PDB-6u3j: Structure of the 2-oxoadipate dehydrogenase DHTKD1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u3j

タイトル

Structure of the 2-oxoadipate dehydrogenase DHTKD1

要素

2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component DHKTD1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / lysine metabolism mitochondrial dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With a disulfide as acceptor / 2-oxoadipate dehydrogenase activity / OADH complex synthesizes glutaryl-CoA from 2-OA / oxoadipate dehydrogenase complex / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / thiamine pyrophosphate binding / hematopoietic progenitor cell differentiation / generation of precursor metabolites and energy / glycolytic process / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Khamrui, S. / Lazarus, M.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Inhibition and Crystal Structure of the Human DHTKD1-Thiamin Diphosphate Complex.
著者: Leandro, J. / Khamrui, S. / Wang, H. / Suebsuwong, C. / Nemeria, N.S. / Huynh, K. / Moustakim, M. / Secor, C. / Wang, M. / Dodatko, T. / Stauffer, B. / Wilson, C.G. / Yu, C. / Arkin, M.R. / ...

履歴

登録	2019年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u3j.cif.gz	731.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u3j.ent.gz	591.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6u3j_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u3j_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6u3j_validation.xml.gz	70.3 KB	表示
CIF形式データ	6u3j_validation.cif.gz	100.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/6u3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/6u3j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3zhqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5rvy-d 5rvx-d 6sy1-d 5rw1-d 5rvz-d 5rw0-d 5rvw-d 6vef-d 2xta-2 3zhs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (10) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (7) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component DHKTD1, mitochondrial

B: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component DHKTD1, mitochondrial

ヘテロ分子

205 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	332.314, 72.612, 79.675
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.870, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resseq 2 or resseq 29:35 or resseq 51:63 or resseq 65:919))
2	1	(chain B and (resseq 2 or resseq 29:35 or resseq 51:63 or resseq 65:919))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resseq 2 or resseq 29:35 or resseq 51:63 or resseq 65:919))	A	2
1	2	1	(chain A and (resseq 2 or resseq 29:35 or resseq 51:63 or resseq 65:919))	A	29 - 35
1	3	1	(chain A and (resseq 2 or resseq 29:35 or resseq 51:63 or resseq 65:919))	A	51 - 63
1	4	1	(chain A and (resseq 2 or resseq 29:35 or resseq 51:63 or resseq 65:919))	A	65 - 919
2	1	1	(chain B and (resseq 2 or resseq 29:35 or resseq 51:63 or resseq 65:919))	B	2
2	2	1	(chain B and (resseq 2 or resseq 29:35 or resseq 51:63 or resseq 65:919))	B	29 - 35
2	3	1	(chain B and (resseq 2 or resseq 29:35 or resseq 51:63 or resseq 65:919))	B	51 - 63
2	4	1	(chain B and (resseq 2 or resseq 29:35 or resseq 51:63 or resseq 65:919))	B	65 - 919

#1: タンパク質	2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component DHKTD1, mitochondrial / Dehydrogenase E1 and transketolase domain-containing protein 1 分子量: 101838.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHTKD1, KIAA1630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96HY7, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring)
#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.49 % 解説: Data were collected from two crystals and two datasets were scaled together
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Magnesium Acetate, 0.1 M MOPS, 12% PEG 8000, 10% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92013 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92013 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→49.01 Å / Num. obs: 90407 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 30.76 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.239 / R_pim(I) all: 0.087 / R_rim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.25-2.29	5.2	1.178	22959	4390	0.504	0.565	1.311	1.4	98.6
12.32-49.01	8.4	0.106	4989	596	0.989	0.038	0.113	16.7	98.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.15 Å	166.03 Å
Translation	2.15 Å	166.03 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZHQ

3zhq

解像度: 2.25→49.01 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2409	4590	5.08 %
R_work	0.209	-	-
obs	0.2107	90328	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.57 Å² / B_iso mean: 41.509 Å² / B_iso min: 12.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→49.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13744	0	55	962	14761
B_iso mean	-	-	37.25	41.36	-
残基数	-	-	-	-	1752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14158
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.504	19196
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	2086
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2496
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.135	8446

