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- PDB-6u4z: Crystal Structure of a family 76 glycoside hydrolase from a bovin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u4z
タイトルCrystal Structure of a family 76 glycoside hydrolase from a bovine Bacteroides thetaiotaomicron strain
要素Alpha-1,6-mannanase
キーワードHYDROLASE / Carbohydrate / GH76
機能・相同性cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / Alpha-1,6-mannanase
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Jones, D.R. / Abbott, D.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Analysis of Active Site Architecture and Reaction Product Linkage Chemistry Reveals a Conserved Cleavage Substrate for an Endo-alpha-mannanase within Diverse Yeast Mannans.
著者: Jones, D.R. / Xing, X. / Tingley, J.P. / Klassen, L. / King, M.L. / Alexander, T.W. / Abbott, D.W.
履歴
登録2019年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,6-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4233
ポリマ－58,0791
非ポリマー3442
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.420, 58.520, 159.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1,6-mannanase / Cellobiose 2-epimerase


分子量: 58078.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: Btheta7330_05006, DW011_13140 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0FW82, cellobiose epimerase
#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% (w/v) PEG 1500, 100mM Sodium chloride, and 100mM Bis-TRIS-Propane pH 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→47.137 Å / Num. obs: 102646 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 15.11 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0589 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 16.62 / Num. measured all: 847371
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.4-1.456.3090.5463.2599700.8460.59699.8
1.45-1.56.6350.3874.7797400.9240.4299.9
1.5-1.566.8210.2866.5992840.9580.309100
1.56-1.636.9890.2158.6689810.9790.233100
1.63-1.717.130.16911.1285470.9860.182100
1.71-1.87.1790.12814.5381540.9910.138100
1.8-1.917.120.10217.8377690.9940.111100
1.91-2.057.0170.08221.8572590.9950.08999.9
2.05-2.216.8690.0725.0768010.9960.07699.9
2.21-2.426.7970.06327.162820.9960.06899.9
2.42-2.716.8040.05728.9756940.9970.06299.9
2.71-3.126.830.05130.7450640.9980.05599.9
3.12-3.836.8770.04332.3543150.9990.04799.9
3.83-5.416.9530.03533.5233950.9990.03799.9
5.41-47.1376.6160.03332.5919710.9970.03699.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C1S

4c1s


解像度: 1.4→47.137 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1953 5133 5 %
Rwork0.1801 --
obs0.1809 102646 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 48.43 Å2 / Biso mean: 17.9868 Å2 / Biso min: 9.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→47.137 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3756 0 23 370 4149
Biso mean--30.3 24.01 -
残基数----473
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.4-1.41590.28141700.24473235
1.4159-1.43260.24921680.23333185
1.4326-1.450.23021690.21693199
1.45-1.46840.21781700.20923235
1.4684-1.48770.23461680.19873191
1.4877-1.50810.21711690.19983218
1.5081-1.52960.23851690.18423207
1.5296-1.55250.21071700.19273228
1.5525-1.57670.19191700.1773242
1.5767-1.60260.20621680.17993183
1.6026-1.63020.1891710.18173254
1.6302-1.65990.18361680.17963188
1.6599-1.69180.20281700.1793234
1.6918-1.72630.21441710.19583238
1.7263-1.76390.21941690.18753218
1.7639-1.80490.21681700.18913223
1.8049-1.850.22381710.18693251
1.85-1.90010.22191710.18513248
1.9001-1.9560.23111690.18553222
1.956-2.01910.20431720.18443264
2.0191-2.09130.19141700.18313226
2.0913-2.1750.20721720.18253265
2.175-2.2740.20751700.18323234
2.274-2.39390.20561720.17533270
2.3939-2.54390.19841730.18263282
2.5439-2.74030.19051720.18333270
2.7403-3.0160.19341740.18463301
3.016-3.45230.18321750.183327
3.4523-4.3490.16051760.16093344
4.349-47.1370.17111860.16153531

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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