PDB-6u4p: Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u4p

タイトル

Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of methicillin-resistant S. aureus

要素

Alpha-hemolysin

キーワード

TOXIN / alpha-toxin / PVL / Leukocidins / MRSA

機能・相同性

機能・相同性情報

cytolysis in another organism / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / toxin activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-based discovery of a small-molecule inhibitor of methicillin-resistantStaphylococcus aureusvirulence.
著者: Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M.

履歴

登録	2019年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u4p.cif.gz	821.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u4p.ent.gz	688.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6u4p_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u4p_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	6u4p_validation.xml.gz	77.1 KB	表示
CIF形式データ	6u4p_validation.cif.gz	101 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u4p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6u2sC 6u33C 6u3fC 6u3tC 6u3yC 6u49SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3m2l-d 7ahl-d 3m3r-d 6u49-d 3anz-3 3anz-2 3anz-1 3m4d-d 3m4e-d 3anz-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (9) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (2) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (9)
#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (2)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-hemolysin

B: Alpha-hemolysin

C: Alpha-hemolysin

D: Alpha-hemolysin

E: Alpha-hemolysin

F: Alpha-hemolysin

G: Alpha-hemolysin

ヘテロ分子

241 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.174, 134.616, 130.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.840, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 293 / Label seq-ID: 1 - 293

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Alpha-hemolysin / Alpha-HL / Alpha-toxin 分子量: 33222.930 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 27-319 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: hly, hla / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P09616
#2: 化合物	ChemComp-PQJ / fos-choline-14 / tetradecyl 2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethyl hydrogen phosphate 分子量: 380.523 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₄₃NO₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.96 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 10 mg/mL protein in 10 mM sodium acetate, pH 5.4, 25 mM Fos-Choline-14, 40 mM beta-OG against reservoir solution of 1.9 M ammonium sulfate, 0.25 M potassium sodium tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→37.8 Å / Num. obs: 87452 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.968 / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.49→2.56 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6406 / CC_1/2: 0.864 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6U49

6u49

解像度: 2.49→37.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 23.143 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.56 / ESU R Free: 0.288 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2495	4257	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2121	-	-	-
obs	0.2139	83195	96.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 234.72 Å² / B_iso mean: 75.524 Å² / B_iso min: 41.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	0.65 Å²
2-	-	-1.97 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.49→37.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16380	0	320	114	16814
B_iso mean	-	-	111.35	60.01	-
残基数	-	-	-	-	2051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	17010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.988	1.655	23068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.212	5	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.817	24.048	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.908	15	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.946	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	12852

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9068	0.06
1	2	B	9068	0.06
2	1	A	9076	0.06
2	2	C	9076	0.06
3	1	A	9032	0.07
3	2	D	9032	0.07
4	1	A	9056	0.06
4	2	E	9056	0.06
5	1	A	9019	0.06
5	2	F	9019	0.06
6	1	A	9037	0.06
6	2	G	9037	0.06
7	1	B	9122	0.06
7	2	C	9122	0.06
8	1	B	9048	0.07
8	2	D	9048	0.07
9	1	B	9069	0.07
9	2	E	9069	0.07
10	1	B	9101	0.06
10	2	F	9101	0.06
11	1	B	9109	0.06
11	2	G	9109	0.06
12	1	C	9070	0.06
12	2	D	9070	0.06
13	1	C	9118	0.06
13	2	E	9118	0.06
14	1	C	9126	0.06
14	2	F	9126	0.06
15	1	C	9137	0.05
15	2	G	9137	0.05
16	1	D	8994	0.07
16	2	E	8994	0.07
17	1	D	9077	0.06
17	2	F	9077	0.06
18	1	D	9059	0.06
18	2	G	9059	0.06
19	1	E	9109	0.06
19	2	F	9109	0.06
20	1	E	9056	0.07
20	2	G	9056	0.07
21	1	F	9092	0.06
21	2	G	9092	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.495→2.56 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	340	-
R_work	0.289	6066	-
all	-	6406	-
obs	-	-	95.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5994	0.0384	0.1562	0.2595	0.0028	0.3914	-0.0053	0.2718	0.1049	-0.0632	-0.0513	-0.01	-0.0335	0.1232	0.0566	0.0868	0.0237	-0.1081	0.4792	0.0839	0.2022	-11.421	49.484	23.055
2	0.2535	0.0645	0.2003	0.2696	0.1372	0.3218	0.0796	0.1931	-0.075	-0.0894	0.0002	0.0003	0.0631	0.1301	-0.0798	0.1104	0.0666	-0.0961	0.5113	0.0055	0.1474	-10.198	26.721	21.914
3	0.5776	0.0656	0.1714	0.2832	0.0477	0.1956	0.0797	0.1391	-0.1348	-0.0446	0.0078	0.0277	0.1097	0.0292	-0.0875	0.1419	0.0344	-0.1575	0.3798	-0.0477	0.2105	-22.001	11.072	33.352
4	0.5323	0.0072	0.0178	0.171	-0.0403	0.1067	0.0471	-0.0194	-0.1106	-0.0225	-0.0237	0.0344	0.0764	-0.0992	-0.0233	0.1441	-0.0552	-0.1582	0.3308	0.0037	0.2424	-38.111	14.389	49.032
5	0.5191	-0.102	0.0409	0.2074	-0.0853	0.0847	-0.0032	-0.1251	-0.0122	-0.0247	0.0035	0.0818	0.0126	-0.1219	-0.0003	0.0752	-0.0474	-0.131	0.359	-0.0077	0.2627	-46.415	34.057	57.144
6	0.3386	-0.1535	0.1528	0.2397	-0.0328	0.2873	-0.0786	-0.0291	0.137	-0.0194	-0.0071	0.0869	-0.0539	-0.0542	0.0857	0.0711	0.0108	-0.1499	0.3594	-0.0314	0.3277	-40.57	55.172	51.346
7	0.2086	0.1132	0.0604	0.4245	-0.0259	0.2881	-0.0581	0.1372	0.188	-0.0403	-0.0324	0.0359	-0.0725	0.024	0.0905	0.0785	0.0302	-0.1453	0.3764	0.0333	0.3396	-24.967	62.215	36.248

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 293
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 293
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 293
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 293
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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