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	6892	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
1	2	B	6892	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.25-2.2756	0.343	158	0.2871	2866	100
2.2756-2.3024	0.3204	145	0.2784	2809	100
2.3024-2.3304	0.2874	157	0.2676	2854	100
2.3304-2.3599	0.2861	158	0.2593	2801	100
2.3599-2.391	0.2866	166	0.2483	2850	100
2.391-2.4237	0.2832	153	0.2417	2844	100
2.4237-2.4584	0.2795	121	0.2439	2829	100
2.4584-2.4951	0.2859	145	0.246	2911	100
2.4951-2.534	0.2901	119	0.2469	2808	100
2.534-2.5756	0.3151	158	0.2399	2919	100
2.5756-2.62	0.2501	147	0.2384	2782	100
2.62-2.6676	0.2647	183	0.2214	2831	100
2.6676-2.7189	0.2548	166	0.2213	2819	100
2.7189-2.7744	0.2674	166	0.213	2835	100
2.7744-2.8347	0.2453	148	0.2074	2871	100
2.8347-2.9007	0.2284	140	0.2116	2869	100
2.9007-2.9732	0.3044	136	0.2049	2851	100
2.9732-3.0536	0.2414	175	0.2083	2819	100
3.0536-3.1434	0.2272	134	0.2097	2880	100
3.1434-3.2449	0.2161	149	0.2022	2863	100
3.2449-3.3608	0.2273	173	0.2031	2843	100
3.3608-3.4954	0.2419	133	0.1904	2870	100
3.4954-3.6544	0.2108	170	0.1874	2855	100
3.6544-3.847	0.2018	171	0.1742	2862	100
3.847-4.0879	0.1942	152	0.1753	2837	100
4.0879-4.4033	0.221	169	0.1779	2867	100
4.4033-4.8461	0.1922	179	0.1771	2875	100
4.8461-5.5465	0.2509	120	0.2038	2898	100
5.5465-6.9848	0.2677	158	0.2334	2912	100
6.9848-49	0.2422	141	0.2209	3008	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1619	1.25	-0.5774	0.8456	0.3938	0.9009	0.1701	-0.3871	-0.2072	0.049	0.0679	-0.0525	0.1233	0.4036	-0.144	0.2622	0.0604	0.0426	0.222	0.0063	0.2757	150.4331	-5.0561	16.0344
2	4.7198	-2.9024	-0.2622	2.022	-0.7842	7.5623	-0.3388	0.5082	0.4885	-0.1096	-0.0806	-0.4086	-1.1299	1.0952	0.3599	0.7652	-0.1826	0.0835	1.0347	0.2112	0.8289	148.9807	1.8774	-2.9862
3	9.7051	-0.9097	-0.5219	7.3157	1.3293	4.2027	-0.0027	-0.3791	0.0313	0.2011	0.1539	-1.0817	0.0907	1.2638	-0.2574	0.3538	0.0212	0.0679	0.6443	-0.0717	0.2637	166.2878	-2.147	10.5058
4	2.4126	0.3774	-0.4736	1.3375	0.0424	2.0039	-0.0502	-0.1969	-0.1363	-0.1454	0.0127	-0.2733	0.1669	0.5758	-0.0269	0.2041	0.0104	0.0762	0.2702	-0.0185	0.2456	154.7584	-6.6459	11.4765
5	1.5476	0.1096	-0.4412	1.266	0.1439	2.0099	-0.0918	0.5072	-0.2851	-0.2816	-0.0648	-0.0782	0.3615	-0.2398	0.127	0.3334	-0.0152	0.0795	0.3031	-0.0951	0.267	133.7007	-19.2194	0.4508
6	6.9997	-2.5913	-0.669	4.3483	2.2705	2.8463	0.2007	0.596	-0.759	0.1816	-0.4048	0.7957	0.2302	-0.425	0.288	0.6473	-0.2413	0.0325	0.7446	-0.2726	0.5803	110.1475	-22.2097	-1.3579
7	1.8608	0.0955	-0.4826	1.1367	0.2065	1.8761	-0.0394	0.3001	-0.0431	-0.2493	0.0098	0.0033	0.0171	-0.0765	0.0284	0.229	-0.004	0.0446	0.1474	-0.0228	0.1839	131.9342	-11.4477	8.3568
8	5.7349	0.0508	-1.3152	2.1474	-0.0384	2.582	-0.271	1.0294	-0.674	-0.3749	0.0441	-0.0009	0.5786	-0.0777	0.1251	0.6636	-0.0674	0.0506	0.8254	-0.3158	0.4549	129.2485	-26.4999	-14.9695
9	3.5671	-0.3687	-2.5008	5.6345	-0.3579	2.6683	-0.3443	0.6039	-0.5581	-0.0015	0.8122	-0.2108	0.7278	0.09	-0.2843	0.7863	-0.3436	0.0774	0.9083	-0.2781	0.8606	110.4701	-29.1477	-1.6957
