26 -
残基数----198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0131819
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5171.7092511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4781.6324357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9935250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.35622.94168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.98415341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.602159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.550.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02339
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.27433678
LS精密化 シェル解像度: 1.131→1.16 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 164 -
Rwork0.366 2869 -
all-3033 -
obs--47.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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