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- PDB-6u3s: Solution NMR structure of the DNAJB6b deltaST variant (Aligned on... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u3s
タイトルSolution NMR structure of the DNAJB6b deltaST variant (Aligned on the CTD domain)
要素DnaJ homolog subfamily B member 6
キーワードCHAPERONE / Hsp40 / Antiaggregation / amyloid
機能・相同性
機能・相同性情報


chorion development / chorio-allantoic fusion / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / negative regulation of inclusion body assembly / intermediate filament organization / ATPase activator activity / protein localization to nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / chaperone-mediated protein folding / regulation of cellular response to heat ...chorion development / chorio-allantoic fusion / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / negative regulation of inclusion body assembly / intermediate filament organization / ATPase activator activity / protein localization to nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / chaperone-mediated protein folding / regulation of cellular response to heat / protein folding chaperone / heat shock protein binding / Hsp70 protein binding / extracellular matrix organization / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Z disc / regulation of protein localization / unfolded protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / actin cytoskeleton organization / negative regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DnaJ homolog subfamily B member 2 / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DnaJ homolog subfamily B member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Karamanos, T.K. / Clore, G.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK-029023 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Unraveling the structure and dynamics of the human DNAJB6b chaperone by NMR reveals insights into Hsp40-mediated proteostasis.
著者: Karamanos, T.K. / Tugarinov, V. / Clore, G.M.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年6月14日Group: Advisory / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaJ homolog subfamily B member 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8311
ポリマ－21,8311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Apart frm analytical SEC, NMR calculated relaxation and hydrodynamic parameters confirm monomeric state
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 DnaJ homolog subfamily B member 6 / HHDJ1 / Heat shock protein J2 / HSJ-2 / MRJ / MSJ-1


分子量: 21831.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNAJB6, HSJ2, MRJ, MSJ1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75190

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N TROSY
121isotropic23D HN(CA)CB
131isotropic23D HNCA
141isotropic13D HNCO
1164isotropic23D HNCO
153isotropic22D 1H-13C HMQC
162isotropic22D 1H-13C HMQC constant time
172isotropic23D HMCMCBCA
182isotropic23D HMCM(CBCA)CO
195isotropic33D HHN NOESY-TROSY
1103isotropic43D HHC NOESY-HMQC
1113isotropic23D HHC HMQC-NOESY
1123isotropic43D HCC HMQC-NOESY-HMQC
1135isotropic12D HN PRE
2146anisotropic32D HN ARTSY PF1
1177anisotropic32D HN ARTSY PegHex

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution12e-04 M [U-13C; U-15N; U-2H] DNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b, 0.05 M sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 0.02 M sodium phosphate, 90% H2O/10% D2ODCN_sample90% H2O/10% D2O
solution22e-04 M [ILV-CH3; U-13C; U-15N; U-2H] DNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b, 0.05 M sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 0.02 M sodium phosphate, 100% D2OILV_U13C_sample100% D2OSpecifically protonated at CH3-ILV positions, uniformly 13C, 15N, 2H
solution32e-04 M [ILV-CH3; U-15N; U-2H] DNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b, 0.05 M sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 0.02 M sodium phosphate, 100% D2OILV_sample100% D2OSpecifically protonated at CH3-ILV positions, uniformly 15N, 2H
solution42e-04 M [U-13C; U-15N] DNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b, 0.05 M sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 0.02 M sodium phosphate, 90% H2O/10% D2OCN_sample90% H2O/10% D2O
solution52e-04 M [U-15N;U-2H] DNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b, 0.05 M sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 0.02 M sodium phosphate, 90% H2O/10% D2ODN_sample90% H2O/10% D2O
filamentous virus62e-04 M [U-15N;U-2H] DNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b, 0.1 M sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 0.02 M sodium phosphate, 90% H2O/10% D2OPF1_sample90% H2O/10% D2O
gel solution70.0002 M [U-15N;U-2H] DNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b, 0.05 M sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 0.02 M sodium phosphate, 90% H2O/10% D2OPeg/Hex_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.0002 MDNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b[U-13C; U-15N; U-2H]1
0.05 Msodium chloridenatural abundance1
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance1
0.02 Msodium phosphatenatural abundance1
0.0002 MDNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b[ILV-CH3; U-13C; U-15N; U-2H]2
0.05 Msodium chloridenatural abundance2
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance2
0.02 Msodium phosphatenatural abundance2
0.0002 MDNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b[ILV-CH3; U-15N; U-2H]3
0.05 Msodium chloridenatural abundance3
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance3
0.02 Msodium phosphatenatural abundance3
0.0002 MDNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b[U-13C; U-15N]4
0.05 Msodium chloridenatural abundance4
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance4
0.02 Msodium phosphatenatural abundance4
0.0002 MDNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b[U-15N;U-2H]5
0.05 Msodium chloridenatural abundance5
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance5
0.02 Msodium phosphatenatural abundance5
0.0002 MDNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b[U-15N;U-2H]6
0.1 Msodium chloridenatural abundance6
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance6
0.02 Msodium phosphatenatural abundance6
0.0002 MDNAJB6b deltaST variant. This variant is missing residues 132-183 in comparison to the full-length DNAJB6b[U-15N;U-2H]7
0.05 Msodium chloridenatural abundance7
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance7
0.02 Msodium phosphatenatural abundance7
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)PH err
187 mMcondition_16.7 1 atm298 K
2145 mMPF1_condition7 1 atm298 K0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9004

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解析

NMR software
名称開発者分類
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax精密化
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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