10	8.4998	0.3366	-1.5012	3.4272	0.6869	2.6772	-0.3589	0.2661	-0.9267	0.2979	0.3475	-0.3251	0.6646	-0.2047	0.0931	0.6456	-0.0558	0.0273	0.4107	-0.0358	0.5076	105.663	-25.684	19.0002
11	2.9798	-0.2418	0.5978	0.7935	-0.0663	2.4295	0.0497	-0.7939	-0.0908	0.3921	0.0298	-0.1381	-0.0002	-0.0156	-0.0793	0.519	-0.0442	0.0626	0.4468	0.0658	0.3041	111.7514	-16.7706	51.0909
12	1.5104	-0.1	-0.4102	1.4103	-0.1983	1.3114	-0.0102	-0.2908	0.0045	0.2792	0.0504	-0.0104	-0.0364	-0.0017	-0.0189	0.2865	-0.0348	0.0268	0.2506	0.0144	0.1692	113.7186	-12.3273	42.1207
13	3.8447	-0.2671	-0.0692	3.2519	0.2268	4.5835	-0.275	-0.5597	-0.3816	0.6082	0.2156	-0.3392	0.1889	-0.0845	-0.0058	0.41	0.0375	-0.0006	0.304	0.078	0.2858	122.861	-20.7935	44.9133
14	1.0326	-0.0965	-0.32	0.8457	-0.118	1.1787	-0.0002	-0.0911	-0.0224	0.1312	0.0575	0.1925	0.0583	-0.3374	-0.027	0.2073	-0.0419	0.068	0.2467	0.0166	0.2326	101.0361	-8.032	31.3641
15	2.4121	0.2186	0.2085	2.2473	0.0382	1.8176	-0.0141	-0.1369	0.0985	0.1942	-0.0342	0.7298	-0.0056	-0.5185	0.0381	0.2157	0.0234	0.0667	0.4031	0.0076	0.3331	87.7757	3.2298	30.1987
16	3.1842	-0.9436	0.7092	1.6246	0.2878	0.5468	0.1405	0.4168	0.1961	-0.1605	0.0242	-0.1196	-0.0711	0.5619	-0.13	0.1917	-0.0721	0.0362	0.2176	-0.0187	0.2217	150.2211	9.6465	22.7822
17	6.4368	1.9849	-0.874	4.3756	0.7641	8.5974	-0.1844	-0.6532	0.1487	0.0491	-0.0646	0.0188	0.8677	0.61	0.2604	0.8195	-0.0658	0.0173	0.9571	0.1284	0.8289	147.4799	2.7169	41.6587
18	9.3125	0.7851	0.5464	6.7637	1.6563	3.7021	0.1402	0.202	0.2911	-0.0147	0.1016	-1.0697	-0.0711	1.1292	-0.2642	0.385	0.0333	-0.0124	0.6796	-0.0557	0.3691	165.6621	6.7201	29.365
19	2.7237	-0.4374	0.7302	1.5046	0.2634	2.4056	-0.0196	0.1913	0.0819	0.1281	0.0172	-0.1531	-0.183	0.5278	-0.016	0.2253	-0.005	0.0115	0.259	0.0144	0.213	154.2296	11.2314	27.6182
20	1.5839	-0.2341	0.4191	1.3114	0.1797	1.9073	-0.1126	-0.5668	0.3312	0.2256	-0.0349	0.0007	-0.305	-0.2806	0.1296	0.3382	0.0065	-0.0135	0.2871	-0.0859	0.2456	132.4899	23.8307	37.1966
21	7.8547	2.3021	1.5162	4.5435	2.3069	3.0565	0.0528	-0.4968	0.5397	-0.0097	-0.5621	1.1985	-0.7212	-1.2814	0.6177	0.5624	0.2392	0.0293	0.7967	-0.2648	0.5979	108.8712	26.8463	37.4119
22	1.6206	-0.1796	0.4649	1.2827	0.1543	1.9516	-0.0308	-0.2891	0.0498	0.2926	0.0056	0.0197	-0.0913	-0.087	0.0201	0.2318	0.0022	0.0212	0.1382	-0.0235	0.1904	131.2518	16.0589	29.1908
23	5.5926	-0.2823	1.3178	2.1904	-0.2563	2.5686	-0.1717	-1.0457	0.7204	0.6627	-0.0901	0.1314	-0.6145	-0.1683	0.0792	0.7009	0.0465	0.0281	0.6995	-0.279	0.4611	127.015	31.1177	52.281
24	3.0403	1.3364	1.9736	5.1629	-0.5038	1.6917	-0.508	-0.7479	0.7554	-0.0146	0.6379	-0.3043	-0.539	0.2014	-0.0769	0.9671	0.5789	-0.0187	1.0451	-0.3245	0.9901	109.178	33.7842	37.7702
25	3.3188	-0.2782	0.3167	5.3778	-1.1795	1.2221	-0.8705	-0.1392	1.1388	-0.4775	0.7736	-0.1414	-1.0706	-0.0268	0.0142	0.9465	-0.0564	-0.006	0.4081	-0.1174	0.8487	112.5416	31.918	17.2335
26	2.9888	0.0871	-0.3222	1.3075	0.3539	3.081	0.1117	0.8419	-0.1238	-0.4995	-0.1096	-0.0489	-0.0931	-0.2267	0.0214	0.4235	0.0448	-0.0424	0.4013	0.0639	0.2948	112.0958	22.1695	-11.3166
