PDB-6u55: Anti-Zaire ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Zaire ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u55

タイトル

Anti-Zaire ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Zaire E (ZE) Complexed with Sudan ebolavirus Nucleoprotein C-terminal Domain 634-738

要素

Anti-Zaire ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Zaire E (ZE)
Nucleoprotein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / nanobody / Ebola / filovirus

機能・相同性

Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / Nucleoprotein

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

Sudan ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Taylor, A.B. / Sherwood, L.J. / Hart, P.J. / Hayhurst, A.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI112851	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R21 AI105568	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	C06 RR012087	米国

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Paratope Duality and Gullying are Among the Atypical Recognition Mechanisms Used by a Trio of Nanobodies to Differentiate Ebolavirus Nucleoproteins.
著者: Sherwood, L.J. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. / Hayhurst, A.

履歴

登録	2019年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6u55.ent.gz	79.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u55.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6u55_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u55_full_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示
XML形式データ	6u55_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	6u55_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u55	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6u50C 6u51SC 6u52C 6u53C 6u54C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qn3-1 5vas-d 1qne-1 5imk-d 4kjy-1 1qna-1 4gn3-3 1wwp-d 3kxr-d 1qn6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Anti-Zaire ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Zaire E (ZE)

B: Nucleoprotein

26.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.398, 28.298, 86.541
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.453, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: 抗体	Anti-Zaire ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Zaire E (ZE) 分子量: 12692.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Semi-synthetic single pot library Nomad 1 based upon Lama glama 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pecan219 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 13588.128 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal domain (residues 634-738) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sudan ebolavirus (strain Boniface-76) (ウイルス) 株: Boniface-76 / 遺伝子: NP / プラスミド: pecan236/237 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QP77
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→78.79 Å / Num. obs: 11116 / % possible obs: 65.3 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 44.05 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.93→2.04 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 556 / CC_1/2: 0.56 / R_pim(I) all: 0.685 / R_rim(I) all: 1.69 / % possible all: 20.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6U51

6u51

解像度: 1.93→46.26 Å / SU ML: 0.3239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.9869

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2631	1046	10 %
R_work	0.1925	-	-
obs	0.1995	10462	65.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→46.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1717	0	0	25	1742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	1758
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0423	2385
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0878	256
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	308
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.5921	639

