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- PDB-6u3y: Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u3y
タイトルStructure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of methicillin-resistant S. aureus
要素
  • Gamma-hemolysin subunit A
  • Panton-Valentine Leucocidin F
キーワードTOXIN / alpha-toxin / PVL / Leukocidins / MRSA
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / fos-choline-14 / Gamma-hemolysin subunit A / Panton-Valentine Leucocidin F
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-based discovery of a small-molecule inhibitor of methicillin-resistantStaphylococcus aureusvirulence.
著者: Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Panton-Valentine Leucocidin F
B: Gamma-hemolysin subunit A
D: Gamma-hemolysin subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,39430
ポリマ－99,2433
非ポリマー3,15127
水6,287349
1
A: Panton-Valentine Leucocidin F
B: Gamma-hemolysin subunit A
ヘテロ分子

A: Panton-Valentine Leucocidin F
B: Gamma-hemolysin subunit A
ヘテロ分子

A: Panton-Valentine Leucocidin F
B: Gamma-hemolysin subunit A
ヘテロ分子

A: Panton-Valentine Leucocidin F
B: Gamma-hemolysin subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,53788
ポリマ－267,4758
非ポリマー10,06280
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_665-y+1,x+1,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,-x+1,z1
Buried area49350 Å2
ΔGint-547 kcal/mol
Surface area94510 Å2
手法PISA
2
D: Gamma-hemolysin subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0108
ポリマ－32,3751
非ポリマー6357
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.097, 139.097, 246.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABD

#1: タンパク質 Panton-Valentine Leucocidin F / Panton-Valentine leukocidin chain F / Panton-Valentine leukocidin chain F protein / Panton- ...Panton-Valentine leukocidin chain F / Panton-Valentine leukocidin chain F protein / Panton-valentine Leukocidin F


分子量: 34494.039 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-325 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: lukF-PV, hlgB_1, lukF- PV, LukPV-F, lukPV-F, lukPVF, NCTC6133_01921
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5FBD2
#2: タンパク質 Gamma-hemolysin subunit A / LukS-PV / Panton-Valentine leucocidin S / Panton-valentine Leukocidin S


分子量: 32374.668 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-312 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: lukS-PV, LukPV-S, lukPV-S, lukPVS, EP54_02590, EQ90_09955
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: B1Q017

-
非ポリマー , 4種, 376分子

#3: 化合物 ChemComp-PQJ / fos-choline-14 / tetradecyl 2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethyl hydrogen phosphate


分子量: 380.523 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H43NO4P
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 6.7 mg/mL LukF-PV, 6.3 mg/mL LukS-PV, 10 mM sodium acetate, pH 5.4, 15 mM Fos-Choline-14, 40 mM beta-OG against reservoir solution of 0.16 M magnesium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→38.7 Å / Num. obs: 76882 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.956 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.981 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3741 / CC1/2: 0.754

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3B07

3b07


解像度: 2.04→38.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.954 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 3889 5.1 %RANDOM
Rwork0.1823 ---
obs0.1845 72993 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.19 Å2 / Biso mean: 44.123 Å2 / Biso min: 21.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.38 Å2-0 Å2
3---2.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→38.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6646 0 159 349 7154
Biso mean--67.88 47.48 -
残基数----816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0126941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2391.6519388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.045810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.65423.88384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.567151173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6741527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.025342
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.092 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 270 -
Rwork0.242 5272 -
obs--98.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1905-0.05580.07250.28940.08850.1302-0.0021-0.02560.02850.0247-0.003-0.03980.02270.0040.00510.0798-0.0005-0.00240.0721-0.00280.05829.8129126.551773.1177
20.1585-0.0424-0.02650.21160.11180.25110.0049-0.02960.00390.0226-0.0057-0.0243-0.00140.02060.00070.0865-0.0024-0.00840.07360.01150.054130.8414150.484673.047
30.34010.1330.29890.34330.04132.17030.0926-0.1940.00250.144-0.12940.04530.12110.050.03680.1625-0.10740.01170.26230.00660.00950.9828158.5826113.8134
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 284
3X-RAY DIFFRACTION3D11 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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