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万見
- PDB-6u6v: Crystal structure of human PD-1H / VISTA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u6v
タイトルCrystal structure of human PD-1H / VISTA
要素V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell co-inhibition / immunoglobulin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of collagen catabolic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of endopeptidase activity / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of regulatory T cell differentiation / zymogen activation / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production ...positive regulation of collagen catabolic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of endopeptidase activity / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of regulatory T cell differentiation / zymogen activation / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of immune response / endopeptidase activator activity / positive regulation of cell migration / positive regulation of gene expression / enzyme binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Slater, B.T. / Han, X. / Chen, L. / Xiong, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural insight into T cell coinhibition by PD-1H (VISTA).
著者: Slater, B.T. / Han, X. / Chen, L. / Xiong, Y.
履歴
登録2019年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9002
ポリマ－19,6791
非ポリマー2211
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.821, 55.833, 42.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation / Platelet receptor Gi24 / Stress-induced secreted protein-1 / Sisp-1 / V-set domain-containing ...Platelet receptor Gi24 / Stress-induced secreted protein-1 / Sisp-1 / V-set domain-containing immunoregulatory receptor / V-set immunoregulatory receptor


分子量: 19678.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: VSIR, C10orf54, SISP1, VISTA, PP2135, UNQ730/PRO1412
プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H7M9
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: 0.3 ul protein in HBS with 0.3 ul of crystallization buffer consisting of 100 mM Bis-Tris:HCl pH 6.0 and 28% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether (MW 2000) (Sigma-Aldrich) under a drop ...詳細: 0.3 ul protein in HBS with 0.3 ul of crystallization buffer consisting of 100 mM Bis-Tris:HCl pH 6.0 and 28% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether (MW 2000) (Sigma-Aldrich) under a drop of paraffin oil and silicon oil in a 2:1 ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 10041 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 34332
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.932.80.6974030.530.4690.8440.65575.5
1.93-1.9730.7184070.6020.4640.8580.71583.1
1.97-2.0130.5674530.7290.370.6790.72483.6
2.01-2.053.10.4954800.780.3220.5930.76791.1
2.05-2.093.20.5184710.7350.3330.6180.80389.9
2.09-2.143.20.4134800.7990.2640.4920.79693.2
2.14-2.193.30.3664980.90.2290.4330.76596.1
2.19-2.253.30.3195240.890.2030.3790.82297.8
2.25-2.323.50.3115090.9240.1930.3670.87399.6
2.32-2.393.50.2695380.9510.1660.3170.89699.6
2.39-2.483.60.2725060.9340.1670.320.93599.4
2.48-2.583.60.2375340.9410.1440.2780.98499.6
2.58-2.73.60.1825250.9650.110.2131.03899.6
2.7-2.843.60.145310.9770.0860.1641.07799.8
2.84-3.023.60.1065260.9860.0650.1251.04599.8
3.02-3.253.50.0865240.9860.0540.1021.10299.6
3.25-3.583.50.0675220.9930.0420.0791.18499.4
3.58-4.093.60.0635340.990.040.0741.09899.3
4.09-5.163.50.0535230.9940.0340.0631.12298.7
5.16-503.60.0635530.990.0390.0741.06699.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→41.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 13.498 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.175
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2498 531 5.3 %RANDOM
Rwork0.2074 ---
obs0.2097 9503 95.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.51 Å2 / Biso mean: 38.877 Å2 / Biso min: 23.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.87 Å20 Å2-1.19 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---3.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→41.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1163 0 14 35 1212
Biso mean--47.84 41.16 -
残基数----147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0131209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171049
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7261.6581642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5131.5872433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0485145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.68220.85770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.44615190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2031510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02268
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 25 -
Rwork0.325 558 -
all-583 -
obs--77.22 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.9577 Å / Origin y: -8.0349 Å / Origin z: 54.6787 Å
111213212223313233
T0.1366 Å2-0.0011 Å2-0.0566 Å2-0.0626 Å20.026 Å2--0.0703 Å2
L0.9574 °20.2945 °20.4115 °2-0.4975 °2-0.0027 °2--0.7918 °2
S0.0122 Å °-0.0673 Å °-0.2076 Å °0.0524 Å °0.0224 Å °-0.0492 Å °-0.1715 Å °-0.0327 Å °-0.0346 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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