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-2.03	0.429	46	0.3822	416	X-RAY DIFFRACTION	20.25
2.03-2.16	0.3586	74	0.3212	658	X-RAY DIFFRACTION	32.81
2.16-2.32	0.3513	106	0.3215	966	X-RAY DIFFRACTION	47.33
2.32-2.56	0.3951	146	0.306	1305	X-RAY DIFFRACTION	64.01
2.56-2.92	0.3379	208	0.2628	1871	X-RAY DIFFRACTION	91.38
2.92-3.68	0.263	228	0.1987	2062	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.68-46.26	0.2207	238	0.1468	2138	X-RAY DIFFRACTION	99.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.29001365266	1.07772799663	0.262622832117	2.88482115075	2.05060190371	2.32107232988	-0.18941295094	-0.95283150256	-0.633453297178	0.222547245086	-0.242081578674	0.172278424912	-0.263190853551	-0.0174028214442	0.469707965554	0.44153017291	0.0444480910882	0.051637035564	0.927237103549	0.112038403509	0.194601044755	-17.7611270247	2.08273995793	35.5143925634
2	2.83362626868	1.78925798379	0.191031083434	1.13826049679	0.210037933758	1.37555060711	-1.3001116159	-2.22359386901	0.0165738562206	0.125346168003	0.538823144881	-0.104930920604	-0.505500908771	0.950925102862	0.683101748827	0.432849561968	-0.0972963128667	-0.046389664662	0.781594391406	0.0352305828389	0.311557663579	-11.8022940017	6.08705926251	34.5072249035
3	8.01785434132	-3.28093935418	0.846392187389	8.5173549407	6.31894936942	6.30256697626	0.157301644555	0.0808855413997	0.747002742764	-0.971133183724	-0.537425887629	-0.868889436035	-1.02796072008	2.20476907558	-0.658474505539	0.47149684428	-0.260626217571	0.0231380990403	1.21541381399	0.0718316838397	0.393502513791	0.909667549177	7.17738156118	28.7873125484
4	1.25961994435	0.0656656497427	-2.78047156795	0.297137664135	-0.820868801877	7.88360646483	0.565802376625	-1.03662831122	0.299529123291	-0.11061716206	-0.514558161906	0.699085428276	0.856707479638	0.728067437275	-0.267637612488	0.420582855236	-0.156666726075	-0.0528435141011	0.247592808238	-0.1120365669	0.397151874366	-13.9169547129	0.318299642892	24.9281131833
5	2.73915927905	-0.0595488105913	-1.8192160986	4.43996924848	-2.08546011626	3.32163622903	-0.251884438967	0.11256927856	-0.645521762995	-0.0988741453316	-0.273984092004	0.136736360603	0.971694080926	-0.0130484180272	0.4834621182	0.589900545714	-0.0913479639045	0.0725776896952	0.318320728088	-0.0650314615207	0.402628206149	-17.2891475664	-2.84920538962	22.0145497833
6	2.01894873039	1.43694220449	-6.03269036718	1.49132079774	-0.535072271618	6.21636533388	-0.57746358108	1.44049969168	-0.303515073731	-0.789030964662	0.262259518387	-0.633072580433	-1.52670374541	-0.968790465007	0.339895315079	0.552961913317	-0.0781635127068	-0.0239682280689	0.15951465549	0.105627837414	0.381694689625	-17.1142710365	9.38964680973	19.2638107602
7	4.02744654452	0.267392825936	1.15373771342	1.79725007787	-0.205885210989	2.7290055423	-0.0438195919866	-1.24575220856	0.9284985146	0.280300901307	-0.161125473887	0.0232671397482	-0.756414091845	0.242777197384	0.222932142985	0.653655119649	-0.112336726968	-0.0658522090994	0.641786286448	-0.0581776541307	0.476219707706	-11.5929892688	11.5235596089	30.4449446861
8	3.24853596694	0.663376740868	-0.991859716112	2.9351973344	1.09695997396	5.32738339079	-0.291703704762	0.183640557505	-0.292531087437	0.0858085038331	-0.104587724041	-0.191706573187	-0.0973124062535	0.448317152844	0.330760497691	0.351061360228	-0.0591056995805	0.00833179332811	0.36212963422	0.0614336307173	0.267330918548	-11.2338182393	0.300055984595	26.5025918183
9	5.78979557777	0.693307153115	0.429955510914	4.47210062367	-0.651392278371	3.65853838984	-1.05867647233	-1.01808302023	0.0259150721062	-0.352523435465	0.553683972584	0.245109323187	0.560961157437	-0.575114607156	0.159820835985	0.452210894354	-0.0965770878392	0.0701913690456	0.80074622271	-0.00951933322142	0.387640427217	-25.9071093132	-2.04918330024	34.2411911293
10	8.27894408599	-3.24975067839	4.87982471449	2.72417040092	-0.903384832541	3.6101910222	-0.913485994371	-1.55614402046	0.510575846072	-0.0698315561819	-1.03486404012	-1.13131342837	0.188322660497	0.732166554358	1.0107491235	0.40869795728	-0.0212389275383	0.0805668398862	0.628552492482	0.229083526263	0.500123355166	2.65192102807	-0.213654896027	8.8814779267
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13	6.11062865618	-1.48617946722	-1.04800283159	3.25630300826	-2.1618440383	7.2531155801	0.203937671263	0.292647925166	-0.651405942036	-0.0807515510705	-0.174593167441	-0.178549365544	0.7138358362	0.177610186252	-0.027323862339	0.353862754808	0.00734978769911	0.0173086996608	0.33028897349	0.0018058337947	0.387231922456	-6.44066824544	3.30928607474	1.25091996913
14	4.63804219828	-0.383408404147	-1.44928123888	4.49886921075	2.56304472535	9.98539386902	0.64833551729	0.196867332192	1.33088961092	-0.920241280521	-0.364130011199	-1.41531949199	-1.12034197925	0.684855645858	-0.588968041019	0.423061114605	0.300080156794	0.197483833603	0.698464682501	0.110409182051	0.536988133882	-11.3444272931	11.6857412952	-6.24867521544
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16	6.44152635175	1.1867803716	-1.09450862083	9.40124265978	-1.97759458821	5.84268420416	-0.837650796573	0.237106762574	-0.0366719851923	-0.510969818268	1.00165038152	-1.59070578325	-0.763686504175	-0.530209247205	-0.220969648354	0.503090551713	0.179485485926	0.0483416438666	0.875089731312	-0.0150621258674	0.424676707669	-20.0544112315	14.6440429508	-9.24581042112
17	2.74787773706	-1.88946056595	1.8845046676	3.74110784103	-1.81188218474	1.25555432267	0.0881492381567	0.248910853423	-0.331284825939	-0.0886044662135	0.158249210625	0.298669573393	-0.148520075935	-0.492779443116	-0.131885375511	0.353945371583	0.0349182814576	0.00653584076741	0.342315909137	-0.050447336252	0.358963296707	-19.6791643834	7.98076663914	-0.767019302127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 25 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 32 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 39 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 40 through 51 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 52 through 66 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 67 through 82 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 83 through 110 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 111 through 117 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 637 through 645 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 646 through 659 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 660 through 672 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 673 through 692 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 693 through 701 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 702 through 707 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 708 through 715 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 716 through 737 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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