27	1.7817	0.3751	0.404	1.5563	-0.2508	1.6721	-0.0298	0.3459	-0.0091	-0.4023	0.0701	-0.0702	0.059	0.0815	0.0068	0.328	0.0189	0.0199	0.3025	0.0187	0.208	115.357	16.9531	-5.7256
28	4.0744	0.4376	0.1119	2.8656	0.1641	4.8436	-0.3329	0.7325	0.2397	-0.5916	0.0273	-0.5118	-0.2959	0.0874	0.0252	0.4459	-0.0592	0.0661	0.3593	0.1157	0.2844	124.676	25.4089	-7.8957
29	1.1034	0.3346	0.2611	0.8474	-0.0815	1.2717	0.0004	0.1393	0.0485	-0.1523	0.0387	0.2003	-0.0749	-0.3016	-0.0205	0.1983	0.0474	-0.0146	0.2288	0.0017	0.2276	101.973	12.6737	4.1511
30	2.774	-0.4461	-0.6211	3.1429	0.1866	1.8675	0.0162	0.2699	-0.0119	-0.2534	-0.0662	0.6077	0.0174	-0.56	-0.008	0.1868	-0.0315	-0.0447	0.4095	0.0213	0.3191	88.6516	1.4263	4.4198

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 29:76)	A	29 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 77:85)	A	77 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 86:112)	A	86 - 112
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 113:145)	A	113 - 145
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 146:235)	A	146 - 235
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 236:256)	A	236 - 256
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 257:471)	A	257 - 471
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 472:493)	A	472 - 493
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 494:504)	A	494 - 504
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 505:519)	A	505 - 519
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 520:565)	A	520 - 565
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 566:612)	A	566 - 612
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 613:628)	A	613 - 628
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 629:843)	A	629 - 843
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 844:919)	A	844 - 919
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 29:76)	B	29 - 76
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 77:85)	B	77 - 85
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 86:112)	B	86 - 112
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 113:145)	B	113 - 145
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 146:235)	B	146 - 235
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 236:256)	B	236 - 256
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 257:471)	B	257 - 471
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 472:493)	B	472 - 493
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 494:504)	B	494 - 504
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 505:512)	B	505 - 512
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 513:565)	B	513 - 565
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 566:612)	B	566 - 612
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 613:628)	B	613 - 628
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 629:843)	B	629 - 843
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 844:919)	B	844 - 919

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