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- PDB-6u4z: Crystal Structure of a family 76 glycoside hydrolase from a bovin... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u4z | ||||||
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Title | Crystal Structure of a family 76 glycoside hydrolase from a bovine Bacteroides thetaiotaomicron strain | ||||||
![]() | Alpha-1,6-mannanase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Carbohydrate / GH76 | ||||||
Function / homology | cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / Alpha-1,6-mannanase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jones, D.R. / Abbott, D.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Analysis of Active Site Architecture and Reaction Product Linkage Chemistry Reveals a Conserved Cleavage Substrate for an Endo-alpha-mannanase within Diverse Yeast Mannans. Authors: Jones, D.R. / Xing, X. / Tingley, J.P. / Klassen, L. / King, M.L. / Alexander, T.W. / Abbott, D.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 119.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 88 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 708.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 709.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4c1sS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 58078.762 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: Btheta7330_05006, DW011_13140 / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-P6G / |
#3: Chemical | ChemComp-EDO / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 22% (w/v) PEG 1500, 100mM Sodium chloride, and 100mM Bis-TRIS-Propane pH 8.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Mar 24, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.4→47.137 Å / Num. obs: 102646 / % possible obs: 99.95 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 15.11 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0589 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 16.62 / Num. measured all: 847371 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4C1S Resolution: 1.4→47.137 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.25
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 48.43 Å2 / Biso mean: 17.9868 Å2 / Biso min: 9.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.4→47.137 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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